2016 Fiscal Year Research-status Report
1塩基単位の組換え率推定に基づく病原細菌13種のゲノムの組換えのホット領域の解析
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15K21554
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| Research Institution | National Institute of Infectious Diseases |
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Principal Investigator |
矢原 耕史 国立感染症研究所, 薬剤耐性研究センター, 主任研究官 (70542356)
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| Project Period (FY) |
2015-04-01 – 2018-03-31
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| Keywords | 組換え / 進化 / 細菌 / ゲノム / 自然選択 / 病原性 / 集団遺伝 / 情報 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
研究代表者が開発した手法により、1塩基単位の高解像度でゲノム組換えのランドスケープ（ゲノム内での組換え頻度の分布）を合計10の細菌種で明らかにし、組換え頻度と病原性の関係を吟味し、種間で共通の特徴（リボソーマル遺伝子で組換え頻度が低い一方、細胞表面の膜タンパク質の遺伝子では組換え頻度が高い）と各種に固有の特徴の両方を明らかにした研究成果（Yahara et al, 2016, Molecular Biology and Evolution）を、複数の学会・公開セミナーで発表した。
また、本科研費の研究対象である13の細菌種のうち、組換え頻度が著しく高いために他種との直接的な比較が困難で上記の論文には含めなかった菌種について、多様化選択の痕跡を初めてゲノムワイドに、組換えの影響を考慮した手法によって同定した上で、多様化選択の作用した領域で組換え頻度が統計的に有意に上昇していることを示した研究成果（Yahara et al, 2016, DNA Research）を、公開セミナーで発表した。
加えて、その菌種を研究材料としたさらなる発展的な研究として、ゲノムワイドな組換えの痕跡の推定に基づき、微細な集団構造、集団間交雑、集団の進化とその過程で生じた自然選択を研究するための、新たな解析の枠組みとパイプラインを開発することが出来た（Thorell*, Yahara* (equal contribution) et al, 2017, PLoS Genetics）。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
1: Research has progressed more than it was originally planned.
Reason
「研究実績の概要」に述べた通り、論文出版と学会・セミナー発表の双方で、計画以上の達成を得ることが出来た。
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| Strategy for Future Research Activity |
今後も当初の計画以上の進展が得られるように引き続き努力する
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| Causes of Carryover |
年度末納品等にかかる支払いが平成29年4月1日以降となったため、
当該支出分については次年度の実支出額に計上予定。
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| Expenditure Plan for Carryover Budget |
上記の通り
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Research Products
(12 results)
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[Journal Article] Rapid evolution of distinct Helicobacter pylori subpopulations in the Americas2017
Author(s)
Kaisa Thorell*, Koji Yahara*, Elvire Berthenet, Daniel J Lawson, Jane Mikhail, Ikuko Kato, Alfonso Tenorio Mendez, Cosmeri Rizzato, Maria Mercedes Bravo, Rumiko Suzuki, Yoshio Yamaoka, Javier Torres, Samuel K Sheppard, and Daniel Falush
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Journal Title
PLoS Genetics
Volume: 13
Pages: e1006546
DOI
Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research / Acknowledgement Compliant
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[Journal Article] Genome-wide survey of codons under diversifying selection in a highly recombining bacterial species, Helicobacter pylori2016
Author(s)
Koji Yahara, Yoshikazu Furuta, Shimpei Morimoto, Chie Kikutake, Sho Komukai, Dorota Matelska, Stanislaw Dunin-Horkawicz, Janusz Bujnicki, Ikuo Uchiyama, Ichizo Kobayashi
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Journal Title
DNA Research
Volume: 23
Pages: 135-43
DOI
Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research / Acknowledgement Compliant
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