2016 Fiscal Year Annual Research Report
Establishent of two independent methods to analyze 5hmC at single base resolution
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15K18456
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| Research Institution | Institute of Physical and Chemical Research |
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Principal Investigator |
高橋 沙央里 国立研究開発法人理化学研究所, 多細胞システム形成研究センター, 研究員 (80748856)
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| Project Period (FY) |
2015-04-01 – 2017-03-31
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| Keywords | DNA脱メチル化 / エピジェネティクス / ヒドロキシメチル化シトシン |
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| Outline of Annual Research Achievements |
平成27年度にはタンパク質DNMT1を用いて、1塩基レベルで安定に5-ヒドロキシメチル化シトシン（5hmC）を検出する方法の開発を行った。DNMT1は比較的安定して存在することができる。このDNMT1を用いる方法は再現性よく5hmCを検出することはできたものの、酵素活性がロットにより異なるため、使用前に必ず5hmC、5mC（5-メチル化シトシン）および非修飾シトシンを含む合成オリゴを用いた酵素の品質チェックが必須であった。
そのためより簡便な方法を開発する目的で、平成28年度はDNMT1ではなく、化学的手法（酸化剤・AZADOL/BAIB）による5hmCの検出を試みた。この酸化剤による方法は合成オリゴを用いた実験では再現性がよく、簡便な操作で実験が可能であった。また、ES細胞を用いて5hmCの検出を行ったところ、先行研究で5hmCが存在すると考えられた場所で確かに5hmCが存在することが確認できた。さらに、AZADOL/BAIBによる酸化は非常にマイルドな酸化条件であるため、DNA分解も少なく、少量サンプルからの5hmC検出にも利用できる可能性が示唆された。
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