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2019 Fiscal Year Annual Research Report

Building biomembranes using E. coli membranes as a model system

Research Project

Project/Area Number 15KT0073
Research InstitutionIwate University

Principal Investigator

西山 賢一  岩手大学, 農学部, 教授 (80291334)

Project Period (FY) 2015-07-10 – 2020-03-31
Keywords生体膜 / リポソーム / ジアシルグリセロール / コレステロール / 自発的膜挿入
Outline of Annual Research Achievements

本研究では、生体膜と(プロテオ)リポソームとの差異に着目して、生体膜の創成を目指して研究を進めてきた。(1)リポソームでは 膜タンパク質が無秩序かつ自発的に膜挿入する、(2)リポソームは機械的強度、化学物質に対する耐性度が膜小胞より著しく低いという差異がある。(1)の無秩序な自発的膜挿入に関しては、これまでジアシルグリセロールやコレステロールに膜タンパク質の自発的膜挿入を抑制する作用があることを明らかにしてきた。さらに、コレステロールとジアシルグリセロールは化学構造が大きく異なるにもかかわらず膜内における存在位置や自発的膜挿入の抑制機構が類似していることをコンピュータ・シミュレーションで明らかにした。また、これまでジアシルグリセロールがリポソーム内に存在しても自発的膜挿入すると考えられてきた一連の膜タンパク質に関しても、自発的膜挿入は起こらず、ジアシルグリセロールにより抑制されること、膜挿入は申請者らが発見した糖脂質MPIaseにより進行すること、MPIase依存の膜挿入は膜タンパク質YidCにより促進されることを明らかにした。(2)に関しては、生体膜に機械的強度、化学物質に対する耐性度を付与する因子の精製を進めた。種々の溶媒抽出やカラムクロマトグラフィーによりほぼ単一の成分にまで精製を進めた。この精製標品を質量分析に供したところ、分子量1192のピークが観察された。さらに、MS/MS分析により、652と356のピークが観察された。この物質の構造を決定すべくNMR分析を行っている

  • Research Products

    (44 results)

All 2020 2019 Other

All Journal Article (13 results) (of which Peer Reviewed: 13 results,  Open Access: 12 results) Presentation (30 results) (of which Int'l Joint Research: 4 results,  Invited: 2 results) Remarks (1 results)

  • [Journal Article] In vitro assay for bacterial membrane protein integration into proteoliposomes2020

    • Author(s)
      Nishikawa Hanako、Sasaki Masaru、Nishiyama Ken-ichi
    • Journal Title

      Bio Protocol

      Volume: 10 Pages: in press

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] 大腸菌におけるタンパク質膜輸送に関与する糖脂質MPIase の発現制御機構~酵素様機能をもつ糖脂質MPIase~2020

    • Author(s)
      沢里克宏, 藤川紘樹, 島本啓子, 西山賢一
    • Journal Title

      化学と生物

      Volume: 58 Pages: 223-230

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Biosynthesis of glycolipid MPIase (membrane protein integrase) is independent of the genes for ECA (enterobacterial common antigen)2019

    • Author(s)
      Kamemoto Yuki、Funaba Nanaka、Kawakami Mayu、Sawasato Katsuhiro、Kanno Kotoka、Suzuki Sonomi、Nishikawa Hanako、Sato Ryo、Nishiyama Ken-ichi
    • Journal Title

      The Journal of General and Applied Microbiology

      Volume: 66 Pages: in press

    • DOI

      10.2323/jgam.2019.05.001

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Novel Glycolipid Involved in Membrane Protein Integration: Structure and Mode of Action2019

    • Author(s)
      Fujikawa Kohki、Nomura Kaoru、Nishiyama Ken-ichi、Shimamoto Keiko
    • Journal Title

      Journal of Synthetic Organic Chemistry, Japan

      Volume: 77 Pages: 1096~1105

    • DOI

      10.5059/yukigoseikyokaishi.77.1096

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Enzyme-like Glycolipids MPIase Involved in Membrane Protein Integration of <i>E. coli</i>2019

    • Author(s)
      Fujikawa Kohki、Nishiyama Ken-ichi、Shimamoto Keiko
    • Journal Title

