実養殖環境下におけるスサビノリ共生細菌の生態と共存機構に関する研究

2015 Fiscal Year Research-status Report

• Project/Area Number: 15K18730
• Research Institution: Japan Fisheries Research and Education Agency
• Principal Investigator: 福井 洋平 国立研究開発法人水産総合研究センター, 中央水産研究所, 研究員 (40565561)
• Project Period (FY): 2015-04-01 – 2018-03-31
• Keywords: 共生細菌 / スサビノリ / 養殖環境 / 細菌叢解析

Outline of Annual Research Achievements

日本の重要対象種であるスサビノリの室内培養系中に共生細菌が存在し、これらの共生細菌は、藻体の形態形成や発育促進に重要な影響を与えることが解明されつつある。しかし、共生細菌が実際のノリ養殖環境中でどのような挙動を示すかは明らかにされていない。そこで本課題では、ノリ養殖環境中における共生細菌の生態を解明するとともに、それをとりまく環境要因および細菌叢との関連を明らかにすることを目的とする。
ノリ養殖環境におけるスサビノリの共生細菌Hyphomonas sp.株の定量的調査の前段階として、本菌株に特異的な定量PCR法を開発した。本菌のハウスキーピング遺伝子塩基配列を標準株の既知配列と比較し、特異性の高い領域にプライマーおよびプローブを設計し、特異性評価を行った。
次に、ノリの養殖時期に経時的に、スサビノリの養殖環境から育苗ノリを採取し、培養法と非培養の DNAおよびRNAクローンライブラリー法により、16S rRNA遺伝子塩基配列に基づいた細菌叢解析を行った。ノリ表面の細菌群は、培養法ではα-Proteobacteria およびFlavobacteria が優占し、非培養法ではα-Proteobacteria、γ-Proteobacteria、およびFlavobacteriaが優占したが、両手法における優占種は異なる場合が多かった。また、既知の細菌の塩基配列と比較して、相同性の低い分離菌株およびクローンが多く含まれたことから、ノリの表面には独特な細菌叢が形成されていることを明らかにした。

Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

平成27年度は、当初の年次計画に沿って、スサビノリ共生細菌の特異検出定量法を開発し、養殖ノリの細菌叢解析を実施したことから、それぞれの課題をほぼ達成した。

Strategy for Future Research Activity

当初の研究計画通りに、スサビノリ共生細菌の養殖環境下における生態調査を実施するとともに、平成27年度と同様に、ノリ養殖環境における網羅的な細菌叢解析を継続して行う予定である。

Causes of Carryover

当初予定していたノリ養殖環境の海水試料の細菌叢解析が十分に実行できなかった。

Expenditure Plan for Carryover Budget

経費を次年度に持ち越し、海水試料の細菌叢解析を実施するために使用する。