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2009 Fiscal Year Annual Research Report

生体超分子の構造形成と機能制御の原子機構

Research Project

Project/Area Number 16087101
Research InstitutionOsaka University

Principal Investigator

月原 冨武  Osaka University, 蛋白質研究所, 特任研究員 (00032277)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 福森 義宏  金沢大学, 自然システム学系, 教授 (60135655)
北尾 彰朗  東京大学, 分子細胞生物学研究所, 准教授 (30252422)
Keywords生体超分子 / 構造 / 機能 / X線結晶構造解析 / 電子線構造解析
Research Abstract

計画研究11課題と公募30課題で研究の推進を図った。また、昨年度に引き続いて関連の深い研究者を班友として選んで、研究交流に加わってもらう体制を作った。
領域内の研究交流を促進するために、第5回ワークショップ「生体超分子の構造形成と機能制御の原子機構」(2009年7月27日~29日、湘南国際村センター国際会議場)を北尾彰朗准教授(東京大学)の世話で開催した。班友も含めて106名の参加を得て、初日の午後には5グループに分かれてグループミーティングを行って、研究上の抱えている問題点を中心に討論した。初日と2日目の夜は57件のポスター発表を中心に活発な討論を行った。2日目と3日目の日中は12件の口頭発表があり最先端の研究が多く出されて、議論を深めることができた。ワークショップ期間中の7月28日には総括班会議を開催して、本特定領域研究の進め方等について意見を交わし、評価委員からは助言を頂いた。本特定研究の研究を広く紹介するために、2009年12月1~2日に、千里ライフサイエンスセンター(吹田市)で第6回公開シンポジウム特定領域研究「生体超分子構造」を大阪大学蛋白質研究所の月原冨武名誉教授の世話で開催した。米国NIHの川手敏充博士を招待して「Architecture of ATP-gated ion channels : crystal structure of P2X4 receptor」と題して特別講演をしていただいた.このほかに16件の口頭発表と71件のポスター発表によって、活発な研究成果を披露した。これには、班員、班友の他に関連する研究を行っている研究者も含めて100名が参加し議論を深めることができた。ワークショップや公開シンポジウムに参加した班友や公開シンポジウムでの発表者には、本総括班から旅費の援助を行った.

  • Research Products

    (55 results)

All 2010 2009 Other

All Journal Article (10 results) (of which Peer Reviewed: 10 results) Presentation (44 results) Remarks (1 results)

  • [Journal Article] Mechanical unfolding of bacterial flagellar filament protein by molecular dynamics simulation2010

    • Author(s)
      Choon-Peng Chng, Akio Kitao
    • Journal Title

      J.Mol.Graph.Model. 28

      Pages: 548-554

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Structure of the cytoplasmic domain of FlhA and implication for flagellar type III protein export2010

    • Author(s)
      Yumiko Saijyo-Hamano, et al.
    • Journal Title

      Molecular Microbiology 76

      Pages: 260-268

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] A high resolution structure of the pre-microRNA nuclear export machinery2009

    • Author(s)
      Chimari Okada
    • Journal Title

      Science 326

      Pages: 1275-1279

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] A description of the structural determination procedures of a gap junction channel at 3.5 A resolution.2009

    • Author(s)
      Michihiro Suga
    • Journal Title

      Acta Crystallogr D65

      Pages: 758-766

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Structure of the connexin-26 gap junction channel at 3.5A resolution.2009

    • Author(s)
      Shoji Maeda
    • Journal Title

      Nature 458

      Pages: 597-602

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Substrate binding induces structural changes in cytochrome p450cam.2009

    • Author(s)
      Keisuke Sakurai
    • Journal Title

      Acta Cryst.F 65

      Pages: 80-83

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] A peroxide bridge between Fe and Cu ions in the O_2 reduction site of fully oxidized cytochrome c oxidase suppresses the proton pump.2009

    • Author(s)
      Hiroshi Aoyama
    • Journal Title

      Proc.Natl.Acad.Sci.USA 106

      Pages: 2165-2169

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] The structure of rat liver vault at 3.5A resolution.2009

    • Author(s)
      Hideaki Tanaka
    • Journal Title

      Science 323

      Pages: 384-388

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Multiple Markov transition matrix method : Obtaining the stationary probability distribution from multiple simulations2009

    • Author(s)
      Shun Sakuraba, Akio Kitao
    • Journal Title

      J.Comp.Chem. 30

      Pages: 1850-1858

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Collective Dynamics of Periplasmic Glutamine Binding Protein upon Domain Closure2009

