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2007 Fiscal Year Annual Research Report

ヒドロゲナーゼの活性部位における金属クラスターの構造化学と機能発現

Research Project

Project/Area Number 16074214
Research InstitutionUniversity of Hyogo

Principal Investigator

樋口 芳樹  University of Hyogo, 生命理学研究科, 教授 (90183574)

Keywords[NiFe]ヒドロゲナーゼ / 超高分解能X線結晶解析 / 硫酸還元菌 / 中性子結晶解析 / 燃料電池 / バイオ水素 / 金属タンパク質 / 重水素化タンパク質
Research Abstract

ヒドロゲナーゼはNiとFeを活性部位に持つ金属酵素であり,水素の酸化・還元を触媒する機能を持つ.本酵素の工業的利用の可能性を探る研究は新規燃料電池の開発や石油に変わるクリーンエネルギー生成の道を拓くことにつながる.活性部位のNiとFe以外にアミノ酸以外の分子が配位した複核金属錯体を形成している.これまでにX線結晶解析の手法で「酸化型」「水素還元型」,「CO阻害型」,「光活性型」などの高分解能結晶構造を明らかにしてきた.本研究では,酸化型についてさらに詳細に構造化学的研究を展開し,不活性で安定な型「Ni-A型」と活性準備型であるが不安定な型「Ni-B型」をつくりわけ,さらに両者を結晶化して構造解析することに成功した.これにより酵素自身が活性化される過程において起こす配位構造の変化を捕らえることに成功した.また,基質・水素の挙動を直接捕らえるためには中性子結晶解析を行う必要がある.そのために重水中でのヒドロゲナーゼの結晶化条件をスクリーニングし, 1.0 mm^3以上の体積を持つ結晶の調製に成功した.今後は,タンパク質の全水素原子の重水素化を目指したタンパク質の調製法の検討に入る予定である.
また,活性部位の配位子構造を構築するための酵素群のうち,HypEタンパク質やCO誘導型ヒドロゲナーゼの遺伝子を活性化する転写因子・CooAタンパク質の結晶構造解析に成功し,それらの結果などを構造生物学の専門誌に公表した.

  • Research Products

    (25 results)

All 2008 2007

All Journal Article (8 results) (of which Peer Reviewed: 8 results) Presentation (16 results) Book (1 results)

  • [Journal Article] Metalation of Expanded Porphyrins: A Chemical Trigger Used To Produce Molecular Twisting and Mobius Aromaticity2008

    • Author(s)
      Y, Tanaka, S.Saito, S.Mori, N.Aratani, H.Shinokubo, N.Shibata, Y.Higuchi, Z.S.Yoon, K.S.Kim, S.B.Noh, J.K.Park, D.Kim, A.Osuka
    • Journal Title

      Angew.Chem.Int.Ed. 47

      Pages: 681-684

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] A Dinuclear Ni(mu-H)Ru Complex Derived From H_22007

    • Author(s)
      S.0go, R.Kabe, K.Uehara B.Kure, T.Nishimura, S.C.Menon, R.Harada, S.Fukuzumi, Y.Higuchi, T.Ohhara, T.Tamada, R.Kuroki
    • Journal Title

      Science 316

      Pages: 585-587

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] The DIX domain of Dishevelled confers Wnt signaling by dynamic polymerization2007

    • Author(s)
      T.S.Romond, M.Fiedler, N.Shibata, P.Jonathan G.Butler, A.Kikuchi, Y.Higuchi, M.Bienz
    • Journal Title

      Nature Structural and Molecular Biology 14

      Pages: 484-492

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Nylon-oligomer degrading enzyme/substrate complex:catalytic mechanism of 6-aminohexanoate-dimer hydrolase2007

    • Author(s)
      S.Negoro, T.Ohki, N.Shibata, K.Sasa, H.Hayashi, H.Nakano, K.Yasuhira, D.Kato, M.Takeo.Y.Hiffuchi
    • Journal Title

      J.Mol.Biol 370

      Pages: 142-156

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Crystal structures of hydrogenase maturation protein HypE in the apo and ATP-bound forms2007

