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2007 Fiscal Year Annual Research Report

金属蛋白質・金属酵素による物質変換と情報変換の化学

Research Project

Project/Area Number 16074217
Research InstitutionThe Institute of Physical and Chemical Research

Principal Investigator

城 宜嗣  The Institute of Physical and Chemical Research, 城生体金属科学研究室, 主任研究員 (70183051)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 杉本 宏  独立行政法人理化学研究所, 城生体金属科学研究室, 研究員 (90344043)
永野 真吾  独立行政法人理化学研究所, 城生体金属科学研究室, 専任研究員 (60286440)
山田 斉爾  独立行政法人理化学研究所, 城生体金属科学研究室, 基礎科学特別研究員 (20360662)
Keywords金属酵素 / ヘム鉄 / 二原子酸素添加酵素 / 二成分情報伝達系 / センサー蛋白質 / 一酸化窒素還元酵素 / X線結晶構造解析 / 配位構造
Research Abstract

金属イオンを活性中心に有するいくつかのタンパク質・酵素(金属タンパク質・金属酵素)を取り上げ、その分子構造、特に反応場である金属配位場周辺の精密な構造情報を基に、これらの生理活性や反応機構を分子レベルで理解することを目的に研究を進めた。空気中の酸素分子から2酸素原子を直接基質に取り込ませる反応を触媒するヘム結合型二原子酸素添加酵素インドールアミン2、3ジオキシゲナーゼ(IDO)は、トリプトファン(Trp)の生体内代謝の最初かつ律速段階のステップを触媒する。昨年度、その結晶構造を世界で初めて報告したが、今年度は、その構造を基盤に、部位特異的変異体を数十種作成し、その活性測定ならびに酵素反応解析を行なった。また、鉄に酸素が配位した構造の特性を明らかにする目的で、フロー法をもちいた共鳴ラマン分光測定を行ない、Fe-O_2伸縮振動を560cm^-1に観測した。基質および阻害剤結合型のIDOの結晶化を試みたが、未だ構造解析に成功していない。二成分情報伝達系のヒスチジンキナーゼとレスポンスレギュレーター複合体の結晶構造の分解能を3.7Åまで改善した。さらに、ヒスチジンキナーゼの触媒部位のみの構造について、種々のヌクレオチド存在下で解析した。その結果、ATP結合部位を覆うように存在するループ(ATP lid)の構造柔軟性について議論できた。脱窒能を有する好熱菌の一酸化窒素還元酵素の大腸菌における発現系を構築し、そこからの精製酵素を用いて単結晶作成に成功した。反応二核中心における一酸化窒素から亜酸化窒素への変換機構について分子レベルでの議論が可能となるであろう。

  • Research Products

    (28 results)

All 2007

All Journal Article (8 results) (of which Peer Reviewed: 8 results) Presentation (20 results)

  • [Journal Article] Crystal Structures and Catalytic Mechanism of Cytochrome P450 StaP That Produces The Indolocarbazole Skeleton2007

    • Author(s)
      M. Makino, et. al.
    • Journal Title

      Proc. Natl. Acad. Sci. USA 104

      Pages: 11591-11596

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Hydrogen Peroxide Dependent Monooxygenations by Tricking the Substrate Recognition of Cytochrome P450BSβ2007

    • Author(s)
      O. Shoji, et. al.
    • Journal Title

      Angw. Chem. Int. Ed. 46

      Pages: 3656-3659

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Resonance Raman Observation of Structural Dynamics of FixL on Signal Transduction and Ligand Discrimination2007

    • Author(s)
      Y. Hiruma, et. al.
    • Journal Title

      Biochemistry 46

      Pages: 6086-6096

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Preliminary X-ray Crystallographic Study of Glucose Dehydrogenase from Thermus thermophilus HB82007

