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2016 Fiscal Year Research-status Report

少数系から複雑反応ネットワークを含む遷移状態概念の深化と制御

Research Project

Project/Area Number 15KT0055
Research InstitutionHokkaido University

Principal Investigator

小松崎 民樹  北海道大学, 電子科学研究所, 教授 (30270549)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 寺本 央  北海道大学, 電子科学研究所, 助教 (90463728) [Withdrawn]
Project Period (FY) 2015-07-10 – 2018-03-31
Keywords遷移状態 / 非断熱交差 / 特異点論 / 1分子イメージング
Outline of Annual Research Achievements

我々は、分子のエネルギーを上げていくと遷移状態が分岐するだけではなく、その崩壊が引き起こされ、反応座標切替等の新規な化学反応が生起すること、およびその実験的検証法を提示してきた。化学反応に分子の電子状態の変化が伴う場合には、非断熱遷移の影響も考慮する必要がある。エネルギー準位間の交差は、例えば、DNAが紫外線照射からダメージを少なく抑えるのにも重要であるという指摘がある。本年度は、応用特異点論の方法を援用することにより、非断熱交差近傍の分岐の一般論を構築した。非断熱交差近傍を2行2列のハミルトニアン行列表現で表し、(交差がどれくらい一般的に生起し得るかの指標に相当する)余次元が従来知られていた0の交差パターンからこれまで知られていなかった7までの全交差パターンを応用特異点論により分類することに成功した。新しく見つかった交差パターンは、例えば、微小な外場により構成することが原理的に可能である。トポロジカル絶縁体の物性予測と制御、新規光化学制御に繋がるものと期待される(Journal of Mathematical Physics 査読中)。
細胞集団においてリーダー細胞とそれを追随するフォロアー細胞に役割分化するメカニズムは未解明であった。細胞性粘菌の離合集散ダイナミクスの微分干渉顕微ムービーに対し、離合集散を誘発するリーダー細胞の出現ダイナミクスを力学系理論分野で開発された渦度、ラグランジュ協同構造に基づいて解析し、カルシウムイオン伝搬に誘起される細胞集団のダイナミクスの定量化に成功した。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

3: Progress in research has been slightly delayed.

Reason

研究分担者である寺本助教が6月に日立基礎研センタの客員主任研究員として異動・昇進されたため(2017年4月1日に准教授として当該研究室に着任されたため、最終年度は当初予定通り遂行できる予定)。

Strategy for Future Research Activity

反応座標スイッチングを直交する電場磁場中の水素原子のイオン化反応において、実験的に検出するための実験プロトコルの策定をする。また、その系でハミルトニアンの量子共鳴状態を計算し、その量子共鳴状態の構造が反応座標スイッチングのエネルギーよりも下の場合と上の場合にどのように質的に変化するのかを調べる。実際の分子系において反応座標スイッチング機構を用いた制御を試みる。

Causes of Carryover

昨年度始め、博士研究員として雇用予定していた英国ワ―ビック大学数学科で博士号を取得された研究者がご尊父の脳腫瘍のため、海外での研究生活を断念せざるを得ない状況となり、適任者の選別が遅れたため。

Expenditure Plan for Carryover Budget

博士研究員(カリフォルニア大学Merced校のSulimon Sattari博士)の雇用費として計上する予定である。

  • Research Products

    (27 results)

All 2017 2016

All Presentation (25 results) (of which Int'l Joint Research: 10 results,  Invited: 11 results) Book (2 results)

  • [Presentation] 1細胞ラマン分光イメージング画像から読み解く情報計測科学2017

    • Author(s)
      小松崎 民樹
    • Organizer
      バイオ計測解析技術研究会
    • Place of Presentation
      かんぽの宿 小樽(北海道小樽市)
    • Year and Date
      2017-03-18 – 2017-03-20
  • [Presentation] 分子から細胞の個性に関するデータ駆動型数理科学2016

    • Author(s)
      小松崎 民樹
    • Organizer
      第1117回生物科学セミナー
    • Place of Presentation
      東京大学理学部(東京都文京区)
    • Year and Date
      2016-12-15 – 2016-12-15
    • Invited
  • [Presentation] The Non-equilibrium Effects on Reaction Kinetics of F1-ATPase2016

    • Author(s)
      Yuji Tamiya, Chun-Biu Li, Rikiya Watanabe, Hiroyuki Noji, Tamiki Komatsuzaki
    • Organizer
      The 17th RIES-Hokudai International Symposium
    • Place of Presentation
      Chateraise Gateaux Kingdom Sapporo(北海道札幌市)
    • Year and Date
      2016-12-13 – 2016-12-14
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Data-Driven Approaches to Raman Microscopic Image Analysis2016

