集団遺伝学的手法による絶滅危惧種ノグチゲラ個体群の健全性評価と動態プロセスの推定

2016 Fiscal Year Research-status Report

• Project/Area Number: 15K18473
• Research Institution: Rakuno Gakuen University
• Principal Investigator: 森 さやか 酪農学園大学, 農食環境学群, 准教授 (70623867)
• Project Period (FY): 2015-04-01 – 2019-03-31
• Keywords: 保全遺伝学 / 景観遺伝学 / マイクロサテライト / 絶滅危惧種 / 島嶼個体群

Outline of Annual Research Achievements

過年度に146座位に設計したマイクロサテライトプライマー候補を組み合わせ，ユニバーサル蛍光プライマーを利用したマルチプレックス反応系を構築した．
設計にあたっては，まず2個体のDNAサンプルを用い，32ペアのプライマー候補によって，蛍光標識なしのシングルPCRの増幅試験を行った．昨年度は，この試験での増幅が見られなかった場合には，その先の試験候補からはずしたが，実験実績を鑑み，今年度はこの時点での増幅の有無にかかわらず，すべてのプライマーを用いてユニバーサル蛍光プライマーを用いたマルチプレックスPCR反応系を4組（各8遺伝子座）構築して試験した．最後に，それらのマルチプレックスPCR反応系で，生息域全域を網羅するように選んだ48個体の多型解析を行った．
マルチプレックスPCRで解析可能な遺伝子座は，各反応系5～7座位の合計25座位だった．そのうち，多型の見られなかった遺伝子座が5座位あった．ハーディー・ワインベルグ平衡からの逸脱，連鎖，ヌルアリルもいくつか検出されたが，これらの問題については，解析するサンプルやマーカーの数や組み合わせによって変化するため，来年度以降の集団遺伝学的解析を進めながらその都度再検討する必要がある．
また，上記の結果を受けて，昨年度はシングルPCR試験でのマーカーの増幅効率が悪かったために，マルチプレックスPCRの増幅試験を行わなかった反応系（8遺伝子座1組）についてもマルチプレックスPCRを増幅試験を行った所，すべての座位で増幅を確認できたうえ，多型も見られたことから，今後の解析に活用可能であることが確認された．

Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

マイクロサテライトマーカーの開発とPCR実験系の構築については，30～40遺伝子座という到達目標を達成した．
しかし，開発したマーカーを用いた集団全体の多型解析はまだ進められていない．

Strategy for Future Research Activity

開発済みのマーカーを用いて，生息地全域から入手済みの約300個体のサンプルについて集団遺伝学的解析をすすめる．
遺伝的集団構造と個体の血縁関係を解析することによって，個体の分散．定着パターンを推定する．現在の有効個体群サイズや過去の個体群動態についても推定する．
既存の生態のデータ，GISデータについては，それらを蓄積，取りまとめ中の関係者との情報交換に務め，DNA解析結果の解釈に役立てる方針を立てる．

Causes of Carryover

採択年に大学に着任して新規研究室を開設したため，実験・研究環境の整備に時間を要しており，課題内容の中心となる生息域全体の集団遺伝学的解析が進んでいないため．

Expenditure Plan for Carryover Budget

プライマー開発までは予定通り終了したので，人員も投入して集団遺伝学的解析を計画通りに進める．