2017 Fiscal Year Annual Research Report
A technology to quantitatively measure protein interactomes
| Project/Area Number |
15K18466
|
|---|
| Research Institution | The University of Tokyo |
|---|
Principal Investigator |
谷内江 望 東京大学, 先端科学技術研究センター, 准教授 (60636801)
|
|---|
| Project Period (FY) |
2015-04-01 – 2018-03-31
|
| Keywords | インタラクトーム / DNA barcode / タンパク質間相互作用 / タンパク質進化 |
|---|
| Outline of Annual Research Achievements |
昨年度までに完成させたBarcode Fusion Genetics (BFG) 法およびこれを酵母ツーハイブリッド (Y2H) 法に適用したBFG-Y2H法を利用したインタラクトームスクリーニング、BFG-Y2H法をさらに拡張した新技術の開発を以下の通り進めた：
(1) 種間インタラクトームスクリーニング：ヒト、出芽酵母、分裂酵母のプロテアソーム、核膜孔複合体を形成するタンパク質サブユニット全について種間インタラクトームスクリーニングを開始した。これまでの遺伝子進化はタンパク質を基礎にして議論されていたが、実際に種間のタンパク質間で複合体が形成されるか観察することによって、真核生物に広く保存されているタンパク質複合体群の進化を議論するプラットフォームが準備できた。
(2) BFG-PCA法の開発：酵母ツーハイブリッドは出芽酵母細胞の核内における転写因子複合体の再構成系を利用したシステムであるが、特に出芽酵母細胞における生理的なタンパク質複合体形成を反映しにくいと考えられる。このため、BFG-Y2H法と直交する手法として、DHFRを再構成することでタンパク質間相互作用を同定するPCA法を利用したBFG-PCA法のためのDNAベクターを完成させた。今後 (1) においても利用し、手法の概念実証実験を進める。
(3) パーソナルインタラクトーム技術の開発：これまでY2H法などをもちいてタンパク質の直接的な結合を試験する手法は全て試験スペースとなる遺伝子 (ORF) のクローニングが必要であった。本研究開発項目では患者検体から取られたサンプルからトータルRNAを調整し、そこからDNAバーコードが付加されたcDNAライブラリーを一斉に合成する水-油系エマルジョンをもちいた超並列系の開発を進めた。本成果はH30年度より基盤B「パーソナルインタラクトーム計測技術の開発」に引き継がれる。
|
-
-
-
-
[Journal Article] Systematic analysis of Ca2+ homoeostasis in Saccharomyces cerevisiae based on chemical-genetic interaction profiles2017
Author(s)
Ghanegolmohammadia F, Yoshida M, Ohnuki S, Sukegawa Y, Okada H, Obara K, Kihara A, Suzuki K, Kojima T, Yachie N, Hirata D & Ohya Y
-
Journal Title
Molecular Biology of the Cell
Volume: 28
Pages: 3415-3427
DOI
Peer Reviewed
-
[Journal Article] Yeast genetic interaction screen of human genes associated with amyotrophic lateral sclerosis: identification of MAP2K5 kinase as a potential drug target2017
Author(s)
Jo M, Chung AY, Yachie N, Seo M, Jeon H, Nam Y, Seo Y, Kim E, Zhong Q, Vidal M, Park HC, Roth FP & Suk K
-
Journal Title
Genome Research
Volume: 27
Pages: 1487-1500
Peer Reviewed
-
-
-
-
-
