比較ゲノム解析による進化・多様性のゲノム基盤の解明

2008 Fiscal Year Annual Research Report

• Project/Area Number: 16064101
• Research Institution: National Institute of Informatics
• Principal Investigator: 藤山 秋佐夫 National Institute of Informatics, 情報学プリンシプル研究系, 教授 (60142311)
• Keywords: 比較ゲノム / ゲノム科学 / ゲノム情報 / 染色体 / 遺伝学

Research Abstract

本研究領域では、特定領域研究「生命システム情報」、「応用ゲノム」、「基盤ゲノム」のほか、関連研究領域との連携を視野に入れながら、進化や多様化の点で重要な位置にある動物・植物・微生物についてゲノム配列解析や発現解析などを体系的に行い、進化・多様化のゲノム構造上の原因を明らかにすることを目的とした研究を推進する。このため、当初計画では下記の研究項目に計画研究班を設置したが、19年度の中間ヒアリングの結果を反映させ、細胞性粘菌研究班、昆虫ゲノム研究班、葉緑体ゲノム研究班の3班を追加した。また、公募研究班についても計画の5年目に当たるため再度の公募を行い、班構成の組換えを実施した。
研究項目BO1 比較ゲノム解析による進化プロセスの解明
研究項目BO2 ヒトの進化をもたらしたゲノム構造変化の解析
研究項目BO3 基軸モデル動物・植物の近縁種ゲノムの解析によるシステム比
研究項目BO4 生物相互作用のゲノム基盤の解明
研究項目BO5 比較ゲノム解析推進のための情報技術開発及び理論研究
また、計画研究、公募研究で共通性の高いリソース整備、クローンスクリーニング、情報統計処理を支援するために、支援班を設け、活動を行った。
領域全体の研究を円滑に進めるため、20年5月に比較ゲノム特定領域の班会議に加え、ゲノム特定4領域全体の合同班会議を20年8月に実施した。また、比較ゲノム情報研究会を6月に、昆虫ゲノム国際シンポジウムを21年3月に神戸で開催した。また、7月に総括班会議を開催して領域全体の運営に関する調整を図った。
直、本研究班は総括班であるため、実際の研究は実施していない。

Research Products

• [Journal Article] The amphioxus genome and the evolution of the chordate karyotype (2008)
  • Author(s): Putnam NH, et.al, including Y. Kuroki and A. Fujiyama
  • Journal Title: Nature 453 Pages: 1064-1071
  • Peer Reviewed
• [Presentation] Effect of hyper-parallel sequencers on comparative genomics (2008)
  • Author(s): Asao Fujiyama, Atsushi Toyoda, Yoko Kuroki, Tadasu Shin-I, Yuji Kohara
  • Organizer: 第31回日本分子生物学会年会・第81回日本生化学会大会(BMB2008)
  • Place of Presentation: 神戸(兵庫)
  • Year and Date: 20081209-12
• [Presentation] 緑藻クラミドモナスの完全長cDNA配列解析とゲ (2008)
  • Author(s): 久保雄昭, 山野隆志, 佐竹知也, 鈴木穣, 菅野純夫, 藤山秋佐夫, 黒木陽子, 小原雄治, 新井理, 伊藤武彦, 福澤秀哉
  • Organizer: 第31回日本分子生物学会年会・第81回日本生化学会大会(BMB2008)
  • Place of Presentation: 神戸(兵庫)
  • Year and Date: 20081209-12
• [Presentation] 立襟鞭毛虫Monosiga ovataゲノムプロジェクト : II. 動物の初期進化における遺伝子多様化 (2008)
  • Author(s): 岩部直之, 隈啓一, 加藤和貴, 藤博幸, 廣瀬希, 佐々木剛, 菅裕, 宮田隆, 鈴木穣, 笠原雅弘, 新井理, 大石加寿子, 鹿児島浩, 豊田敦, 黒木陽子, 菅野純夫, 森下真一, 小原雄治, 藤山秋佐夫
  • Organizer: 第31回日本分子生物学会年会・第81回日本生化学会大会(BMB2008)
  • Place of Presentation: 神戸(兵庫)
  • Year and Date: 20081209-12
• [Presentation] 立襟鞭毛虫Monosiga ovataゲノムプロジェクト : I. ゲノム (2008)
  • Author(s): 隈啓一, 岩部直之, 加藤和貴, 藤博幸, 廣瀬希, 菅裕, 宮田隆, 鈴木穣, 笠原雅弘, 新井理, 大石加寿子, 鹿児島浩, 豊田敦, 黒木陽子, 菅野純夫, 森下真一, 小原雄治, 藤山秋佐夫
  • Organizer: 第31回日本分子生物学会年会・第81回日本生化学会大会(BMB2008)
  • Place of Presentation: 神戸(兵庫)
  • Year and Date: 20081209-12
• [Presentation] オキゴンドウMHC領域のゲノム配列決定と比較ゲノム解析 (2008)
  • Author(s): 渡辺舞, 細道一善, 野口英樹, 黒木陽子, 豊田敦, 田中彰, 猪子英俊, 藤山秋佐夫, 椎名隆
  • Organizer: 第31回日本分子生物学会年会・第81回日本生化学会大会(BMB2008)
  • Place of Presentation: 神戸(兵庫)
  • Year and Date: 20081209-12
• [Presentation] Comparative analysis of glutamate receptor gene family between human and chimpanzee (2008)
  • Author(s): Hiroki Shibata, Hiroki Goto, Kazunori Watanabe, Yoko Kuroki, Atsushi Toyoda, Masahira Hattori, Yoshiyuki Sakaki, Asao Fujiyama, Yasuyuki Fukumaki
  • Organizer: 第31回日本分子生物学会年会・第81回日本生化学会大会(BMB2008)
  • Place of Presentation: 神戸(兵庫)
  • Year and Date: 20081209-12
• [Presentation] Comprehensive analyses of Y chromosomes toward understanding of the male-specific genome functions (2008)
  • Author(s): Yoko Kuroki, Atsushi Toyoda, Shouji Tatsumoto, Yoshiyuki Sakaki and Asao Fujiyama
  • Organizer: 2008 Cold Spring Harbor Laboratory Meeting on the Biology of Genomes
  • Place of Presentation: Cold Spring Harbor, USA
  • Year and Date: 20080506-10
• [Remarks]
  • URL: http://www.genome-sci.jp/