2016 Fiscal Year Annual Research Report
Analysis of association between genetic heterogeneity of HBV, and SNPs determined by Next-Generation-Sequencing and HCC development after the initiation of nucleos(t)ide analogue treatment
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15K19345
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| Research Institution | Osaka City University |
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Principal Investigator |
小塚 立蔵 大阪市立大学, 大学院医学研究科, 病院講師 (10726657)
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| Project Period (FY) |
2015-04-01 – 2017-03-31
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| Keywords | 次世代シークエンサー / 遺伝子変異 / 肝線維化マーカー / 肝硬変 / SNP |
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| Outline of Annual Research Achievements |
B型肝炎ウイルス(HBV)の遺伝子変異が、肝発癌に影響を与えるかどうか、さらにはウイルス側要因だけでなく、肝発癌に寄与する宿主側要因を明らかにする目的で、核酸アナログ投与例での、肝発癌とHBV全遺伝子配列および宿主遺伝子多型との関連性を検討するために、次世代シークエンサーを用いた遺伝子解析を行った。1)エンテカビル(ETV)開始後での肝発癌例の臨床的特徴の検討：B型慢性肝疾患に対してETVを1年以上投与した138例を対象とした。肝発癌は、肝硬変例や肝線維化マーカー高値例に多い。また、肝線維化マーカーは、ETV開始後の肝発癌予測に有用なマーカーであり、特にAPRI高値例では、肝発癌例が多いことが示された。2)肝発癌とHBV遺伝子変異の関連性の検討：1)の症例にうち、ETV開始時に血清を採取・保存できた115例を対象とした。Miseqを用いてDeep sequencingを行い、HBV全遺伝子配列を決定した。CLC Genomic WorkbenchとGeneniousによって発癌例10例、非発癌例110例を比較し、肝発癌と関連する遺伝子変異を解析した。3)肝発癌と宿主遺伝子多型(SNP)の関連性の検討：1)の症例にうち、ETV開始時に全血を採取・保存できた127例を対象とした。当初はDeep sequencingで解析予定であったが、Real-time PCR system(TaqMan SNP Genotyping Assay)でも十分な解析が可能であるため、SNP解析法を変更した。当初は5～6種類のSNPを対象としたが、SNP解析法の変更により18種類(KIF1B、GRIK1、MICA、HLA-DPA1、HLA-DPB1、HLA-DQB1、HLA-DQB2、STAT4、PNPLA3、C2、HLA-DQA2、HLA-DQ、GLB1、SLC10A1、TCF19、LOC101929604、DEPDC5、HLA-DQA1/DRB1)のSNPまで解析対象を拡大した。発癌例10例、非発癌例117例を比較し、肝発癌と関連するSNPを解析した。
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