2016 Fiscal Year Annual Research Report
Development of chip device to detect methylations on microRNAs
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15K15474
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| Research Institution | Osaka University |
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Principal Investigator |
西田 尚弘 大阪大学, 医学系研究科, 助教 (50588118)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
今野 雅允 大阪大学, 医学系研究科, 寄附講座助教 (80618207)
川本 弘一 大阪大学, 医学系研究科, 特任助教(常勤) (30432470)
小関 準 大阪大学, 医学系研究科, 特任助教(常勤) (20616669)
石井 秀始 大阪大学, 医学系研究科, 特任教授(常勤) (10280736)
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| Project Period (FY) |
2015-04-01 – 2017-03-31
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| Keywords | 核酸 / 癌 / 遺伝子 / 臨床 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
本研究は、マイクロRNAなどの短鎖ノンコーディングRNAに起こる化学修飾を網羅的に検出する技術を開発する目的で進めてきた。平成28年度は、small RNAに起こる、微量のメチル化を検出質量分析で検出するため、アフィニティークロマトグラフィーによるサンプルの純化の技術、イオン化効率の向上などのため条件の検討を行い、合成オリゴのレベルであれば、１～5%以下のメチル化を、ヌクレオチド単位で検出できるまでの精度を実現することができた。これにより、標的分子上の化学修飾の有無を検出できるだけでなく、標的分子中のメチル化の部位まで同定することができるようになった。質量分析に関しては、LC-MS/MS(液体クロマトグラフィー)とマトリックス支援レーザー脱離イオン化質量分析計(MALDI-TOF-MS)を用い、小分子核酸の検出に最適な質量測定レンジや、レーザー強度の調整を行なった。以上のような最適化の後に、がんを始めとする疾患バイオマーカーとしての本手法の利用を視野に入れ、組織や体液サンプルからのRNA単離の技術開発を行ってきた。その結果、４つのマイクロRNAに対して、高い精度で質量分析による検出ができる技術を開発した。また、多様な標的を網羅的に検出するために、基板上にターゲットを捕捉するためのオリゴ核酸を高密度に配置する技術の開発を進めており、チップ基板上への捕捉オリゴのプリントの工程に関して条件検討を行なってきた。基板上へのオリゴの配置に関しては、in silicoでの核酸配列情報の解析により、より効率的にサンプルRNAを保持できるようなデザインを行なっている。
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[Journal Article] Clinical significance of histone demethylase NO66 in invasive colorectal cancer.2017
Author(s)
Nishizawa, Y., Nishida, N., Konno, M., Kawamoto, K., Asai, A., Koseki, J., Takahashi, H., Haraguchi, N., Nishimura, J., Hata, T., Matsuda, C., Mizushima, T., Satoh, T., Doki, Y., Mori, M., Ishii, H.
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Journal Title
Ann. Surg. Oncol.
Volume: 24
Pages: 841-849
DOI
Peer Reviewed / Open Access
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[Journal Article] The importance of mitochondrial folate enzymes in human colorectal cancer.2017
Author(s)
Miyo, M., Konno, M., Colvin, S. H., Nishida, N., Koseki, J., Kawamoto, K., Tsunekuni, K., Nishimura, J., Hata, T., Takemasa, I., Mizushima, T., Doki, Y., Mori, M., Ishii, H.
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Journal Title
Oncol. Rep.
Volume: 37
Pages: 417-425
DOI
Peer Reviewed / Open Access
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[Journal Article] Metabolic adaptation to nutritional stress in human colorectal cancer.2016
Author(s)
Miyo, M., Konno, M., Nishida, N. Sueda, T., Noguchi, K., Matsui, H., Colvin, H., Kawamoto, K., Koseki, J., Haraguchi, N., Nishimura, J., Hata, T., Gotoh, N., Mastuda, F., Saatoh, T., Mizushima, T., Shimizu, H., Doki, Y., Mori, M., Ishii, H.
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Journal Title
Sci. Rep.
Volume: 6
Pages: 38415
DOI
Peer Reviewed / Open Access
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[Journal Article] Oncometabolite D-2-hydroxyglurate directly induces epithelial-mesenchymal transition and is associated with distant metastasis in colorectal cancer.2016
Author(s)
Colvin, S. H., Nishida, N., Konno, M., Haraguchi, N., Takahashi, H., Nishimura, J., Hata, T., Kawamoto, K. Asai, A., Tsunekuni, K., Koseki, J., Mizushima, T., Satoh, T., Doki, Y., Mori, M., Ishii, H.
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Journal Title
Sci. Rep.
Volume: 6
Pages: 36289
DOI
Peer Reviewed / Open Access
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[Journal Article] MicroRNA miR-374, a potential radiosensitizer for carbon ion beam radiotherapy.2016
Author(s)
Baek, SJ., Sato, K., Nishida, N., Koseki, J., Azuma, R., Kawamoto, K., Konno, M., Hayashi, K., Satoh, T., Doki, Y., Mori, M., Ishii, H., Ogawa, K.
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Journal Title
Oncol. Rep.
Volume: 36
Pages: 2946-2950
DOI
Peer Reviewed / Open Access
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[Journal Article] Pancreaticoduodenal artery aneurysm associated with coeliac artery occlusion from an aortic intramural hematoma.2016
Author(s)
Sakatani, A., Doi, Y., Kitayama, T., Matsuda, T., Sasai, Y., Nishida, N., Sakamoto, M., Uenoyama, N., Kinoshita, K.
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Journal Title
World. J. Gastroenterol.
Volume: 22
Pages: 4259-4263
DOI
Peer Reviewed / Open Access
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[Presentation] Epigenetic modifications on non-coding RNAs in cancer2017
Author(s)
Nishida, N., Konno, M., Koseki, J., Kawamoto, K., Asai, A., Mizushima, T., Eguchi, H., Takiguchi, S., Satoh, T., Doki, Y., Mori, M., Ishii, H.
Organizer
2017 Cellular and Molecular Bioengineering Annual Conference
Place of Presentation
Hapuna Beach Prince Hotel (アメリカ）
Year and Date
2017-01-03 – 2017-01-07
Int'l Joint Research
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