2015 Fiscal Year Research-status Report
SureSelectシステムを用いた歯からの遺伝子解析による個人識別
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15K15776
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| Research Institution | Nihon University |
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Principal Investigator |
堤 博文 日本大学, 歯学部, 講師 (30188594)
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2015-04-01 – 2017-03-31
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| Keywords | ABO式血液遺伝子型 / ミトコンドリアDNA / 次世代シーケンサー / SureSelect / 異同識別 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
ABO式血液遺伝子型とミトコンドリアDNA型（mtDNA）の同時解析を試みるために、アジレント社から市販されたキャプチャライブラリキットSureSelectを用いてDNA試料を調整し、NGS･Miseqシステム（イルミナ）を用いて検討した。研究に用いた試料は、ABO式血液遺伝子型の判明している血痕DNA 8例を用いた。NGS･Miseq システムに用いるABO式血液遺伝子型判定用プローブおよびmtDNAの全領域を解析するキャプチャプローブについてはプローブ設計ソフトSureDesign（アジレント）でカスタム設計した。また、mtDNAの過剰な増幅を避けるために、核遺伝子のキャプチャプローブとmtDNAのキャプチャプローブの比を100:1に調整した。DNA試料の調整はSureSelect QXT Reagentsキットのプロトコールに従ってターゲット領域をトランスポゼース方式により濃縮し、NGS・Miseqを用いてシーケンスを行った。遺伝子型の判定は、解析ソフトSuerCall（アジレント）を用いて行った。なお、ABO式血液遺伝子型では第9染色体のnt136131043～nt136150615、mtDNAでは全領域を解析範囲とした。その結果、血痕試料8例のABO式血液遺伝子型およびミトコンドリアDNA型判定の同時解析が可能であった。また、ABO式血液遺伝子型判定においては、第9染色体のCoding領域（約1.2Kb）のすべてを解析し得たことによって、ABO式血液遺伝子型の判定に必要であるエクソン6および7以外のエクソン領域にも変異が認められた。さらに、mtDNAの全領域を同時に解析することが可能であり、人種鑑別にも応用可能と思われた。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
血痕試料18例についてSureSelectQXTキャプチャライブラリキットを用いてDNA試料を調整し、mtDNA型と系統およびABO式血液遺伝子型の同時解析をNGS・Miseqシステムで行ったところ、解析が容易かつ簡便であり、すべて良好な成績が得られた。
mtDNA型の判定においては、全領域を一度に解析することにより、塩基の置換が認められた部位により系統を調べたところ、今回用いた試料においてM系統が約6割、M系統が約4割認められた。また、ABO式血液遺伝子型判定では、第9染色体のCoding領域すべてを解析し得たことで，型判定に必要であるエクソン6および7以外の領域にも変異が認められた。
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| Strategy for Future Research Activity |
ABO式血液遺伝子型とミトコンドリアDNA型の同時解析が可能であることを確認したことから、本年度はさらに例数を増やし、mtDNA型における系統の頻度を検討するとともに、ABO式血液遺伝子型判定における、エクソン6および7領域以外の変異についても検討し、識別精度の向上について検討する予定である。また、キャプチャライブラリキットSureSelectQXTを用いて、他の常染色体上のSNP部位についても、同時解析が可能であるか検討する予定である。
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| Causes of Carryover |
予定していた実験材料費（試薬およびキャプチャライブラリキットSureSelectQXTなど）ならびに業務委託料が、当初予定していた価格が、キャンペーンなどにより安価・購入となり、実験がスムーズに遂行可能であった。
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| Expenditure Plan for Carryover Budget |
H28年度において、当研究課題「SureSelectシステムを用いた歯からの遺伝子解析による個人識別」の実験を行うにあたっての実験材料費（試薬およびキャプチャライブラリキットSureSelectQXTなど）の購入にあてる計画である。
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