Identifying the dwarf related loci by using the genome information of citrus

2017 Fiscal Year Annual Research Report

• Project/Area Number: 15K18643
• Research Institution: National Agriculture and Food Research Organization
• Principal Investigator: 後藤 新悟 国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構, 果樹茶業研究部門, 主任研究員 (60433215)
• Project Period (FY): 2015-04-01 – 2018-03-31
• Keywords: わい化 / カンキツ / DNAマーカー / ゲノム

Outline of Annual Research Achievements

本研究ではカラタチとヒリュウをマイクロアレイによって発現プロファイルを比較し、わい化関連遺伝子候補を特定するとともに、カラタチとウンリュウのゲノムワイドに遺伝子型を比較することによって、ウンリュウ特異的ホモ化領域、すなわち、わい化関連候補領域を特定し、わい化関連遺伝子候補とわい化関連候補領域が重なり合った領域を同定することによってヒリュウのわい化関連遺伝子座を明らかにすることを目標としていた。
前年度までに8系統のヒリュウ自殖後代の中から極度のわい化を示す実生（ヒリュウわい化系統）を2個体選抜している。そこで本年度はウンリュウ特異的ホモ化領域とヒリュウわい化系統のホモ化領域が一致するかどうかを検証した。また、ウンリュウのマイクロアレイを行い、カラタチと比較し、ヒリュウとウンリュウに共通して発現変動する遺伝子の同定を試みた。さらにはこれらデータを用いてウンリュウ特異的ホモ化領域とヒリュウわい化系統のホモ化領域が一致する領域にヒリュウとウンリュウに共通して発現変動する遺伝子が存在するかどうか検証した。
我々は既に200個のゲノムワイドなSSRマーカーを用いてウンリュウ特異的ホモ化領域は同定している。この17マーカーをもちいて8系統のヒリュウ自殖後代のジェノタイピングを行った。その結果、2つのヒリュウわい化系統においては共通してCTVR01、SSR07A19の領域のホモ化が確認された。これらがわい化に関連した領域であることが示唆される。
マイクロアレイによってカラタチと比較し、ヒリュウとウンリュウで共通して発現が上がっていた遺伝子を7つ、共通して発現が下がっていた遺伝子を5つ同定した。それらのうち共通して発現が下がっていたEY717552遺伝子はSSR07A19マーカーの近傍にあり、ヒリュウのわい化に関連している可能性が見出された。