    • Author(s)
      J.N. Taylor, Chun-Biu Li, Katsumasa Fujita, Tamiki Komatsuzaki
    • Organizer
      The 17th RIES-Hokudai International Symposium
    • Place of Presentation
      Chateraise Gateaux Kingdom Sapporo(北海道札幌市)
    • Year and Date
      2016-12-13 – 2016-12-14
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Dynamical Heterogeneity During Collective Migration of MDCK Epithelial Monolayer2016

    • Author(s)
      Preetom Nag, Khalifa Mohammad Helal, Hiroshi Teramoto, Chun-Biu Li, Hisashi Haga, Tamiki
    • Organizer
      The 17th RIES-Hokudai International Symposium
    • Place of Presentation
      Chateraise Gateaux Kingdom Sapporo(北海道札幌市)
    • Year and Date
      2016-12-13 – 2016-12-14
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Collective Cell Migration: Underlying Dynamics and Emergent Structures of Heterogeneity2016

    • Author(s)
      Khalifa Mohammad Helal, Preetom Nag, Hiroshi Teramoto, Chun Biu Li, Hisashi Haga, Tamiki Komatsuzaki
    • Organizer
      The 17th RIES-Hokudai International Symposium
    • Place of Presentation
      Chateraise Gateaux Kingdom Sapporo(北海道札幌市)
    • Year and Date
      2016-12-13 – 2016-12-14
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Spatial heterogeneous and transient dynamics during collective cell migration in a monolayer of MDCK epithelial cells2016

    • Author(s)
      Nag Preetom, Khalifa Helal, Teramoto Hiroshi, Yamaguchi Naoya, Li Chun-Biu, Haga Hisashi, Komatsuzaki Tamiki
    • Organizer
      第54回日本生物物理学会年会
    • Place of Presentation
      つくば国際会議場(茨城県つくば市)
    • Year and Date
      2016-11-25 – 2016-11-27
  • [Presentation] 1細胞ラマン分光イメージングから如何にして細胞の個性を定量化するか?2016

    • Author(s)
      小松崎 民樹
    • Organizer
      第54回日本生物物理学会年会
    • Place of Presentation
      つくば国際会議場(茨城県つくば市)
    • Year and Date
      2016-11-25 – 2016-11-27
    • Invited
  • [Presentation] 少数系から複雑反応ネットワークを含む遷移状態概念の深化と制御2016

    • Author(s)
      小松崎 民樹
    • Organizer
      特設分野研究「遷移状態制御」研究代表者交流会
    • Place of Presentation
      日本学術振興会(東京都千代田区)
    • Year and Date
      2016-10-12 – 2016-10-12
    • Invited
  • [Presentation] Spatio-temporal heterogeneity during collectivemigration in a confluent monolayer of MDCK epithelial cells2016

    • Author(s)
      Nag Preetom
    • Organizer
      「理論と実験」研究会2016
    • Place of Presentation
      広島大学東広島キャンパス(広島県東広島市)
    • Year and Date
      2016-10-07 – 2016-10-08
  • [Presentation] 回転自由度の非平衡性が分子モーターF1-ATPaseの反応動力学に及ぼす影響について2016

    • Author(s)
      田宮 裕治
    • Organizer
      「理論と実験」研究会2016
    • Place of Presentation
      広島大学東広島キャンパス(広島県東広島市)
    • Year and Date
      2016-10-07 – 2016-10-08
  • [Presentation] Data-Driven Approaches to Raman Microscopic Image Analysis2016

    • Author(s)
      J. Nicholas Taylor
    • Organizer
      「理論と実験」研究会2016
    • Place of Presentation
      広島大学東広島キャンパス(広島県東広島市)
    • Year and Date
      2016-10-07 – 2016-10-08
  • [Presentation] Molecular Functions and Energy Landscapes Extracted from Single Molecule Time Series Data2016

    • Author(s)
      Tamiki Komatsuzaki
    • Organizer
      HOKUDAI-NCTU Joint Symposium on Nano, Photo and Bio Sciences in 2016
    • Place of Presentation
      Lecture Hall, Frontier Research in Applied sciences Building, Hokkaido University(北海道札幌市)
    • Year and Date
      2016-10-04 – 2016-10-05
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] 時間解像度に依存した反応ネットワークの階層的変化とその予測手法の開発2016

    • Author(s)
      永幡 裕,前田 理,寺本 央,武次 徹也,小松崎 民樹
    • Organizer
      分子科学討論会2016
    • Place of Presentation
      神戸ファッションマート(兵庫県神戸市)
    • Year and Date
      2016-09-13 – 2016-09-15
  • [Presentation] A kinetic disconnectivity graph to decode timescale hierarchy buried in reaction networks2016

