2018 Fiscal Year Annual Research Report
Analysis of recombination hot regions based on inference of intensity of recombination at nucleotide level in pathogenic bacterial species
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15K21554
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| Research Institution | National Institute of Infectious Diseases |
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Principal Investigator |
矢原 耕史 国立感染症研究所, 薬剤耐性研究センター, 主任研究官 (70542356)
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| Project Period (FY) |
2015-04-01 – 2019-03-31
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| Keywords | 組換え / 進化 / 細菌 / ゲノム / 自然選択 / 病原性 / 集団遺伝 / 情報 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
本研究では、進化の原動力としてのゲノムの組換えに焦点を当て、「組換えの強度は、ゲノム全域に渡って、一体どのように変化しているのか」、そして特に「組換えが頻発して見えるホット領域はどのように検出できるのか」という問を追い求めてきた。その成果論文（Yahara et al, 2016, Molecular Biology and Evolution; Yahara et al, 2016, DNA Research）に基づき、国際カンファレンスRecent Advances in Biological Sciences: A Roadmap for Island Communities（http://www.br.uipr.edu/icrabs2017/）に招待された（ただし、2017年にハリケーンの影響で延期になり、2018年も開催に至らなかった）。また、国立遺伝学研究所で企画された研究会「自然界の生物種間における遺伝情報の多様性をもたらす”DNA水平伝播”の解析と活用法」で依頼により口頭発表を行った。
加えて、ピロリ菌種を研究材料とした発展的な研究成果（ゲノムワイドな組換えの痕跡の推定に基づき、微細な集団構造、集団間交雑、集団の進化とその過程で生じた自然選択を研究するための、新たな解析の枠組みとパイプラインの開発（Thorell*, Yahara* (equal contribution) et al, 2017, PLoS Genetics））を、日本進化学会で口頭発表した。
さらに、以上の成果を含む、この５年の研究成果全体が評価され、日本ゲノム微生物学会から奨励賞を頂き、2018年度末の年会で受賞講演を行った。
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Research Products
(8 results)
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[Presentation] Rapid evolution of distinct Helicobacter pylori subpopulations in the Americas2018
Author(s)
矢原 耕史*, Kaisa Thorell*, Elvire Berthenet, Daniel J. Lawson, Jane Mikhail, Ikuko Kato, Alfonso Mendez, Cosmeri Rizzato, Maria Mercedes Bravo, 鈴木 留美子,山岡 吉生, Javier Torres, Samuel K. Sheppard, Daniel Falush
Organizer
日本進化学会
