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2007 Fiscal Year Annual Research Report

一分子生理学における生体分子機械の動作機構の解明

Research Project

Project/Area Number 16002013
Research InstitutionWaseda University

Principal Investigator

木下 一彦  Waseda University, 理工学術院, 教授 (30124366)

Keywords一分子観察 / 一分子操作 / 回転分子モーター / F1-ATPase / リニアー分子モーター / ミオシンV / トポイソメラーゼ / 光ピンセット
Research Abstract

(1)F1-ATPaseの回転機構
F1は、α_3β_3の6個のサブユニットが作る筒の中でγサブユニットが回転する回転分子モーターである。結晶構造をみると、γのアミノおよびカルボキシル末端はそれぞれαヘリクスを形成し、両者がコイルドコイルとなってα_3β_3の筒の中央に深く突き刺っている。いわば回転軸である。この回転軸を遺伝子的に全部削り取って、残りのγ頭部がα_3β_3の筒の入り口にちょこんと乗っただけにしてしまっても、γは正しい方向に100回転以上回るという、驚くべき結果が得られた。時々不規則な動きも見られるのだが、これはγ頭部の向きが結晶中と大きく異なるとしないと説明できそうもない。いずれにしても、結晶構造に基づいた従来の回転モデルは振り出しに戻ると言わざるをえない。逆に、ヘリケースなどF1に類似の構造を持つ他のたんぱく質も回転する可能性があることを示唆するものともいえる。
一方、回転軸のカルボキシル末端を、βサブユニットと遺伝子的につないでしまっても、野生型とほとんど遜色のない回転をすることがわかった。この変異体を用いると、上記の回転軸の切り欠き以外の欠損をγサブユニットに加えることが可能であり、どこまで削っても回転が失われないかを調べている。
4℃から50℃の間でF1の回転および加水分解活性を調べたところ、低温では、ATP待ちの角度付近に、ATP待ち以外の律速過程が出現することがわかった。ADP解離が有力である。
(2)トポイソメラーゼの働きの可視化
光ピンセットを使って2本のDNAを絡ませ、そこにトポイソメラーゼを作用させると、絡まりが解けてビーズが浮き上がることを示した。
(3)ミオシンの足首の運動
我々の提唱しているミオシンの爪先上下機構を検証するため、ミオシンVの足首の角度がATP依存的に変化するのを一分子観察する試みを開始した。

  • Research Products

    (20 results)

All 2008 2007 Other

All Journal Article (4 results) Presentation (15 results) Remarks (1 results)

  • [Journal Article] Axle-less F1-ATPase rotates in the correct direction.2008

    • Author(s)
      Shou Furuike, et al.
    • Journal Title

      Science 319

      Pages: 955-958

  • [Journal Article] Coupling of rotation and catalysis in F1-ATPase revealed by single-molecule imaging and manipulation.2007

    • Author(s)
      Kengo Adachi, et al.
    • Journal Title

      Cell 130

      Pages: 309-321

  • [Journal Article] Myosin V walks by lever action and Brownian motion.2007

    • Author(s)
      Katsuyuki Shiroguchi, and Kazuhiko Kinosita, Jr.
    • Journal Title

      Science 316

      Pages: 1208-1212

  • [Journal Article] Temperature Dependence of the Rotation and Hydrolysis Activities of F_1-ATPase

    • Author(s)
      Shou Furuike, et al.
    • Journal Title

      Biophysical Journal (in press)

  • [Presentation] F_1-ATPase with fused γ and β subunits.2008

    • Author(s)
      Ayako Kohori, Katsuyuki Shiroguchi, Shou Furuike, Masasuke Yoshida, Kazuhiko Kinosita, Jr
    • Organizer
      16th IUPAB International Biophysics Congress.
    • Place of Presentation
      Long Beach, California, U.S.A.
    • Year and Date
      20080202-06
  • [Presentation] Direct observation of DNA untangling magic by a type-II top oisomerase.2008

    • Author(s)
      Katsunori Yogo, Taisuke Ogawa, Kazuhiko Kinosita, Jr
    • Organizer
      16th IUPAB International of Biophysics Congress.
    • Place of Presentation
      Long Beach, California, U.S.A.
    • Year and Date
      20080202-06
  • [Presentation] DNAトポイソメラーゼIIの1分子解析2008

