2004 Fiscal Year Annual Research Report
大腸菌にあるべき代謝のインタラクティブWWWマップ
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16014206
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| Research Institution | The University of Tokyo |
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Principal Investigator |
有田 正規 東京大学, 大学院・新領域創成科学研究科, 助教授 (10356389)
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| Keywords | 代謝 / メタボロミクス / メタボローム / ネットワーク |
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| Research Abstract |
1.脂質代謝情報の収集
脂質代謝に関与する化合物の構造情報、名称を、LipidBankデータベースに登録されているものを中心に整理した。構造情報はChemDrawファイルに絵として描かれていたものを原子情報を含んだMOLファイルに変換し、可能な限り不斉炭素の情報まで入力した。また名称は全て辞書を用いて確認し、構造と名前が一致していないものに関して識者に聞き直す作業を続けている。構造情報と名称それぞれ1500分子程度について整理を完了した。完了した構造情報はいったんLipidBaseデータベースとして脂質代謝の研究者向けに整理した。また代謝マップに関連付けた形でARMデータベースに収録した。
2.代謝マップの視覚化
開発した代謝マップエディタを用い大腸菌の代謝情報を視覚化した。大腸菌代謝マップの全体像を構成する部分代謝経路マップの集合として表現した。各部分代謝マップには代謝物の構造情報が記述され、任意の原子をトレースする機能を持つ。また各マップの要素から他データベースへ簡単にアクセスできるように工夫を施した。これらの代謝マップはウェブサイトにて公開した。
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