高地肺水腫における内皮型一酸化窒素合成酵素遺伝子のシークエンス解析による病態解明

2015 Fiscal Year Research-status Report

• Project/Area Number: 15K19417
• Research Institution: Shinshu University
• Principal Investigator: 小林 信光 信州大学, 医学部附属病院, 助教(診療) (50447752)
• Project Period (FY): 2015-04-01 – 2018-03-31
• Keywords: 高地肺水腫 / 遺伝学的検討

Outline of Annual Research Achievements

平成27年度は、次世代シークエンサーによる解析を行う前段階の準備を行った。まず、遺伝子検体の抽出および解析のための準備をおこなった。採取・保存してある高地肺水腫発症者および非発症者の血液検体については、QuickGene-800（富士ﾌｨﾙﾑ）を用いて遺伝子の抽出を行った。またこれまでの集積した検体についても確認を行い、新たな遺伝子抽出が必要な検体や、まだ遺伝子抽出をしていない血液検体にについて、QuickGene-800を用いて遺伝子の抽出を行った。一部の古い検体についてはQuickGene-800による抽出が困難であったためフェノール法による抽出を行った。こうして新規に抽出した遺伝子検体とすでに遺伝子抽出を終えている検体の濃度を確認するとともに、次世代シークエンサー解析のために、至適濃度となるよう濃度調整などをおこない、ほぼ終了している。
また、その次の段階である次世代シークエンサーによる遺伝子配列の決定について、遺伝子解析に必要な試薬などについては、解析の最初の段階であるライブラリ作成やその次の段階に必要なものについての購入を行った。NOS3遺伝子のライブラリの作成に必要な、プライマーの設計をPrimer３を用いて行い、作成を業者に依頼し、購入済みである。現在Ion Xpress Plus Fragment Library Kit（Life Technology）や設計したプライマーなどを用いてライブラリー作成を開始している。

Current Status of Research Progress

3: Progress in research has been slightly delayed.

Reason

遺伝子検体の準備に予想より時間がかかっており、当初の予定では次世代シークエンサーによる解析を行っている予定であったが、その前段階であるライブラリ作成までしか、実験が進んでいないため、やや遅れていると評価した。

Strategy for Future Research Activity

遺伝子検体の準備は終了している。また、解析に必要な試薬については前半部分についてはすでに購入を終了しており、今後ライブラリの作成を行った後、解析を順次行っていく予定である。
遺伝子解析に関しては8月までに終了の見通しであり、以降構造解析などを順次おこなっていき、平成28年度中に実験を終了する予定であり、平成29年度以降発表・論文執筆を行う予定である。