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2017 Fiscal Year Annual Research Report

Experimental evolution of Saccharomyces cerevisiae

Research Project

Project/Area Number 15KT0147
Research InstitutionThe University of Tokyo

Principal Investigator

中岡 慎治  東京大学, 生産技術研究所, 派遣研究員 (30512040)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 川上 英良  国立研究開発法人理化学研究所, 科学技術ハブ推進本部, ユニットリーダー (30725338)
細田 一史  大阪大学, 未来戦略機構, 特任准教授(常勤) (30515565)
Project Period (FY) 2015-07-10 – 2018-03-31
Keywords人工培養系 / 数理モデル / 進化のダイナミクス / 複合オミクス解析
Outline of Annual Research Achievements

本研究では、人工的な実験生態系を対象に実験、数理解析を行うことで、進化や適応によって新機能が創出される生命のロバストな一面を予測し、実験的に検証することを目指して研究を進めている。今年度における理論、実験研究それぞれの進捗状況は以下の通りである。

[実験] ロイシンを産生して排出する大腸菌の存在下でロイシン要求性の酵母を共培養させ、ロイシンを段階的に減らしていく進化実験を行った。酵母と大腸菌が共に増殖を確認できるロイシン濃度の培地から、徐々にロイシンを薄くしていっても酵母・大腸菌共に増殖できるような系が得られたため、大腸菌祖先・進化株、単独培養株計3種、酵母の祖先・進化株、単独培養株3種から、複数種類の共培養系を構築し、大腸菌・酵母の個体数を計測した。また、大腸菌において進化の可能性を示唆する観察結果も見受けられたため、共培養によって変化したと考えられる遺伝子発現状態や、進化によって変化した可能性のあるゲノム変異を調べることとした。具体的には、酵母を中心に増殖期のトランスクリプトームとゲノムデータ解析に必要な実験を進めた。

[理論] 上述した進化実験と並行して、単培養系における大腸菌と酵母の遺伝子発現状態変化の時系列データの解析に着手し始めた。具体的には、M3 database とよばれる大腸菌・酵母の時系列を含むトランスクリプトームデータを取得し、次元縮減法の適用による特徴量抽出など、様々な単培養条件下における細胞増殖時の遺伝子発現変化の予測を可能にする数理解析手法の構築を進めた。また、共培養環境に由来する遺伝子発現ネットワークの変化を調べるための数理手法構築の検討を進めた。また、転写システムの進化に関して真核生物、古細菌において配列比較解析を行い、分子内リピートに着目した指標を用いることで真核生物と古細菌における異なる転写システムの進化様式を明らかにした。

  • Research Products

    (10 results)

All 2018 2017

All Journal Article (6 results) (of which Int'l Joint Research: 3 results,  Peer Reviewed: 6 results,  Open Access: 3 results) Presentation (4 results) (of which Int'l Joint Research: 3 results,  Invited: 1 results)

  • [Journal Article] The CCR4-NOT deadenylase complex controls Atg7-dependent cell death and heart function2018

    • Author(s)
      Yamaguchi Tomokazu et al
    • Journal Title

      Science Signaling

      Volume: 11 Pages: eaan3638~3638

    • DOI

      doi: 10.1126/scisignal.aan3638

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Dynamics of tumor immune escape via adaptive change2018

    • Author(s)
      Naoki Nakada, Mizuho Nagata, Yueping Dong, Yasuhiro Takeuchi, and Shinji Nakaoka
    • Journal Title

      Nonlinear Theory and Its Applications

      Volume: E9-N Pages: -

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Human-Specific Adaptations in Vpu Conferring Anti-tetherin Activity Are Critical for Efficient Early HIV-1 Replication In?Vivo2018

    • Author(s)
      Yamada Eri、Nakaoka Shinji、Klein Lukas、Reith Elisabeth、Langer Simon、Hopfensperger Kristina、Iwami Shingo、Schreiber Gideon、Kirchhoff Frank、Koyanagi Yoshio、Sauter Daniel、Sato Kei
    • Journal Title

      Cell host and microbes

      Volume: 23 Pages: 110~120.e7

    • DOI

      10.1016/j.chom.2017.12.009

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] A highly pathogenic simian/human immunodeficiency virus effectively produces infectious virions compared with a less pathogenic virus in cell culture2017

    • Author(s)
      Iwanami Shoya、Kakizoe Yusuke、Morita Satoru、Miura Tomoyuki、Nakaoka Shinji、Iwami Shingo
    • Journal Title

      Theoretical Biology and Medical Modelling

      Volume: 14 Pages: 9

    • DOI

      10.1186/s12976-017-0055-8

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] HIV-1 competition experiments in humanized mice show that APOBEC3H imposes selective pressure and promotes virus adaptation2017

    • Author(s)
      Nakano Yusuke、Misawa Naoko、Juarez-Fernandez Guillermo、Moriwaki Miyu、Nakaoka Shinji、Funo Takaaki、Yamada Eri、Soper Andrew、Yoshikawa Rokusuke、Ebrahimi Diako、Tachiki Yuuya、Iwami Shingo、Harris Reuben S.、Koyanagi Yoshio、Sato Kei
    • Journal Title

      PLOS Pathogens

      Volume: 13 Pages: 1006348~1006348

    • DOI

      10.1371/journal.ppat.1006348

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Leading role of TBP in the Establishment of Complexity in Eukaryotic Transcription Initiation Systems2017

    • Author(s)
      Kawakami Eiryo、Adachi Naruhiko、Senda Toshiya、Horikoshi Masami
    • Journal Title

      Cell Reports

      Volume: 21 Pages: 3941~3956

    • DOI

      10.1016/j.celrep.2017.12.034

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] Mathematical and informatics analysis of community composition change of the gut microbiota2018

    • Author(s)
      Shinji Nakaoka
    • Organizer
      2018 INTERNATIONAL WORKSHOP ON MATHEMATICAL BIOLOGY
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Detection of responding factors to external perturbation in a microbial community2017

    • Author(s)
      Shinji Nakaoka
    • Organizer
      Proceedings of International Symposium on Nonlinear Theory and Its Applications
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Data mining of metabolic interactions in a gut microbial community induced by viral infection2017

    • Author(s)
      Shinji Nakaoka, Kei Sato (佐藤佳)
    • Organizer
      SMB 2017 Annual Meeting
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] 医学生物学研究におけるデータ駆動型アプローチ2017

    • Author(s)
      川上英良
    • Organizer
      第9回数理デザイン道場(CREST生命動態)
    • Invited

URL: 

Published: 2018-12-17  

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