    • Author(s)
      S. P. Kanaujia, et. al.
    • Journal Title

      Acta Cryst. F63

      Pages: 446-448

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Cloning, Expression, Purification, Crystallization and Preliminary X-ray Crystallographic Study of DHNA Synthetase from Geobacillus kaustophilus2007

    • Author(s)
      S. P. Kanaujia, et. al.
    • Journal Title

      Acta Cryst. F63

      Pages: 103-105

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Crystallization and Preliminary Crystallographic Analysis of Molybdenum-cofactor Biosynthesis Protein C from Thermus thermophilus2007

    • Author(s)
      S. P. Kanaujia, et. al.
    • Journal Title

      Acta Cryst. F63

      Pages: 27-29

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Separation of a Phosphorylated Histidine Protein Using Phosphate Affinity Polyacrlamide Gel Electrophoresis2007

    • Author(s)
      S. Yamada, et. al.
    • Journal Title

      Anal. Biochem. 360

      Pages: 160-162

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Crystal Structure of VioE, a Key Player in the Construction of the Molecular Skelton of Violacein2007

    • Author(s)
      S. Hirano, et. al.
    • Journal Title

      J. Biol. Chem. (印刷中)

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] 膜貫通型一酸化窒素還元酵素の発現と結晶化2007

    • Author(s)
      松本 悠史, 他4名
    • Organizer
      日本生物物理学会第45回年会
    • Place of Presentation
      横浜,日本
    • Year and Date
      2007-12-23
  • [Presentation] Cytochrome P450SU-1(CYP105A1)の結晶構造と活性型ビタミンD生成反応のメカニズム2007

    • Author(s)
      杉本 宏, 他9名
    • Organizer
      日本生物物理学会第45回年会
    • Place of Presentation
      横浜,日本
    • Year and Date
      2007-12-23
  • [Presentation] ヒト由来Tryptophan 2,3-dioxygenaseの分光学的解析2007

    • Author(s)
      福村 栄維子, 他6名
    • Organizer
      日本生物物理学会第45回年会
    • Place of Presentation
      横浜,日本
    • Year and Date
      2007-12-23
  • [Presentation] 共鳴ラマン分光法によるインドールアミン2,3ジオキシゲナーゼの解析2007

    • Author(s)
      四ツ谷 景子, 他6名
    • Organizer
      日本生物物理学会第45回年会
    • Place of Presentation
      横浜,日本
    • Year and Date
      2007-12-23
  • [Presentation] 抗癌剤の骨格を形成するチトクロムP450 StaPのX線結晶構造はP450の珍しい触媒機構を示唆する2007

    • Author(s)
      牧野 正知, 他5名
    • Organizer
      日本生物物理学会第45回年会
    • Place of Presentation
      横浜,日本
    • Year and Date
      2007-12-23
  • [Presentation] ジフテリア菌のヘム感知系レスポンスレギュレーターのリン酸基受容とDNA結合2007

    • Author(s)
      小林 ゆき野, 他3名
    • Organizer
      第30回日本分子生物学会年会・第80回日本生化学会大会(BMB2007)
    • Place of Presentation
      横浜,日本
    • Year and Date
      2007-12-12
  • [Presentation] 結晶構造解析及び変異体解析を用いたビオラセイン骨格構造構築酵素VioEの活性部位の同定2007

    • Author(s)
      平野 聡, 他4名
    • Organizer
      第30回日本分子生物学会年会・第80回日本生化学会大会(BMB2007)
    • Place of Presentation
      横浜,日本
    • Year and Date
      2007-12-11
  • [Presentation] ヒト由来Indoleamine 2,3-dioxygenaseの構造に基づいた変異体解析2007

    • Author(s)
      米谷 依梨紗, 他5名
    • Organizer
      第30回日本分子生物学会年会・第80回日本生化学会大会(BMB2007)
    • Place of Presentation
      横浜,日本
    • Year and Date
      2007-12-11
  • [Presentation] ヒスチジンキナーゼThkAにおけるATP結合サイトの構造変化2007

