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2018 Fiscal Year Research-status Report

大腸菌細胞質膜をモデルシステムとした生体膜の創成

Research Project

Project/Area Number 15KT0073
Research InstitutionIwate University

Principal Investigator

西山 賢一  岩手大学, 農学部, 教授 (80291334)

Project Period (FY) 2015-07-10 – 2020-03-31
Keywords生体膜 / リポソーム / 自発的膜挿入 / MPIase / 糖脂質酵素
Outline of Annual Research Achievements

本研究では、生体膜と(プロテオ)リポソームとの以下の差異に着目して、生体膜を創成することを目的としている。(1)リポソームでは 膜タンパク質が無秩序かつ自発的に膜挿入する、(2)リポソームは機械的強度、化学物質に対する耐性度が膜小胞より著しく低いという差異がある。
(1)の無秩序な自発的膜挿入に関しては、大腸菌の細胞質膜についてはジアシルグリセロールがリン脂質のわずか1~3%で完全に抑制できることが判明している。これは、大腸菌におけるジアシルグリセロール発現レベルに対応している。一方、コレステロールにも同様の抑制作用があることも判明した。コンピュータ・シミュレーションにより、膜内でのコレステロールとジアシルグリセロールのそれぞれの存在位置を調べたところ、どちらもリン脂質の親水的な頭部近傍の二重層内部の間隙に存在することが判明した。両者は構造的に大きな違いがあるにもかかわらず、膜内での局在位置は極めて類似していた。膜タンパク質の自発的膜挿入は、リン脂質の親水的な頭部近傍の二重層内のスペースが疎水的な物質を吸引してより安定な状態に近づこうとして進行すること、これらの脂質がこのスペースに埋め込まれることにより自発的膜挿入が抑制されることが明らかになった。
(2)に関しては、平成29年度までに高濃度MgやPEG等の化学物質がリポソーム凝集に及ぼす効果を定量的に評価する系を構築した。また、大腸菌内膜由来の抽出物をリポソームに再構成すると、高濃度MgやPEGに対する耐性度が大幅に上昇することが明らかとなり、生体膜に機械的強度、化学物質に対する耐性度を付与する因子の可溶化・再構成のシステム構築も完了した。続いてこの因子の精製を進めたところ、目的因子は、分子量が1kDa~3kDaで、負電荷をもつ両親媒性の化合物であることが判明した。因子の生成はほぼ完了したため、今後は因子の構造を明らかにする。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

コレステロールによる自発的膜挿入の抑制については、ジアシルグリセロールによる抑制と同様の機構で進むことを論文として報告し、さらにコンピューター・シミュレーションにより自発的膜挿入抑制の分子機構を明らかにし、論文報告することができた。膜に強度を与える因子の生成については、機能評価システムの構築、因子の抽出条件と再構成条件も決定が終了し、構造解析に進む段階に達した。最終年度に向けて予定通り構造解析が実施できる状況であるため「(2)おおむね順調に進展している」と評価した。

Strategy for Future Research Activity

(1)自発的タンパク質膜挿入の抑制については、予定していた研究が終了したため、今後は(2)の機械的強度、化学物質に対する耐性度を付与する因子の構造解析に集中する。十分な高純度精製標品を調製し、構造決定を進める。

Causes of Carryover

(1))の無秩序な自発的膜挿入の抑制機構の解析について、予定より早く終了したため、物品費分に余剰が生じた。最終年度に、(2)の機械的強度、化学物質に対する耐性度を付与する因子の構造解析を加速させるために使用する。

  • Research Products

    (31 results)

All 2019 2018 Other

All Journal Article (10 results) (of which Peer Reviewed: 10 results,  Open Access: 10 results) Presentation (20 results) (of which Int'l Joint Research: 6 results,  Invited: 3 results) Remarks (1 results)

  • [Journal Article] Expression of alcohol oxidase gene from Ochrobactrum sp. AIU 033 in recombinant Escherichia coli through the twin-arginine translocation pathway2019

