2017 Fiscal Year Annual Research Report
The sequence analysis of the endothelium nitric oxide synthase gene in a high altitude pulmonary edema in Japanese population.
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15K19417
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| Research Institution | Shinshu University |
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Principal Investigator |
小林 信光 信州大学, 医学部附属病院, 助教(診療) (50447752)
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| Project Period (FY) |
2015-04-01 – 2018-03-31
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| Keywords | 高地肺水腫 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
平成29年度は、前年度に引き続き次世代シークエンサーによる解析を行う準備をおこなうとともに、次世代シークエンサーによる解析を一部で行うと共に、さらに一部の検体で先行してエクソン解析を行った。
平成29年度に新たに得た高地肺水腫発症者群および非発症者群の検体についてQuickGene-800（富士フィルム）による遺伝子抽出を行った。また、新規に得られた遺伝子検体および昨年度中に抽出を終えている遺伝子検体について、次世代シークエンサーによる遺伝子解析に必要なライブラリを作成するために、PCRを行うための濃度調整を追加して行ない、これらの作業は終了した。次の段階である次世代シークエンサーによる遺伝子解析について、遺伝子解析に必要な試薬などについては、昨年度に引き続き、購入を行なった。
次に、次世代シークエンサーによる解析の最初の段階であるライブラリ作成のためのPCRを行ったが、一部でPCRがうまくいかず、追加のPCRプローブを設計し、業者に発注を行ない、現在PCRを継続中である。一部の検体では従来の方法でPCRを行い、ライブラリ作成に成功した。それらの検体については、エマルジョンPCRによりテンプレートを作成し、Ion Torrent Ion TGM システムを用いて、遺伝子配列の決定を行った。先にのべた追加のプローブによるPCRを行い、Ion Torrent Ion TGM システムによる解析を行った時点でまとめて解析を行う予定である。
また、一部の検体については、以前当科で行った研究における臨床データとの比較を行うため、先行してエクソン解析を行い、その結果の解析を試行中である。
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