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2004 Fiscal Year Annual Research Report

タンパク-タンパク相互作用面の構造インフォマティクス

Research Project

Project/Area Number 16014208
Research InstitutionTokyo Institute of Technology

Principal Investigator

太田 元規  東京工業大学, 学術国際情報センター, 助教授 (40290895)

Keywords立体構造 / 相互作用面 / SCOP / 会合状態 / 構造変化
Research Abstract

タンパク質の配列データベースUniProt 2.3(全14万エントリー)より、会合状態に関する注釈があり、かつ立体構造が判明しているエントリ2380個を抜き出し,「配列の85%が1つのドメインでカバーされている」「構造が不明な部分は最大40残基以下」の二つを用いて818個の「単一ドメインから成るホモ多量体」を得た。これらがとりうる会合状態と構造の関係を要領で調べた。まず「あるfoldに属するタンパク質が取る会合状態の集合」を「そのfoldで取り得る会合状態」と考えることにする。たとえば、あるfoldに二量体、四量体、八量体をとるタンパク質が属する場合、「そのfoldならば二、四、八量体を取り得る」と捉える事が出来る。逆に、大量のタンパク質があるfoldに所属していたとしても、それらのタンパク質が全て二量体であった場合、そのfoldで取り得るのは二量体のみ、ということになる。これにより、「取り得る会合状態が複数あるfold」を選び出したところ、その数は69であった。これら69のfoldそれぞれにつき、所属するタンパク質がさらに下位の分類(superfamily、family、domain)ではどのように分布しているか、階層構造をチェックした。その結果、53のfoldで、「そのfoldに所属するタンパク質は全て同一のsuperfamilyに属する」ことが明らかになった。これは同一foldに属するタンパク質の会合状態の違いが、「superfamilyの違い」よりも、それ以下(familyやdomain、species)の違いによって引き起こされている事を示唆している。また、特に会合状態の違いは「familyが異なるタンパク質同士」や「domainが異なるタンパク質同士」に良く見られることも分かった。現在、各階層でどのような構造的・配列的差異があるかをより詳細に知るため、「同じdomainに属するタンパク質(=speciesが異なるタンパク質)」間での「会合状態別の相互作用面の構造・配列上の位置」及び「会合状態が同じ/異なるタンパク質を重ね合わせた時のCα間距離と相互作用面の関係」について調査を行っている。

  • Research Products

    (4 results)

All 2004

All Journal Article (4 results)

  • [Journal Article] Phylogeny of protein-folding trajectories reveals a unique pathway to native structure2004

    • Author(s)
      Ota, Ikeguchi, Kidera
    • Journal Title

      Proc.Natl.Acad.Sci.USA. 101

      Pages: 17658-17663

  • [Journal Article] The crystal structure of the tryptophan synthase beta subunit from the hyperthermophile Pyrococcus furiosus2004

    • Author(s)
      Hioki et al.
    • Journal Title

      Eur.J.Biochem. 271

      Pages: 2624-2635

  • [Journal Article] Integrative annotation of 21,037 human genes validated by full-length cDNA clones.2004

    • Author(s)
      Imanishi et al.
    • Journal Title

      PLoS.Biol. 2

      Pages: E162

  • [Journal Article] タンパク質の安定性と機能部位2004

    • Author(s)
      太田 元規
    • Journal Title

      生物物理 255

      Pages: 230-231

URL: 

Published: 2006-07-12   Modified: 2016-04-21  

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