    • Author(s)
      Matsumura Kenji、Yamada Miwa、Yamashita Takeshi、Muto Hitomi、Nishiyama Ken-ichi、Shimoi Hitoshi、Isobe Kimiyasu
    • Journal Title

      Journal of Bioscience and Bioengineering

      Volume: 128 Pages: 13~21

    • DOI

      10.1016/j.jbiosc.2018.12.012

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Increased expression of the bacterial glycolipid MPIase is required for efficient protein translocation across membranes in cold conditions2019

    • Author(s)
      Sawasato Katsuhiro、Suzuki Sonomi、Nishiyama Ken-ichi
    • Journal Title

      Journal of Biological Chemistry

      Volume: 294 Pages: 8403~8411

    • DOI

      10.1074/jbc.RA119.008457

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] YnbB is a CdsA paralogue dedicated to biosynthesis of glycolipid MPIase involved in membrane protein integration2019

    • Author(s)
      Sato Ryo、Sawasato Katsuhiro、Nishiyama Ken-ichi
    • Journal Title

      Biochemical and Biophysical Research Communications

      Volume: 510 Pages: 636~642

    • DOI

      10.1016/j.bbrc.2019.01.145

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] CdsA is involved in biosynthesis of glycolipid MPIase essential for membrane protein integration in vivo2019

    • Author(s)
      Sawasato Katsuhiro、Sato Ryo、Nishikawa Hanako、Iimura Naoki、Kamemoto Yuki、Fujikawa Kohki、Yamaguchi Toshiyuki、Kuruma Yutetsu、Tamura Yasushi、Endo Toshiya、Ueda Takuya、Shimamoto Keiko、Nishiyama Ken-ichi
    • Journal Title

      Scientific Reports

      Volume: 9 Pages: No 1372

    • DOI

      10.1038/s41598-018-37809-8

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Free energy profiles of lipid translocation across pure POPC and POPC/CHOL bilayer : all - atom molecular dynamics study2019

    • Author(s)
      Saito Hiroaki、Morishita Tetsuya、Mizukami Taku、Nishiyama Ken-ichi、Kawaguchi Kazutomo、Nagao
    • Journal Title

      Journal of Physics: Conference Series

      Volume: - Pages: in press

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Enzyme-like glycolipids MPIase involved in membrane protein integration of E. coli2019

    • Author(s)
      Kohki Fujikawa, Ken-ichi Nishiyama and Keiko Shimamoto
    • Journal Title

      Trends in Glycoscience and Glycotechnology

      Volume: - Pages: in press

    • DOI

      10.4052/tigg.1705.1E

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] 大腸菌膜タンパク質の膜挿入に関与する酵素様糖脂質MPIase2019

    • Author(s)
      藤川 紘樹、西山 賢一、島本 啓子-
    • Journal Title

      Trends in Glycoscience and Glycotechnology

      Volume: - Pages: in press

    • DOI

      10.4052/tigg.1705.1J

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Cholesterol blocks spontaneous insertion of membrane proteins into liposomes of phosphatidylcholine2018

    • Author(s)
      Nakamura Shota、Suzuki Sonomi、Saito Hiroaki、Nishiyama Ken-ichi
    • Journal Title

      The Journal of Biochemistry

      Volume: 163 Pages: 313~319

    • DOI

      10.1093/jb/mvx083

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Molecular dynamics study of binary POPC bilayers: molecular condensing effects on membrane structure and dynamics2018

    • Author(s)
      Saito Hiroaki、Morishita Tetsuya、Mizukami Taku、Nishiyama Ken-ichi、Kawaguchi Kazutomo、Nagao Hidemi
    • Journal Title

      Journal of Physics: Conference Series

      Volume: 1136 Pages: 012022~012022

    • DOI

      10.1088/1742-6596/1136/1/012022

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Syntheses and Activities of the Functional Structures of a Glycolipid Essential for Membrane Protein Integration2018

