2015 Fiscal Year Research-status Report
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15K18474
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| Research Institution | Hokkaido University |
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Principal Investigator |
山崎 智弘 北海道大学, 遺伝子病制御研究所, 助教 (90732280)
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| Project Period (FY) |
2015-04-01 – 2017-03-31
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| Keywords | ノンコーディングRNA / NEAT1 / パラスペックル / 核内構造体 / lncRNA |
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| Outline of Annual Research Achievements |
細胞内のRNAを解析する上でRNAを抽出することは必須の実験手法である。AGPC法はこのRNA抽出の際に広く使用されている方法であり、近年はRNA-seqなどのアプリケーションにおいても広く利用されている。本研究室では、NEAT1 lncRNAの研究を行う中で、NEAT1が抽出されにくいことを見出してきた。さらにこのような性質を持つRNAはNEAT1以外にも存在することがわかってきた。本研究は、NEAT1 lncRNAを始めとする一群のRNAが一般的に汎用されるRNA抽出試薬で抽出されにくいことが、どのようなRNAの配列、結合タンパク質によるものかを明らかにし、そのような性質を持つRNAの生理機能に迫ることを目的とした。この抽出されにくい性質を難溶性と名付け、このような性質を持つRNAを”難溶性RNA”と呼ぶ。NEAT1 lncRNAの難溶性について、CRISPR/Cas9システムを用いて網羅的に難溶性に必要な領域の絞り込んだ。ここに関わるタンパク質についてもNEAT1結合タンパク質のノックアウト細胞を数十株樹立し、その中から抽出効率に影響を与えるものを見出した。また抽出方法として、種々の方法を試み、より簡便で多サンプルの処理にも適した方法の開発に成功した。また、このような性質を持つ新規RNAが細胞内構造体を形成している可能性を示唆する結果を得た。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
当初の計画通りCRISPR/Cas9システムを用いて、NEAT1を欠失させた細胞株の樹立が順調に進んでおり、その結果、NEAT1内に存在する難溶性に影響を与える領域を網羅的に探索し、領域の絞り込みに成功している。また、NEAT1に結合しているタンパク質群（パラスペックルタンパク質）を個々にノックアウトした細胞株を樹立し、その際の抽出効率を確認し、特に大きな影響を与える因子の同定にも成功している。また同様の性質を持つ新規のRNAも見出した。さらに、抽出手法については従来法に比べ、簡便な手法を確立した。以上の理由から計画通り順調に進行しているものと判断した。
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| Strategy for Future Research Activity |
今後は当初の計画通り、絞り込んだ領域にある重要なエレメントの同定のために、特定したタンパク質の結合配列を解析し、より詳細なエレメントの同定を試みる。また、異なる種のNEAT1についても同様の解析を進めることで詳細なエレメントの一般性についても検討する。また、新たに同定したRNAについても順次解析を進める。
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