    • Author(s)
      小林 美紀, 他4名
    • Organizer
      第30回日本分子生物学会年会・第80回日本生化学会大会(BMB2007)
    • Place of Presentation
      横浜,日本
    • Year and Date
      2007-12-11
  • [Presentation] Bio-conversion of substances and information by metal-containing proteins and enzymes2007

    • Author(s)
      Shiro Y
    • Organizer
      3rd International Symposium on Chemistry of Coordination Space (ISCCS 2007)
    • Place of Presentation
      Awaji, Japan
    • Year and Date
      2007-12-10
  • [Presentation] Substrate recognition mechanism of NRPS A domain from Streptomyces2007

    • Author(s)
      Okumura H., et. al.
    • Organizer
      4th Takeda Science Foundation Symposium on Pharma Sciences On the Frontiers of Chemical Biology
    • Place of Presentation
      Tokyo, Japan
    • Year and Date
      2007-12-03
  • [Presentation] Cytochrome P450: Its variety and vitality2007

    • Author(s)
      Shiro, Y.
    • Organizer
      67th Okazaki Conference on Molecular Science and Chemical Biology of Biomolecular Function
    • Place of Presentation
      Okazaki, Japan
    • Year and Date
      2007-11-11
  • [Presentation] Structural biology in RIKEN SPring-8 Center: Metal-containing enzymes and proteins2007

    • Author(s)
      Shiro Y
    • Organizer
      BNL-RIKEN Life Science Workshop
    • Place of Presentation
      New York, USA
    • Year and Date
      2007-09-20
  • [Presentation] Inter-domain and Inter-molecular Signaling Pathway in Two Component System: Histidine Kinase and Response Regulator2007

    • Author(s)
      Shiro, Y.
    • Organizer
      9th International Conference on Biology and Synchrotron Radiation
    • Place of Presentation
      Manchester, UK
    • Year and Date
      2007-08-14
  • [Presentation] Crystal structure of histidine kinase and response regulator complex: insight into regulatory mechanism of oxygen sensor FixL2007

    • Author(s)
      Yamada, S., et. al.
    • Organizer
      13th International Conference on Biological Inorganic Chemistry
    • Place of Presentation
      Vienna, Austria
    • Year and Date
      2007-07-18
  • [Presentation] Crystal structure of cytochrome P450 StaP-Chromopyrrolic acid complex: implications for indolocarbazole core biosynthesis2007

    • Author(s)
      Makino M., et. al.
    • Organizer
      15th International Conference on Cytochromes P450: Biochemistry, Biophysics, Functional genomics
    • Place of Presentation
      Bled, Slovenia
    • Year and Date
      2007-06-18
  • [Presentation] ヒスチジンキナーゼThkA触媒ドメインーヌクレオチド結合型の結晶構造解析2007

    • Author(s)
      小林 美紀, 他4名
    • Organizer
      第7回日本蛋白質科学会年会
    • Place of Presentation
      仙台,日本
    • Year and Date
      2007-05-25
  • [Presentation] 二成分系酸素センサー蛋白質の分子内,分子間情報伝達機構2007

    • Author(s)
      城 宜嗣, 他3名
    • Organizer
      第7回日本蛋白質科学会年会
    • Place of Presentation
      仙台,日本
    • Year and Date
      2007-05-25
  • [Presentation] 酸素添加酵素による物質変換の分子科学2007

    • Author(s)
      城 宜嗣
    • Organizer
      分子研研究会「ヘム代謝に関わる酵素の分子科学」
    • Place of Presentation
      岡崎,日本
    • Year and Date
      2007-03-19
  • [Presentation] Intra-and Intermolecular signal transduction of Two-Component regulatory system2007

    • Author(s)
      Shiro, Y.
    • Organizer
      International Symposium on Biological Application of Vibrational Spectroscopy
    • Place of Presentation
      Harima, Japan
    • Year and Date
      2007-03-03

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Published: 2010-02-04   Modified: 2016-04-21  

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