      Trends in Glycoscience and Glycotechnology

      Volume: 31 Pages: E151~E158

    • DOI

      10.4052/tigg.1705.1E

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Free energy profiles of lipid translocation across pure POPC and POPC/CHOL bilayer: all-atom molecular dynamics study2019

    • Author(s)
      Saito Hiroaki、Morishita Tetsuya、Mizukami Taku、Nishiyama Ken-ichi、Kawaguchi Kazutomo、Nagao Hidemi
    • Journal Title

      Journal of Physics: Conference Series

      Volume: 1290 Pages: 012020~012020

    • DOI

      10.1088/1742-6596/1290/1/012020

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Alteration of Membrane Physicochemical Properties by Two Factors for Membrane Protein Integration2019

    • Author(s)
      Nomura Kaoru、Yamaguchi Toshiyuki、Mori Shoko、Fujikawa Kohki、Nishiyama Ken-ichi、Shimanouchi Toshinori、Tanimoto Yasushi、Morigaki Kenichi、Shimamoto Keiko
    • Journal Title

      Biophysical Journal

      Volume: 117 Pages: 99~110

    • DOI

      10.1016/j.bpj.2019.05.014

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Two‐step induction of cdsA promoters leads to upregulation of the glycolipid MPIase at cold temperature2019

    • Author(s)
      Sawasato Katsuhiro、Sekiya Yusei、Nishiyama Ken‐ichi
    • Journal Title

      FEBS Letters

      Volume: 593 Pages: 1711~1723

    • DOI

      10.1002/1873-3468.13460

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] The bacterial protein YidC accelerates MPIase-dependent integration of membrane proteins2019

    • Author(s)
      Sasaki Masaru、Nishikawa Hanako、Suzuki Sonomi、Moser Michael、Huber Maria、Sawasato Katsuhiro、Matsubayashi Hideaki T.、Kumazaki Kaoru、Tsukazaki Tomoya、Kuruma Yutetsu、Nureki Osamu、Ueda Takuya、Nishiyama Ken-ichi
    • Journal Title

      Journal of Biological Chemistry

      Volume: 294 Pages: 18898~18908

    • DOI

      10.1074/jbc.RA119.011248

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Expression of alcohol oxidase gene from Ochrobactrum sp. AIU 033 in recombinant Escherichia coli through the twin-arginine translocation pathway2019

    • Author(s)
      Matsumura Kenji、Yamada Miwa、Yamashita Takeshi、Muto Hitomi、Nishiyama Ken-ichi、Shimoi Hitoshi、Isobe Kimiyasu
    • Journal Title

      Journal of Bioscience and Bioengineering

      Volume: 128 Pages: 13~21

    • DOI

      10.1016/j.jbiosc.2018.12.012

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Increased expression of the bacterial glycolipid MPIase is required for efficient protein translocation across membranes in cold conditions2019

    • Author(s)
      Sawasato Katsuhiro、Suzuki Sonomi、Nishiyama Ken-ichi
    • Journal Title

      Journal of Biological Chemistry

      Volume: 294 Pages: 8403~8411

    • DOI

      10.1074/jbc.RA119.008457

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] YnbB is a CdsA paralogue dedicated to biosynthesis of glycolipid MPIase involved in membrane protein integration2019

    • Author(s)
      Sato Ryo、Sawasato Katsuhiro、Nishiyama Ken-ichi
    • Journal Title

      Biochemical and Biophysical Research Communications

      Volume: 510 Pages: 636~642

    • DOI

      10.1016/j.bbrc.2019.01.145

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] CdsA is involved in biosynthesis of glycolipid MPIase essential for membrane protein integration in vivo2019

    • Author(s)
      Sawasato Katsuhiro、Sato Ryo、Nishikawa Hanako、Iimura Naoki、Kamemoto Yuki、Fujikawa Kohki、Yamaguchi Toshiyuki、Kuruma Yutetsu、Tamura Yasushi、Endo Toshiya、Ueda Takuya、Shimamoto Keiko、Nishiyama Ken-ichi
    • Journal Title

      Scientific Reports

      Volume: 9 Pages: No 1372

    • DOI

      10.1038/s41598-018-37809-8

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Presentation] Eukaryotic homologs of CdsA possess the ability to biosynthesize glycolipid MPIase involved in membrane protein integration and preprotein translocation2020