    • Author(s)
      Fujikawa Kohki、Suzuki Sonomi、Nagase Ryohei、Ikeda Shiori、Mori Shoko、Nomura Kaoru、Nishiyama Ken-ichi、Shimamoto Keiko
    • Journal Title

      ACS Chemical Biology

      Volume: 13 Pages: 2719~2727

    • DOI

      10.1021/acschembio.8b00654

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Presentation] タンパク質膜挿入・膜透過に関与する糖脂質MPIaseの構造と機能2019

    • Author(s)
      西山賢一
    • Organizer
      理学部講演会(山形大学、山形市)
    • Invited
  • [Presentation] タンパク質膜挿入・膜透過に関与する糖脂質MPIase の構造と機能2019

    • Author(s)
      西山賢一
    • Organizer
      第1回細胞形成研究会(岩手大学、盛岡市)
    • Invited
  • [Presentation] タンパク質膜挿入に必須の糖脂質MPIaseの生合成機構の解明とin vivoにおける機能解析2019

    • Author(s)
      沢里克宏、西山賢一
    • Organizer
      第1回細胞形成研究会(岩手大学、盛岡市)
  • [Presentation] 大腸菌のタンパク質輸送システムの改変を目指したMPIaseの構造と機能の解析2019

    • Author(s)
      鈴木苑実、藤川絋樹、島本啓子、池田汐里、西山賢一
    • Organizer
      第4回デザイン生命工学研究会(早稲田大学TWINS、新宿区)
  • [Presentation] タンパク質膜挿入に関与する糖脂質酵素MPIaseの生合成中間体の生成機構2019

    • Author(s)
      亀本有生、川上真由、藤川紘樹、島本啓子、西山賢一
    • Organizer
      日本農芸化学会2019年度大会(東京農業大学、世田谷区)
  • [Presentation] 大腸菌の膜タンパク質膜挿入機構解明を目指した蛍光標識MPIase類縁体の合成2019

    • Author(s)
      藤川紘樹、梅川雄一、西山賢一、島本啓子
    • Organizer
      日本農芸化学会2019年度大会(東京農業大学、世田谷区)
  • [Presentation] Bacterial CdsA and eukaryotic Cds1p are involved in biosynthesis of MPIase, a glycolipozyme essential for membrane protein integration2018

    • Author(s)
      Yuki Kamemoto, Ryo Sato, Katsuhiro Sawasato, Naoki Iimura, Ken-ichi Nishiyama
    • Organizer
      International Symposium on Innovative Agriculture and Fishery (ISIAF2018) (Iwate University, Morioka)
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] タンパク質膜挿入に関与する糖脂質酵素MPIase生合成におけるCdsAの機能の解明2018

    • Author(s)
      亀本有生、佐藤諒、沢里克宏、川上真由、西山賢一
    • Organizer
      日本生化学会東北支部第84回例会(岩手医科大学薬学部、岩手県矢巾町)
  • [Presentation] タンパク質膜挿入反応に必須の糖脂質酵素MPIaseの部分化学合成標品を用いた構造と機能の研究2018

    • Author(s)
      鈴木苑実、藤川絋樹、島本啓子、池田汐里、西山 賢一
    • Organizer
      日本生化学会東北支部第84回例会(岩手医科大学薬学部、岩手県矢巾町)
  • [Presentation] 糖脂質酵素 MPIase生合成における CdsAの機能2018

    • Author(s)
      亀本有生、佐藤諒、沢里克宏、川上真由、西山賢一
    • Organizer
      第 15 回 21 世紀大腸菌研究会(山形座瀧波、山形県南陽市)
  • [Presentation] タンパク質膜挿入に必須の糖脂質酵素MPIaseの部分化学合成標品を用いた構造と機能の研究2018