    • Author(s)
      Hannes H.Loeffler, Akio Kitao
    • Journal Title

      Biophys J. 97

      Pages: 2541-2549

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] 高精度の異常分散効果の測定によって明らかになった事実:酸化型チトクロム酸化酵素の還元中心Fe-Cu間にCl^-イオンは存在しない2010

    • Author(s)
      菅倫寛
    • Organizer
      第23回日本放射光学会年会
    • Place of Presentation
      イーグレ姫路,姫路
    • Year and Date
      20100106-20100109
  • [Presentation] タンパク質が引き起こす膜変形のダイナミクス2010

    • Author(s)
      北尾彰朗
    • Organizer
      日本物理学会 第65回年次大会 シンポジウム
    • Place of Presentation
      岡山大学津山キャンパス
    • Year and Date
      2010-03-20
  • [Presentation] タンパク質が引き起こす生体膜変形のダイナミクス(注:シンポジウムの概略説明含む)2010

    • Author(s)
      北尾彰朗
    • Organizer
      日本物理学会第65回年次大会
    • Place of Presentation
      岡山大学 津島キャンパス(岡山県)
    • Year and Date
      2010-03-20
  • [Presentation] 中性子非弾性散乱によるタンパク質の低エネルギーダイナミクスに対する水和効果2010

    • Author(s)
      中川洋
    • Organizer
      日本物理学会第65回年次大会
    • Place of Presentation
      岡山大学 津島キャンパス(岡山県)
    • Year and Date
      2010-03-20
  • [Presentation] いくつかの蛋白質でのリガンド結合に伴う構造変化の詳細メカニズム2010

    • Author(s)
      北尾彰朗
    • Organizer
      量子生命フロンティア研究特定ユニット第8回勉強会
    • Place of Presentation
      日本原子力研究機構システム計算科学センター(東京都)
    • Year and Date
      2010-03-17
  • [Presentation] 細菌べん毛モーター固定子複合体MotA/MotBの分子モデリング2010

    • Author(s)
      西原泰孝
    • Organizer
      2009年度べん毛研究交流会
    • Place of Presentation
      松風園(愛知県)
    • Year and Date
      2010-03-15
  • [Presentation] 生体超分子の立体構造変化と機能2010

    • Author(s)
      北尾彰朗
    • Organizer
      分野間連携プロジェクト「巨大計算の新手法の開発と分子・物質シミュレーション中核拠点の形成」第6回連携研究会及成果報告
    • Place of Presentation
      分子科学研究所研究棟301(愛知県)
    • Year and Date
      2010-02-15
  • [Presentation] 分子シミュレーションによるテラヘルツ領域での蛋白質ダイナミクス-計算による中性子散乱・テラヘルツ分光スペクトル-2010

    • Author(s)
      北尾彰朗
    • Organizer
      第1回テラヘルツーバイオ研究会
    • Place of Presentation
      情報通信研究機構神戸研究所未来ICT研究センター(兵庫県)
    • Year and Date
      2010-02-08
  • [Presentation] 大規模分子動力学によるバイオナノマシンの機能シミュレーション2010

    • Author(s)
      北尾彰朗
    • Organizer
      スーパーコンピューターワークショップ2010「大規模並列分子シミュレーションの最前線」
    • Place of Presentation
      岡崎コンファレンスセンター(愛知県)
    • Year and Date
      2010-01-13
  • [Presentation] Structure of human connexin 26 gap junction channel2009

    • Author(s)
      So Nakagawa
    • Organizer
      Osaka University Macromolecular Symposium '09
    • Place of Presentation
      大阪大学豊中キャンパス
    • Year and Date
      20091212-20091213
  • [Presentation] Structural insight into heterotypic channel compatibility among connexins by homology modeling2009

    • Author(s)
      So Nakagawa
    • Organizer
      生物物理学会第四七回年会
    • Place of Presentation
      アスティ徳島
    • Year and Date
      20091030-20091101
  • [Presentation] ヒト由来コネキシン26ギャップ結合チャネルのX線結晶構造2009

    • Author(s)
      前田将司
    • Organizer
      日本生物物理学会第47会年会
    • Place of Presentation
      徳島県徳島市・アスティ徳島
    • Year and Date
      20091030-20091101
  • [Presentation] ラット肝臓由来ボルトの3.5A分解能での構造解析2009

    • Author(s)
      加藤公児
    • Organizer
      日本生物物理学会第47会年会
    • Place of Presentation
      徳島県徳島市・アスティ徳島
    • Year and Date
      20091030-20091101
  • [Presentation] サツマハオリムシV2巨大ヘモグロビン(分子量40万)の結晶構造2009

    • Author(s)
      沼本修孝
    • Organizer
      第47回日本生物物理学会年会
    • Place of Presentation
      徳島県徳島市・アスティ徳島
    • Year and Date
      20091030-20091101
  • [Presentation] The structure of rat liver vault2009

