2016 Fiscal Year Annual Research Report
Identification of the RNA elements that determine semi-extractability of RNAs
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15K18474
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| Research Institution | Hokkaido University |
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Principal Investigator |
山崎 智弘 北海道大学, 遺伝子病制御研究所, 助教 (90732280)
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| Project Period (FY) |
2015-04-01 – 2017-03-31
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| Keywords | RNA抽出 / lncRNA / NEAT1 / RNA-seq / CRISPR/Cas9 / HAP1 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
細胞内のRNAを解析する上でRNAを抽出する操作は必須の手法である。RNAの抽出方法として、汎用されるAGPC法はRNA-seqなどをはじめとして、様々なアプリケーションに利用される。私たちの研究室では、パラスペックルと呼ばれる核内構造体の骨格として働くNEAT1 lncRNAを解析する中で、このNEAT1がAGPC法で抽出されづらいことを見出し、これを”難溶性”と呼び、このような性質を持つRNAを”難溶性RNA”と命名した。種々の方法を試みた結果、NEAT1は、注射針に100回程度通すことや熱処理によって可溶化することを見出した。さらに、このNEAT1の難溶性に影響を与えるタンパク質を同定するため、ヒト一倍体細胞株HAP1を用いて、２０種類以上のパラスペックルタンパク質ノックアウト細胞株を樹立した。これらを用いた解析の結果、いくつかのパラスペックルタンパク質（プリオン様ドメインを持つタンパク質を含む）が難溶性を与えていることが明らかとなった。さらに、NEAT1の特定のRNA領域を欠失させると、難溶性が低下したことから、この領域と同定したパラスペックルタンパク質が結合することで難溶性を生んでいる可能性が示唆された。加えて、この領域はパラスペックル形成に必須の領域であったことから、この難溶性と構造体の形成に関連があることが示唆された。そこで、この難溶性を持つRNAをRNA-seqを用いて網羅的に探索すると、多様なRNA種が同定され、少なくともこれらのうち一部は、構造体を作るRNAの候補であると考えられた。さらに複数の細胞株やストレス条件下における難溶性RNAをRNA-seqを用いて解析した結果、それぞれ異なるセットの多様なRNAが同定されたことから、難溶性RNAは細胞特異的なマーカーとして利用できる可能性が示唆された。主な成果は論文として公表した。
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[Journal Article] Rab5-regulated endocytosis plays a crucial role in apical extrusion of transformed cells2017
Author(s)
Sayaka Saitoh, Takeshi Maruyama, Yuta Yako, Mihoko Kajita, Yoichiro Fujioka, Yusuke Ohba, Nobuhiro Kasai, Natsu Sugama, Shunsuke Kon, Susumu Ishikawa, Takashi Hayashi, Tomohiro Yamazaki, Masazumi Tada, Yasuyuki Fujita
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Journal Title
Proceedings of the National Academy of Sciences
Volume: 114
Pages: E2327-E2336
DOI
Peer Reviewed
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[Journal Article] Direct Comparison of Manganese Detoxification/Efflux Proteins and Molecular Characterization of ZnT10 Protein as a Manganese Transporter.2016
Author(s)
Yukina Nishito, Natsuko Tsuji, Hitomi Fujishiro, Taka-aki Takeda, Tomohiro Yamazaki, Fumie Teranishi, Fumiko Okazaki, Ayu Matsunaga, Karin Tuschl, Rajini Rao, Satoshi Kono, Hiroaki Miyajima, Hiroshi Narita, Seiichiro Himeno Taiho Kambe
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Journal Title
The Journal of Biological Chemistry
Volume: 291
Pages: 14773-14787
DOI
Peer Reviewed / Int'l Joint Research
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[Presentation] NEAT1 lncRNAに潜むパラスペックル構築を司るRNAエレメント2016
Author(s)
Tomohiro Yamazaki, Sylvie Souquere, Hisanori Kiryu, Yuki Baba, Kazuki Mugikura, Archa H. Fox, Charles S. Bond, Shinichi Nakagawa, Gerard Pierron, Tetsuro Hirose
Organizer
第39回日本分子生物学会年会
Place of Presentation
パシフィコ横浜（横浜市）
Year and Date
2016-11-30 – 2016-12-02
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