2018 Fiscal Year Annual Research Report
Mechanisms of tissue-specific pre-mRNA processing(Fostering Joint International Research)
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15KK0252
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| Research Institution | Tokyo Medical and Dental University |
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Principal Investigator |
黒柳 秀人 東京医科歯科大学, 難治疾患研究所, 准教授 (30323702)
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| Project Period (FY) |
2016 – 2018
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| Keywords | 遺伝子発現制御 / RNAプロセシング / 線虫 / 新生RNA / 転写 / mRNA前駆体 / イントロン / RNAseq |
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| Outline of Annual Research Achievements |
１．代表者自身が滞在先のUCLAでバイオインフォマティクス解析のワークショップに参加してPythonによるプログラミングを習得した。そして、ジレスピーアルゴリズムによる転写と共役したmRNAプロセシングのシミュレーションプログラムを作成して、さまざまなパラメータの変動により新生RNAのRNAseqどのように変化するかシミュレーションできるようになった。
２．海外共同研究者のY. Xing教授と大学院生が開発中であるmRNA中のイントロン保持率を解析するパイプラインSQUIDを日本側の解析用サーバーにインストールさせてもらい、大学院生と共に線虫新生RNAのRNAseqデータを用いて解析を行って、線虫の各イントロンのスプライシング効率についてのゲノムワイドな分類ができた。また、線虫Iso-seqのデータについても解析し、線虫の新生mRNA前駆体プロセシング動態についての論文を執筆中である。
３．海外共同研究者のD. Black教授のグループの博士研究員らから指導を受けてマウス臓器から細胞核のみを回収する細胞分画を行い、RNA調製や蛍光免疫組織染色などの条件検討を行った。これらの実験を経て投稿した哺乳類スプライシング制御因子RBM20についての論文および総説を発表した。
４．米国Emory大学の共同研究者を訪れて線虫のトロポミオシンをコードするlev-11遺伝子のスプライスバリアントの解析結果について討論し、エクソン7aを含む新たなアイソフォームLEV-11Oが頭部体壁筋でのみ発現することを論文として発表した。また、lev-11遺伝子の他のアイソフォームの組織発現分布についてもさらに解析し論文として発表した。
５．線虫の選択的mRNAプロセシング制御についての総説を発表した。
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| Remarks |
RNAの加工パターンを動物が生きたまま観察する手法を開発。遺伝子発現のしくみに迫る 黒柳秀人先生 東京医科歯科大学 ＜専門分野：分子生物学＞ みらいぶプラス
www.milive-plus.net/newleader/049/
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