Elucidation of tissue colonization and pathogenesis of infective endocaritis-causing bacteria

2016 Fiscal Year Annual Research Report

• Project/Area Number: 15K20598
• Research Institution: Nagasaki University
• Principal Investigator: 近藤 好夫 長崎大学, 医歯薬学総合研究科(歯学系), 助教 (30581954)
• Project Period (FY): 2015-04-01 – 2017-03-31
• Keywords: 感染性心内膜炎 / レンサ球菌

Outline of Annual Research Achievements

感染性心内膜炎は心内膜に疣贅を形成し全身性の炎症を生じることから、多彩な症状を呈する疾患である。本疾患の原因菌は主に口腔由来のビリダンスレンサ球菌と指摘されているが、その関与については不明な点が多い。本研究では心内膜炎病巣部より分離されたStreptococcus oralis NS308株を用いて、非病原性株とのゲノム比較や宿主への影響を分子生物学的に解析し、発症メカニズムを検討する。
昨年度は次世代シークエンサーを用いたロングリード解析を行ったところ、完全長のゲノム配列を得ることができた。ミスリードの部位を検出するために、これまでに得られていたショートリード解析の結果との重ね合わせを行ったところ、８箇所のエラーを検出した。エラーとしては７箇所がinsertion/delで、１箇所がmismatchであった。エラー箇所の修正をしたのちに、得られた全ゲノム配列にてアノテーションを行ったところ1828個のCDS、62個のtRNA、４個のrRNAオペロンと１箇所のCRISPRを含んでいた。
これまでに全ゲノム配列が公開されているS. oralis Uo5株とNS308株を比較すると、アライメント比較ではゲノムアレンジメントはみられなかった。しかし、average nucleotide identityは90.8%であり、通常、同菌株間では95%以上の相同性を認めることから、NS308株はS. oralisの亜種の可能性が示唆された。より詳細に検討するために、両株間で保有する遺伝子の違いを検討したところ、NS308株では1488個（81.4%）のCDSが共通であった。一方でNS308株に特異的なCDSは340個あり、それらのうち69個はファージなどの外来遺伝子であることが明らかになり、これらの病原性への関与について今後の検討を要する。

Research Products

• [Journal Article] Complete Genome Sequence of Streptococcus sp. Strain NPS 308. (2016)
  • Author(s): Kondo Y, Ogura Y, Sato K, Imamura K, Hoshino T, Nishiguchi M, Hasuwa T, Moriuchi H, Hayashi T, Fujiwara T.
  • Journal Title: Genome Annoucements Volume: 4 Pages: e01349-16
  • DOI: doi: 10.1128/genomeA.01349-16.
  • Open Access
• [Journal Article] A two-component system regulates gene expression of the type IX secretion component proteins via an ECF sigma factor. (2016)
  • Author(s): Kadowaki T, Yukitake H, Naito M, Sato K, Kikuchi Y, Kondo Y, Shoji M, Nakayama K.
  • Journal Title: Scientific Reports Volume: 6 Pages: 1-12
  • DOI: doi: 10.1038/srep23288
  • Peer Reviewed / Open Access
• [Presentation] F. johnsoniaeによる樹枝状コロニー形成 (2017)
  • Author(s): 佐藤啓子、近藤好夫、今村圭吾、成田由香、内藤真理子、中山浩次
  • Organizer: 生体運動合同班会議２０１７
  • Place of Presentation: 神戸国際会議場（兵庫県・神戸市）
  • Year and Date: 2017-01-06 – 2017-01-08
• [Presentation] 骨形成不全症に伴う象牙質形成不全症乳歯の形態観察 (2016)
  • Author(s): 今村圭吾、釜﨑陽子、西俣はるか、近藤好夫、藤原卓
  • Organizer: 第３４回日本小児歯科学会九州地方会および総会
  • Place of Presentation: 宮崎市民プラザ（宮崎県・宮崎市）
  • Year and Date: 2016-10-30 – 2016-10-30
• [Presentation] 感染性心内膜炎由来Streptococcus oralisの性状解析 (2016)
  • Author(s): 近藤好夫、佐藤啓子、今村圭吾、西口美由季、星野倫範、中山浩次、藤原卓
  • Organizer: 第４８回レンサ球菌研究会
  • Place of Presentation: 長崎大学（長崎県・長崎市）
  • Year and Date: 2016-07-08 – 2016-07-09
• [Presentation] CSFs affect the colony spreading in Flavobacterium johsoniae (2016)
  • Author(s): 近藤好夫、佐藤啓子、今村圭吾、成田由香、中根大介、藤原卓、中山浩次
  • Organizer: 新学術領域「運動超分子マシナリーが織りなす調和と多様性」第４回領域全体会議
  • Place of Presentation: 長崎大学（長崎県・長崎市）
  • Year and Date: 2016-06-08 – 2016-06-10
• [Presentation] The Various formation of colony spreading (2016)
  • Author(s): 今村圭吾、佐藤啓子、近藤好夫、成田由香、藤原卓、中山浩次
  • Organizer: 新学術領域「運動超分子マシナリーが織りなす調和と多様性」第４回領域全体会議
  • Place of Presentation: 長崎大学（長崎県・長崎市）
  • Year and Date: 2016-06-08 – 2016-06-10
• [Presentation] Construction of New Risk Predictive Model based on Machine Learning Method. (2016)
  • Author(s): Yoshio Kondo, Yoichi Motomura, Keisuke Murayama, Haruka Nishimata, Kayo Nishida, Keigo Imamura, Kyoko Satoh, Kiyoshi Hidaka, Yoko Kamasaki, Miyuki Nishiguchi, Tomonori Hoshino, Taku Fujiwara
  • Organizer: 10th Biennial Conference of the Pediatric Dentistry Association Of Asia
  • Place of Presentation: 東京ドームホテル（東京都・文京区）
  • Year and Date: 2016-05-27 – 2016-05-28
  • Int'l Joint Research
• [Presentation] A Case with Disturbances in Tooth Formation caused by Therapy for Rhabdomyosarcoma. (2016)
  • Author(s): Miyuki Nishiguchi, Keigo Imamura, Haruka Nishimata, Yoko Kamasaki, Kyoko Satoh, Yoshio Kondo, Naomi Tanoue, Taku Fujiwara
  • Organizer: 10th Biennial Conference of the Pediatric Dentistry Association Of Asia
  • Place of Presentation: 東京ドームホテル（東京都・文京区）
  • Year and Date: 2016-05-27 – 2016-05-28
  • Int'l Joint Research