    • Author(s)
      鈴木苑実、藤川絋樹、島本啓子、池田汐里、西山 賢一
    • Organizer
      第 15 回 21 世紀大腸菌研究会(山形座瀧波、山形県南陽市)
  • [Presentation] 糖脂質MPIaseはTAT(Twin-Arginine Translocation)膜透過反応に必須である2018

    • Author(s)
      西川華子、菅野琴華、沢里克宏、山田美和、菊池慶実、西山賢一
    • Organizer
      第 15 回 21 世紀大腸菌研究会(山形座瀧波、山形県南陽市)
  • [Presentation] タンパク質膜挿入に必須の糖脂質MPIaseの生合成におけるCDPジアシルグリセロール合成酵素の機能の解明2018

    • Author(s)
      亀本有生、佐藤諒、沢里克宏、川上真由、西山賢一
    • Organizer
      第91回日本生化学会大会(国立京都国際会館、京都市)
  • [Presentation] タンパク質膜挿入反応に関わる糖脂質酵素MPIaseの構造と機能の解析2018

    • Author(s)
      鈴木苑実、藤川絋樹、池田汐里、島本啓子、西山賢一
    • Organizer
      第91回日本生化学会大会(国立京都国際会館、京都市)
  • [Presentation] Increase in the expression level of Glycolipozyme MPIase is required for the efficient protein translocation in the cold2018

    • Author(s)
      Katsuhiro Sawasato, Sonomi Suzuki, Ken-ichi Nishiyama
    • Organizer
      Bacterial Protein Export 2018 (The Leuven Ibstitute for Ireland, Leuven, Belgium)
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] MPIase, a glycolipid essential for protein integration, is involved in the TAT pathway2018

    • Author(s)
      Hanako Nishikawa, Kotoka Kanno, Katsuhiro Sawasato, Miwa Yamada, Ken-ichi Nishiyama
    • Organizer
      Bacterial Protein Export 2018 (The Leuven Ibstitute for Ireland, Leuven, Belgium)
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] YidC accelerates glycolipozyme MPIase-dependent integration of membrane proteins2018

    • Author(s)
      Masaru Sasaki, Hanako Nishikawa, Sonomi Suzuki, Michael Moser, Katsuhiro Sawasato, Hideaki Matsubayashi, Kaoru Kumazaki, Tomoya Tsukazaki, Yutetsu Kuruma, Maria Huber, Osamu Nureki, Takuya Ueda, Ken-ichi Nishiyama
    • Organizer
      Bacterial Protein Export 2018 (The Leuven Ibstitute for Ireland, Leuven, Belgium)
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Glycolipozyme MPIase is essential for membrane protein integration and facilitates protein translocation in Escherichia coli2018

    • Author(s)
      Katsuhiro Sawasato, Ryo Sato, Hanako Nishikawa, Naoki Iimura, Yuki Kamemoto, Kohki Fujikawa, Toshiyuki Yamaguchi, Yutetsu Kuruma, Yasushi Tamura, Toshiya Endo, Takuya Ueda, Keiko Shimamoto, Ken-ichi Nishiyama
    • Organizer
      Bacterial Protein Export 2018 (The Leuven Ibstitute for Ireland, Leuven, Belgium)
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Structure and function of MPIase involved in membrane protein integration and preprotein translocation2018

    • Author(s)
      Ken-ichi Nishiyama
    • Organizer
      BMB Seminar (Freiburg University, Germany)
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] タンパク質膜挿入を触媒する糖脂質酵素MPIaseの中間体の生合成機構の解明2018

    • Author(s)
      亀本有生、佐藤諒、川上真由、藤川紘樹、島本啓子、西山賢一
    • Organizer
      第13回無細胞生命科学研究会(愛媛大学、松山市)
  • [Remarks] 岩手大学農学部応用生物化学科分子生物学研究室

    • URL

      http://news7a1.atm.iwate-u.ac.jp/~sec/

URL: 

Published: 2019-12-27  

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