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2017 Fiscal Year Research-status Report

1塩基単位の組換え率推定に基づく病原細菌13種のゲノムの組換えのホット領域の解析

Research Project

Project/Area Number 15K21554
Research InstitutionNational Institute of Infectious Diseases

Principal Investigator

矢原 耕史  国立感染症研究所, 薬剤耐性研究センター, 主任研究官 (70542356)

Project Period (FY) 2015-04-01 – 2019-03-31
Keywords組換え / 進化 / 細菌 / ゲノム / 自然選択 / 病原性 / 集団遺伝 / 情報
Outline of Annual Research Achievements

本研究課題で目標としていた成果は既に論文(Yahara et al, 2016, Molecular Biology and Evolution; Yahara et al, 2016, DNA Research)として発表することができ、それに基づいて、国際カンファレンスRecent Advances in Biological Sciences: A Roadmap for Island Communities(http://www.br.uipr.edu/icrabs2017/)で招待講演を行う予定であった(しかし、同カンファレンスはハリケーンのため延期となった)。一方、国内で、分子生物学会のワークショップの発展系として国立遺伝学研究所で企画された研究会「生物種間における遺伝情報の水平移動」で依頼講演を行った。また、国立感染症研究所の細菌第一部でもセミナー発表を行った。

加えて、ピロリ菌種を研究材料とした発展的な研究成果(ゲノムワイドな組換えの痕跡の推定に基づき、微細な集団構造、集団間交雑、集団の進化とその過程で生じた自然選択を研究するための、新たな解析の枠組みとパイプラインの開発(Thorell*, Yahara* (equal contribution) et al, 2017, PLoS Genetics))を、国際ワークショップApplied Bioinformatics and Public Health Microbiology 2017でe-poster発表した。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

1: Research has progressed more than it was originally planned.

Reason

論文出版と学会・セミナー発表の双方で、計画以上の達成を得ることが出来た。

Strategy for Future Research Activity

今年度の達成度を継続していけるよう、今後も日々出来る限りの努力する。

Causes of Carryover

理由:年度末納品等にかかる支払いが平成30年4月1日以降となったため、当該支出分については次年度の実支出額に計上予定。平成29年度分についてはほぼ使用済みである。
使用計画:上記のとおり。

  • Research Products

    (7 results)

All 2017 Other

All Int'l Joint Research (5 results) Presentation (2 results) (of which Int'l Joint Research: 2 results,  Invited: 1 results)

  • [Int'l Joint Research] Karolinska Institutet(スウェーデン)

    • Country Name
      SWEDEN
    • Counterpart Institution
      Karolinska Institutet
  • [Int'l Joint Research] University of Bath/Swansea University/University of Bristol(英国)

    • Country Name
      UNITED KINGDOM
    • Counterpart Institution
      University of Bath/Swansea University/University of Bristol
  • [Int'l Joint Research] ENCB/UMAE(メキシコ)

    • Country Name
      MEXICO
    • Counterpart Institution
      ENCB/UMAE
  • [Int'l Joint Research] Universita´ di Pisa(イタリア)

    • Country Name
      ITALY
    • Counterpart Institution
      Universita´ di Pisa
  • [Int'l Joint Research] Instituto Nacional de Cancerologia(コロンビア)

    • Country Name
      COLOMBIA
    • Counterpart Institution
      Instituto Nacional de Cancerologia
  • [Presentation] Rapid evolution of distinct Helicobacter pylori subpopulations in the Americas - showcase of stratified chromosome painting -2017

    • Author(s)
      Koji Yahara*, Kaisa Thorell*, Elvire Berthenet, Daniel J. Lawson, Jane Mikhail, Ikuko Kato, Alfonso Mendez, Cosmeri Rizzato, Mar?´a Mercedes Bravo, Rumiko Suzuki, Yoshio Yamaoka, Javier Torres, Samuel K. Sheppard, Daniel Falush
    • Organizer
      Applied Bioinformatics and Public Health Microbiology 2017
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Elucidation of recombination hot regions under selection in bacteria2017

    • Author(s)
      Koji Yahara
    • Organizer
      Recent Advances in Biological Sciences: A Roadmap for Island Communities
    • Int'l Joint Research / Invited

URL: 

Published: 2018-12-17   Modified: 2022-02-22  

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