    • Author(s)
      Tomitake Tsukihara
    • Organizer
      AsCA '09 Joint conference of the Asian crystallographic society and Chinese crystallography society
    • Place of Presentation
      Jingyi Hotel, Beijing, China
    • Year and Date
      20091022-20091025
  • [Presentation] Accurate measurements of anomalous dispersion effect shows there is no chloride ion between Fe and Cu ions in the reduction site of oxidized Cytochrome c Oxidase2009

    • Author(s)
      Michihiro Suga
    • Organizer
      AsCA '09 Joint conference of the Asian crystallographic society and Chinese crystallography society
    • Place of Presentation
      Jingyi Hotel, Beijing, China
    • Year and Date
      20091022-20091025
  • [Presentation] The structure of human connexin 26 gap junction channel2009

    • Author(s)
      Shoji M
    • Organizer
      AsCA '09 Joint conference of the Asian crystallographic society and Chinese crystallography society
    • Place of Presentation
      Jingyi Hotel, Beijing, China
    • Year and Date
      20091022-20091025
  • [Presentation] サツマハオリムシV2ヘモグロビンのX線結晶構造解析2009

    • Author(s)
      沼本修孝
    • Organizer
      第82回日本生化学会大会
    • Place of Presentation
      神戸ボートアイランド
    • Year and Date
      20091021-20091024
  • [Presentation] Structural insight into heterotypic channel compatibility among connexins by homology modeling2009

    • Author(s)
      So Nakagawa
    • Organizer
      International gap junction conference 2009
    • Place of Presentation
      Hilton Sedona Resort and Spa, Sedona, Arizona, USA
    • Year and Date
      20090725-20090730
  • [Presentation] Structure of human gap junction channel2009

    • Author(s)
      Shoji M
    • Organizer
      International Gap Junction Conference 2009
    • Place of Presentation
      Hilton Sedona Resort and Spa, Sedona, Arizona, USA
    • Year and Date
      20090725-20090730
  • [Presentation] Structure and Function of Cytochrome c Oxidase2009

    • Author(s)
      月原冨武
    • Organizer
      The 19^<th> Symposium on Role of Metals in Biological Reactions, Biology and Medidine (SRM2009)
    • Place of Presentation
      Icho Kaikan, Osaka University, Suita, Osaka, Japan
    • Year and Date
      20090611-20090612
  • [Presentation] 巨大複合体結晶の放射光X線データ測定と処理-巨大超分子の構造に原子レベルで迫る2009

    • Author(s)
      山下栄樹
    • Organizer
      第9回日本蛋白質科学会年会
    • Place of Presentation
      全日空ホテル ニュースカイ,熊本
    • Year and Date
      20090520-20090522
  • [Presentation] ギャップ結合チャネルのX線結晶構造2009

    • Author(s)
      前田将司
    • Organizer
      第9回日本蛋白質科学会年会
    • Place of Presentation
      全日空ホテル ニュースカイ,熊本
    • Year and Date
      20090520-20090522
  • [Presentation] ギャップジャンクションチャネルの構造決定手順2009

    • Author(s)
      菅倫寛
    • Organizer
      第9回日本蛋白質科学会年会
    • Place of Presentation
      全日空ホテル ニュースカイ,熊本
    • Year and Date
      20090520-20090522
  • [Presentation] 巨大ヘモグロビン(400kDa)のリガンド結合に伴う協同的な構造変化2009

    • Author(s)
      沼本修孝
    • Organizer
      第9回日本蛋白質科学会年会
    • Place of Presentation
      全日空ホテル ニュースカイ,熊本
    • Year and Date
      20090520-20090522
  • [Presentation] X線による生体超分子構造研究のいま2009

    • Author(s)
      月原冨武
    • Organizer
      第50回日本生化学会
    • Place of Presentation
      とりぎん文化会館・鳥取県鳥取市
    • Year and Date
      20090515-20090516
  • [Presentation] X-ray crystal structure of human gap junction channel2009

    • Author(s)
      Shoji M
    • Organizer
      NTHU-Osaka minisymposium
    • Place of Presentation
      Hsinchu, Taiwan
    • Year and Date
      20090513-20090514
  • [Presentation] 集団座標による分子シミュレーションの解析2009

    • Author(s)
      北尾彰朗
    • Organizer
      第5回分子・物質シミュレーション中核拠点形成事業人材育成講座「第3回 分子シミュレーションスクール」
    • Place of Presentation
      岡崎コンファレンスセンター(愛知県)
    • Year and Date
      2009-12-15
  • [Presentation] 中性子散乱と分子シミュレーションによる蛋白質の立体構造ダイナミクス-現状と今後への期待-2009