    • Author(s)
      Y.Shomura, H.Komori, N.Miyabe, M.Tomiyama, N.Shibata Y.Higuchi
    • Journal Title

      J.Mol.Biol 372

      Pages: 1045-1054

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Structure and Function of the Engineered Multicopper Oxidase,Cue O from Escherichia coli2007

    • Author(s)
      K.Kataoka, H.Komori, Y.Ueki, Y.Konno, S.Tsujimura, Y.Higuchi, K.Kano, T.Sakurai
    • Journal Title

      J.Mol.Biol 373

      Pages: 141-152

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Crystallization and preliminary X-ray crystallographic studies of the Axin DIX domain2007

    • Author(s)
      H.Ogata, H.Komori, Y.Shomura, M.Kataoka, S.Shimizu, J.Kondo, H.Yamamoto, A.Kikuchi Y.Higuchi
    • Journal Title

      Acta Crystallogr. F63

      Pages: 529-531

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Determination of the Role of the Carboxyl-terminal Leucine-122 in FMN-binding Protein by Mutational and Structural Analysis2007

    • Author(s)
      M, Kitamura, K.Terakawa, H.Inoue, T.Hayashida, K.Suto, Y.Morimoto, N.Yasuoka, N.Shibata, Y.Higuchi
    • Journal Title

      J.Biochem. 141

      Pages: 459-468

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] DIXドメインを介するWntタンパク質の可逆的ポリマー化の構造基盤とWntシグナル制御モデル2007

    • Author(s)
      柴田直樹, T.Schwarz-Romond, M.Fielder, B.Jonathan, 小森博文, 庄村康人, 山本英樹, 菊池章, M Bienz, 樋口芳樹
    • Organizer
      日本生物物理学会第45回年会
    • Place of Presentation
      横浜
    • Year and Date
      2007-12-21
  • [Presentation] Stucture and Function of the Engineered Multicopper Oxidase,CueO fromEscherichia coli2007

    • Author(s)
      K.Kataoka, H.Komori, Y.Ueki, Y.Konno, S.Tsujimura, Y.Higuchi, K.Kano and T.Sakurai
    • Organizer
      日本生化学会年会
    • Place of Presentation
      横浜
    • Year and Date
      2007-12-04
  • [Presentation] マルチ銅オキシダーゼCueO変異体の構造解析2007

    • Author(s)
      小森 博文・片岡 邦重・植木 優作・今野 佑介・上高 雄二・黒瀬 伸治・辻村 清也・加納 健司・瀬尾 俤介・櫻井 武・樋口 芳樹
    • Organizer
      日本結晶学会年会
    • Place of Presentation
      東京
    • Year and Date
      2007-12-01
  • [Presentation] 翻訳終結因子RF3の構造生物化学的研究2007

    • Author(s)
      木平 清人・沼田 修子・北村 昌也・庄村 康人・小森 博文・柴田 直樹・樋口 芳樹
    • Organizer
      日本結晶学会年会
    • Place of Presentation
      東京
    • Year and Date
      2007-12-01
  • [Presentation] ナイロンオリゴマー分解酵素の超高分解能結晶解析一微小重力下における良質単結晶調製の試み2007

    • Author(s)
      柴田 直樹・竹田(佐藤)翠・大木 卓・安平 健吾・河島 康之・根来 誠司・中川 敦史・伊中 浩治・田仲 広明・佐藤 勝・小林 智之・田中 哲夫・樋口 芳樹
    • Organizer
      日本生化学会年会
    • Place of Presentation
      東京
    • Year and Date
      2007-12-01
  • [Presentation] rubrerythrin様タンパク質,rubperoxinの精製・結晶化2007

    • Author(s)
      西川 幸志・川崎 信治・新村 洋一・庄村 康人・小森 博文・柴田 直樹・樋口 芳樹
    • Organizer
      日本生化学会年会
    • Place of Presentation
      東京
    • Year and Date
      2007-12-01
  • [Presentation] 6-アミノカプロン酸環状2量体加水分解酵素(EI)・基質複合体のX線結晶構造解析2007