    • Author(s)
      Tamiki Komatsuzaki
    • Organizer
      Energy Landscapes: Theory and Applications
    • Place of Presentation
      Porquerolles(France)
    • Year and Date
      2016-06-27 – 2016-07-03
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Single Molecule Time Series Analyses of F1-ATPase to Unveil the Roles of ATP Hydrolysis2016

    • Author(s)
      Chun-Biu Li
    • Organizer
      分子研研究会「超機能分子の創成-合成、計測、数理が織りなす社会実装分子の戦略的設計と開発-」
    • Place of Presentation
      岡崎コンファレンスセンター(愛知県岡崎市)
    • Year and Date
      2016-06-27 – 2016-06-28
    • Invited
  • [Presentation] Phase Space geometry and Chemical Reaction Dynamics: Past, Present, and Future2016

    • Author(s)
      Tamiki Komatsuzaki
    • Organizer
      Seminar of the ICB/Nanosciences department
    • Place of Presentation
      Dijon(France)
    • Year and Date
      2016-06-21 – 2016-06-21
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Defining Global Transition State over an Entire Markov Network2016

    • Author(s)
      Tamiki Komatsuzaki
    • Organizer
      Seminar of the ICB/Nanosciences department
    • Place of Presentation
      Dijon(France)
    • Year and Date
      2016-06-14 – 2016-06-14
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Single Molecule Biophysics: How can One Dig the Underlying Network from Noisy and Short Time Series?2016

    • Author(s)
      Tamiki Komatsuzaki
    • Organizer
      Seminar of the ICB/Nanosciences department
    • Place of Presentation
      Dijon(France)
    • Year and Date
      2016-06-10 – 2016-06-10
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] A Nano-Scale Key-and-Unlock Mechanism in the F1-ATPase revealed by Single Molecule Time Series Analysis2016

    • Author(s)
      Chun-Biu Li
    • Organizer
      Seminar at Beijing Computational Science Research Center
    • Place of Presentation
      Beijing(China)
    • Year and Date
      2016-05-20 – 2016-05-20
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] 化学反応の行き先を変えるスイッチ―エネルギーの上昇で反応経路が切り替わる新奇現象2016

    • Author(s)
      小松崎民樹、寺本央、戸田幹人、河野裕彦、高橋正彦
    • Organizer
      附置研究所間アライアンスによるナノとマクロをつなぐ物質・デバイス・システム創製戦略プロジェクト 平成27年度成果報告会
    • Place of Presentation
      大阪大学銀杏会館(大阪府吹田市)
    • Year and Date
      2016-05-17 – 2016-05-17
  • [Presentation] Classification of Hamiltonians in neighborhoods of band crossings in terms of the theory of singularities2016

    • Author(s)
      寺本央
    • Organizer
      幾何学コロキウム
    • Place of Presentation
      北海道大学理学部(北海道札幌市)
    • Year and Date
      2016-05-13 – 2016-05-13
  • [Presentation] 反応座標スイッチング機構の背景の概説、意義と今後の展望2016

    • Author(s)
      寺本央
    • Organizer
      高橋研オープンセミナー
    • Place of Presentation
      東北大学多元物質科学研究所(宮城県仙台市)
    • Year and Date
      2016-05-10 – 2016-05-10
    • Invited
  • [Presentation] Error-based Extraction of States and Energy Landscapes from Experimental Single-Molecule Time-Series2016

    • Author(s)
      J. Nicholas Taylor
    • Organizer
      Mathematical Sciences Evening Seminar
    • Place of Presentation
      北海道大学遠友学舎(北海道札幌市)
    • Year and Date
      2016-04-08 – 2016-04-08
  • [Presentation] Classification of Electron Energy Level Crossings in terms of the Theory of Singularities and Analysis of Non-Adiabatic Transitions around the Crossings2016

    • Author(s)
      寺本央、戸田幹人、小松崎民樹
    • Organizer
      第89回現象数理セミナー
    • Place of Presentation
      九州大学伊都キャンパス(福岡県福岡市)
    • Year and Date
      2016-04-06 – 2016-04-06
  • [Book] 少数性生物学:第5章「少数の個性~分子にも個性?~」2017

    • Author(s)
      永井健治, 冨樫祐一(編): 小松崎民樹(著)(第5章)
    • Total Pages
      7
    • Publisher
      株式会社 日本評論社
  • [Book] 月刊化学:「化学反応の行き先を変える“スイッチ”─エネルギーの上昇で反応経路が切り替わる新現象」2016

    • Author(s)
      寺本 央・戸田幹人・河野裕彦・髙橋正彦・小松﨑民樹
    • Total Pages
      5
    • Publisher
      化学同人

URL: 

Published: 2018-01-16  

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