    • Author(s)
      Yusei Sekiya, Katsuhiro Sawasato, Ken-ichi Nishiyama
    • Organizer
      International Symposium on “Environmental Response Mechanisms in Plants and Animals”
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Reconstitution of the TAT (Twin-Arginine Translocation) pathway that depends on both TatABC and glycolipid MPIase2020

    • Author(s)
      Kotoka Kanno, Hanako Nishikawa, Katsuhiro Sawasato, Miwa Yamada, Ken-ichi Nishiyama
    • Organizer
      International Symposium on “Environmental Response Mechanisms in Plants and Animals”
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] In vitro analysis of glycolipid MPIase and protein YidC involved in membrane protein insertion2020

    • Author(s)
      Yuta Endo, Masaru Sasaki, Katsuhiro Sawasato, Yuko Shimizu, Ross Dalbey, Ken-ichi Nishiyama
    • Organizer
      International Symposium on “Environmental Response Mechanisms in Plants and Animals”
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] 糖脂質酵素MPIaseの生合成経路の探索2020

    • Author(s)
      亀本有生、 川上真由、 船場菜々香、 沢里克宏、藤川紘樹、島本啓子、西山賢一
    • Organizer
      第2回細胞形成研究会
  • [Presentation] TATタンパク質膜透過の再構成2020

    • Author(s)
      西川華子、菅野琴華、沢里克宏、山田美和、菊池慶実、西山賢一
    • Organizer
      第2回細胞形成研究会
  • [Presentation] MPIaseはTAT(Twin-Arginine Translocation)膜透過反応に必須である2020

    • Author(s)
      菅野琴華、西川華子、沢里克宏、山田美和、西山賢一
    • Organizer
      第2回細胞形成研究会
  • [Presentation] 真核生物のCdsAホモログによるタンパク質膜挿入因子MPIase生合成2020

    • Author(s)
      関谷優晟、沢里克宏、西山 賢一
    • Organizer
      第2回細胞形成研究会
  • [Presentation] タンパク質膜挿入反応に関わる糖脂質酵素 MPIase の構造と機能の解析2020

    • Author(s)
      村本真規、鈴木苑実、藤川紘樹、島本啓子、西山賢一
    • Organizer
      第2回細胞形成研究会
  • [Presentation] 生体膜に化学物質に対する耐性度を与える因子の探索2020

    • Author(s)
      沢里克宏、平野絵里香、西向めぐみ、西山賢一
    • Organizer
      第2回細胞形成研究会
  • [Presentation] タンパク質膜挿入に関わる因子群と膜電位との協調的作用のin vitro解析2020

    • Author(s)
      遠藤佑太、志水優子、西山賢一
    • Organizer
      第2回細胞形成研究会
  • [Presentation] 2つの類似糖脂質MPIaseとECAは生合成経路が全く異なる2020

    • Author(s)
      亀本有生、船場菜々香、沢里克宏、西山賢一
    • Organizer
      第2回細胞形成研究会
  • [Presentation] タンパク質膜挿入・膜透過反応に関与する「糖脂質酵素(Glycolipozyme)」MPIaseの構造と機能2020

    • Author(s)
      西山賢一
    • Organizer
      新潟薬科大学学術講演会
    • Invited
  • [Presentation] 大腸菌のタンパク質膜挿入・膜透過にかかわる糖脂質MPIaseの構造と機能2020

    • Author(s)
      西山賢一
    • Organizer
      遺伝研研究会「単細胞システムにおける細胞内装置の動的相互作用」
    • Invited
  • [Presentation] タンパク質膜挿入に必須の糖脂質酵素 MPIase の中間体解析と新規生合成因子 YncL の同定2019

    • Author(s)
      亀本有生、川上真由、船場 菜々香、沢里克宏、藤川紘樹、島本啓子、西山賢一
    • Organizer
      21世紀大腸菌研究会
  • [Presentation] 糖脂質酵素 MPIase は TAT 膜透過反応に必須の因子である2019

    • Author(s)
      西川華子、菅野琴華、沢里克宏、山田美和、菊池慶実、西山賢一
    • Organizer
      21世紀大腸菌研究会
  • [Presentation] MPIase は TAT (Twin-Arginine Translocation) 基質の膜へのターゲティングに関与する2019

    • Author(s)
      菅野琴華、西川華子、沢里克宏、山田美和、西山賢一
    • Organizer
      21世紀大腸菌研究会
  • [Presentation] Cds ファミリーによる大腸菌における MPIase 生合成能およひ?リン脂質生合成能の評価2019