    • Author(s)
      安平 健吾, 柴田 直樹, 門上 剛, 樋口 芳樹, 加藤 太一郎, 武尾 正弘, 根来 誠司
    • Organizer
      第59回日本生物工学会大会
    • Place of Presentation
      広島
    • Year and Date
      2007-09-25
  • [Presentation] エンド型6-アミノカプロン酸環状2量体加水分解酵素(E)のX線結晶構造解析2007

    • Author(s)
      安平 健吾, 柴田 直樹, 柴田 浩, 田中 康仁, 樋口 芳樹, 武尾 正弘, 加藤 太一郎, 根来 誠司
    • Organizer
      第59回日本生物学工学会大会
    • Place of Presentation
      広島
    • Year and Date
      2007-09-25
  • [Presentation] Rhodococcus sp.PN1株の4-ニトロフェノールモノオキシゲナーゼのX線結晶構造解析2007

    • Author(s)
      西村 崇弘, 柴田 直樹, 山本 健太, 樋口 芳樹, 加藤 太一郎, 武尾 正弘, 根来 誠司
    • Organizer
      第59回日本生物工学会大会
    • Place of Presentation
      広島
    • Year and Date
      2007-09-25
  • [Presentation] 高輝度X線結晶構造解析に基づく酵素反応機構の解明2007

    • Author(s)
      樋口 芳樹
    • Organizer
      日本物理学会第62回年次大会
    • Place of Presentation
      札幌
    • Year and Date
      2007-09-22
  • [Presentation] Structural chemistry of hydrogen metabolism by [Nife]hydrogenase based on its high resolution x-ray structere2007

    • Author(s)
      Y.Higuchi, H.Ogata, N.Mizuno, M.Hamada, H.Komori.M.Takata.T.Tamada and R.Kuroki
    • Organizer
      2nd International Symposium on Diffraction Structural Biology 2007
    • Place of Presentation
      東京
    • Year and Date
      2007-09-12
  • [Presentation] Approach to Subatomic Resolution Protein Crystal Structures2007

    • Author(s)
      A.Nakagawa, Y.Higuchi, S.-Y.Park, K.Inaka, H.Tanaka, M.Sato, T.Kobayashi and T.Tanaka
    • Organizer
      2nd International Symposium on Diffraction Structural Biology 2007
    • Place of Presentation
      東京
    • Year and Date
      2007-09-11
  • [Presentation] Hydrogen bonds of a DNA binding protein DsrD revealed by neutron2007

    • Author(s)
      T.Chatake, Y.Higuchi, N.Mizuno, I.Tanaka, N.Niimura and Y.Morimoto
    • Organizer
      2nd International Symposium on Diffraction Structural Biology 2007
    • Place of Presentation
      東京
    • Year and Date
      2007-09-11
  • [Presentation] The mechanism of CO sensing in the heme-based CO sensor CooA revealed by the crystal structure of the exogenous ligand bound form2007

    • Author(s)
      S.Aono, S.Inagaki, S.Yoshioka, H.Komori.and Y.Higuchi
    • Organizer
      13th International Conference on Biological Inorganic Chemistry
    • Place of Presentation
      ウィ-ン
    • Year and Date
      2007-07-17
  • [Presentation] [NiFe]ヒドロゲナーゼ 成熟化因子HypEの構造化学研究2007

    • Author(s)
      庄村 康人、 樋口 芳樹
    • Organizer
      第34回生体分子科学討論会
    • Place of Presentation
      仙台
    • Year and Date
      2007-06-23
  • [Presentation] [NiFe]ヒドロゲナーゼ成熟化因子HypEの構造生物学的研究2007

    • Author(s)
      庄村 康人, 吉本 健人, 樋口 芳樹
    • Organizer
      第7回日本蛋白質科学会年会
    • Place of Presentation
      仙台
    • Year and Date
      2007-05-24
  • [Book] バイオ電気化学の実際 (酵素工学の実際-ヒドロゲナーゼ)2007

    • Author(s)
      緒方 英明・樋口 芳樹(分担執筆)
    • Publisher
      シーエムシー出版

URL: 

Published: 2010-02-04   Modified: 2016-04-21  

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