    • Author(s)
      小川泰作、余語克紀、小畠紗季、木下一彦
    • Organizer
      2008年 生体運動研究合同班会議
    • Place of Presentation
      仙台市戦災復興記念館記念ホール
    • Year and Date
      20080107-09
  • [Presentation] DNAトポイソメラーゼIIが絡まりを解くところを観る。2008

    • Author(s)
      余語克紀、小川泰作、小畠紗季、木下一彦
    • Organizer
      2008年生体運動研究合同班会議
    • Place of Presentation
      仙台市戦災復興記念会記念ホール
    • Year and Date
      20080107-09
  • [Presentation] F_1-ATPaseのATP加水分解中のヌクレオチド結合数、非触媒部位にヌクレオチドが結合できない異変体を使って2007

    • Author(s)
      下-昆理恵子、宗行英朗、足立健吾、古池晶、酒井坦、吉田賢右、木下一彦
    • Organizer
      第45回日本生物物理学会年会
    • Place of Presentation
      パシフィコ横浜
    • Year and Date
      20071221-23
  • [Presentation] 吊られたアクチンフィラメント上の束縛されないミオシンVの運動の直接観察2007

    • Author(s)
      田島勇治、城口克之、木下一彦
    • Organizer
      第45回日本生物物理学会年会
    • Place of Presentation
      パシフィコ横浜
    • Year and Date
      20071221-23
  • [Presentation] マイクロビーズがF1-ATPaseの回転方向と逆に回転する現象について(P)2007

    • Author(s)
      木下昌威、木下一彦
    • Organizer
      第45回日本生物物理学会年会
    • Place of Presentation
      パシフィコ横浜
    • Year and Date
      20071221-23
  • [Presentation] γ-β fusion mutantを用いたF1-ATPaseの回転におけるγサブユニットN末端の役割の解明(P)2007

    • Author(s)
      小堀綾子、城口克之、古池晶、吉田賢右、木下一彦
    • Organizer
      第45回日本生物物理学会年会
    • Place of Presentation
      パシフィコ横浜
    • Year and Date
      20071221-23
  • [Presentation] Studies of subunit-truncated F_1-ATPase.2007

    • Author(s)
      Delawar Mohammad Hossain, 古池晶、牧泰史、足立健吾、木下一彦
    • Organizer
      第45回日本生物物理学会年会
    • Place of Presentation
      パシフィコ横浜
    • Year and Date
      20071221-23
  • [Presentation] トポイソメラーゼIIがDNAの絡まりを解くところを観る2007

    • Author(s)
      余語克紀、小川泰作、木下一彦
    • Organizer
      Biochemistry and Molecular Biology
    • Place of Presentation
      パシフィコ横浜
    • Year and Date
      20071211-15
  • [Presentation] How dose F_1ATPase rotate?2007

    • Author(s)
      Kazuhiko Kinosita, Jr
    • Organizer
      Engineering Life
    • Place of Presentation
      Germany.
    • Year and Date
      20071203-07
  • [Presentation] Single-molecule physiology of protein machines.2007

    • Author(s)
      Kazuhiko Kinosita, Jr
    • Organizer
      30th Anniversary Symposium of Institute of Biological Chemistry (IBC), Academia Sinica Proteins-from Chemistry to Biology
    • Place of Presentation
      Taipei, Taiwan.
    • Year and Date
      20071024-26
  • [Presentation] How molecular machines may sense the free energy?2007

    • Author(s)
      Kazuhiko Kinosita, Jr
    • Organizer
      The Third Workshop of the UK-Japan Bionanotechnology Collaboration.
    • Place of Presentation
      Oxford, England
    • Year and Date
      20070719-20
  • [Presentation] Single-molecule physiology of protein machines.2007

    • Author(s)
      Kazuhiko Kinosita, Jr
    • Organizer
      European Biophysics Congress London 2007
    • Place of Presentation
      London, England
    • Year and Date
      20070714-18
  • [Presentation] Single-molecule physiology under an optical microscope.2007

    • Author(s)
      Kazuhiko Kinosita, Jr
    • Organizer
      XXIII Biennial of the Society of Microscopy of Spain
    • Place of Presentation
      Spain.
    • Year and Date
      20070703-06
  • [Remarks]

    • URL

      http://www.k2.phys.waseda.ac.jp/

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Published: 2010-02-04   Modified: 2016-04-21  

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