    • Author(s)
      関谷優晟、沢里克宏、西山賢一
    • Organizer
      21世紀大腸菌研究会
  • [Presentation] 2 つの類似糖脂質 MPIase と ECA は生合成経路が全く異なる2019

    • Author(s)
      亀本有生、船場菜々香、沢里克宏、西山賢一
    • Organizer
      日本生化学会東北支部第85回例会
  • [Presentation] タンパク質膜挿入に関与する糖脂質MPIaseの生合成酵素CdsAの真核生物ホモログの機能解析2019

    • Author(s)
      関谷優晟、 沢里克宏、西山賢一
    • Organizer
      第92回日本生化学会大会
  • [Presentation] MPIaseはTAT (Twin-Arginine Translocation) 経路における基質の膜へのターゲティングに関与する2019

    • Author(s)
      菅野琴華、 西川華子、沢里克宏、山田美和、西山賢一
    • Organizer
      第92回日本生化学会大会
  • [Presentation] タンパク質膜挿入に必須の糖脂質酵素MPIaseの生合成に関わる因子の探索2019

    • Author(s)
      亀本有生、 川上真由、 船場菜々香、 沢里克宏、藤川紘樹、島本啓子、西山賢一
    • Organizer
      第92回日本生化学会大会
  • [Presentation] 糖脂質MPIase を用いたTAT 膜透過反応の再構成2019

    • Author(s)
      西川華子、菅野琴華、沢里克宏、山田美和、菊池慶実、西山賢一
    • Organizer
      第14 回無細胞生命科学研究会
  • [Presentation] 糖脂質酵素MPIase 生合成因子の探索とその機能解析2019

    • Author(s)
      亀本有生、船場菜々香、藤川紘樹、島本啓子、西山賢一
    • Organizer
      第14 回無細胞生命科学研究会
  • [Presentation] 糖脂質酵素 MPIase の生合成に関与する新規因子YncLの同定2019

    • Author(s)
      亀本有生、川上真由、船場菜々香、藤川紘樹、島本啓子
    • Organizer
      日本農芸化学会東北支部 第154大会
  • [Presentation] Cds(CDP ジアシルグリセロール合成酵素)ファミリーによるタンパク質膜挿 入因子MPIaseの生合成2019

    • Author(s)
      関谷優晟、沢里克宏、西山賢一
    • Organizer
      日本農芸化学会東北支部 第154大会
  • [Presentation] TAT(Twin-Arginine Translocation)経路においてMPIaseは基質の膜へのターゲ ティングに関与する2019

    • Author(s)
      菅野琴華、西川華子、沢里克宏、山田美和、西山賢一
    • Organizer
      日本農芸化学会東北支部 第154大会
  • [Presentation] 真核生物のCdsファミリーはバクテリアの糖脂質MPIase生合成活性をもつ2019

    • Author(s)
      関谷優晟、沢里克宏、西山 賢一
    • Organizer
      第42回日本分子生物学会年会
  • [Presentation] MPIaseはTAT (Twin-Arginine Translocation) 経路における基質の細胞質膜へのターゲティングに関与する2019

    • Author(s)
      菅野琴華、西川華子、沢里克宏、山田美和、西山賢一
    • Organizer
      第42回日本分子生物学会年会
  • [Presentation] タンパク質膜挿入反応を触媒する糖脂質MPIaseの生合成因子の同定2019

    • Author(s)
      亀本有生、船場菜々香、川上真由、藤川紘樹、島本啓子、西山賢一
    • Organizer
      第42回日本分子生物学会年会
  • [Presentation] Dissection of function of machinery for membrane protein insertion involving glycolipid MPIase and protein YidC2019

    • Author(s)
      Yuta Endo, Masaru Sasaki, Katsuhiro Sawasato, Yuko Shimizu, Ross Dalbey, Ken-ichi Nishiyama
    • Organizer
      UGAS International Simposium~Thai-Japan Agricultural Science
    • Int'l Joint Research
  • [Remarks] 岩手大学農学部・応用生物化学科・分子生物学研究室

    • URL

      http://news7a1.atm.iwate-u.ac.jp/~sec/

URL: 

Published: 2021-01-27  

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