    • Author(s)
      北尾彰朗
    • Organizer
      JSNS2009-中性子科学会/第9回年会
    • Place of Presentation
      いばらき量子ビーム研究センター(茨城県)
    • Year and Date
      2009-12-09
  • [Presentation] 分子量約1000万の核酸-タンパク質複合体vaultのX線結晶構造解析2009

    • Author(s)
      田中秀明
    • Organizer
      日本結晶学会
    • Place of Presentation
      関西学院大学(兵庫県)
    • Year and Date
      2009-12-05
  • [Presentation] S低・中分解能データから引き出される超分子の振るまい-高難度タンパク質複合体の構造解析を目指して2009

    • Author(s)
      山下栄樹
    • Organizer
      日本結晶学会
    • Place of Presentation
      関西学院大学(兵庫県)
    • Year and Date
      2009-12-05
  • [Presentation] 生体超分子機能解明のための大規模分子シミュレーション2009

    • Author(s)
      北尾彰朗
    • Organizer
      生体超分子の構造形成と機能制御の原子機構 第6回公開シンポジウム
    • Place of Presentation
      千里ライフサイエンスセンター(大阪府)
    • Year and Date
      2009-12-01
  • [Presentation] タンパク質ダイナミクスと機能における水和の役割2009

    • Author(s)
      北尾彰朗
    • Organizer
      理研シンポジウム「動的水和構造と分子過程研究会III」
    • Place of Presentation
      理化学研究所Spring8上坪講堂(兵庫県)
    • Year and Date
      2009-11-25
  • [Presentation] バイオ分子間相互作用形態の階層的モデリング2009

    • Author(s)
      北尾彰朗
    • Organizer
      JST-CREST「マルチスケール・マルチフィジックス現象の統合シミュレーション」研究領域 平成21年度 公開シンポジウム
    • Place of Presentation
      東洋大学(東京都)
    • Year and Date
      2009-11-12
  • [Presentation] I-BARドメインの膜結合分子ダイナミクス2009

    • Author(s)
      竹村和浩
    • Organizer
      第47回2009年度日本生物物理学会年会
    • Place of Presentation
      アスティとくしま(徳島県)
    • Year and Date
      2009-11-01
  • [Presentation] 細胞間連絡を司るギャップ結合チャネルのX線結晶構造2009

    • Author(s)
      前田将司
    • Organizer
      大阪大学理学部生物科学研究科60周年記念シンポジウム
    • Place of Presentation
      大阪
    • Year and Date
      2009-10-10
  • [Presentation] Seeing is believing:コンピューターでみてわかるバイオ分子2009

    • Author(s)
      北尾彰朗
    • Organizer
      夏の学校2009「日本バイオインフォマティクス学会」
    • Place of Presentation
      時の栖(静岡県)
    • Year and Date
      2009-09-13
  • [Presentation] Motional correlation in protein dynamics2009

    • Author(s)
      Akio Kitao
    • Organizer
      Telluride Science Research Center Workshop on Protein Dynamics
    • Place of Presentation
      Telluride/CO (USA)
    • Year and Date
      2009-08-05
  • [Presentation] Multi-scale dynamics of protein complex formation2009

    • Author(s)
      Akio Kitao
    • Organizer
      International Symposium on Multi-Scale Dynamics of Protein Complex Formation and Function
    • Place of Presentation
      The Univ.of Tokyo ; Sanjo Conference Hall (Tokyo)
    • Year and Date
      2009-07-16
  • [Presentation] Flexible protein-protein docking investigations on Cc-COX complex2009

    • Author(s)
      Hao Guo
    • Organizer
      International Symposium on Multi-Scale Dynamics of Protein Complex Formation and Function
    • Place of Presentation
      The Univ.of Tokyo ; Sanjo Conference Hall (Tokyo)
    • Year and Date
      2009-07-14
  • [Presentation] 分子シミュレーションで探るバイオの世界:蛋白質から生体超分子まで2009

    • Author(s)
      北尾彰朗
    • Organizer
      公開セミナー「第19回バイオインフォマティクスへの招待」
    • Place of Presentation
      お茶の水女子大学理学部 2号館(東京都)
    • Year and Date
      2009-06-25
  • [Presentation] X線散漫散乱による生体分子の動的構造決定に向けた理論基盤の構築2009

    • Author(s)
      城地保昌
    • Organizer
      第4回特定領域研究「革新的ナノバイオ」班会議
    • Place of Presentation
      万国津梁館(沖縄県)
    • Year and Date
      2009-06-18
  • [Presentation] X-ray crystal structure determination of human connexin 26 gap junction channel at 3.5A resolution2009

    • Author(s)
      Shoji M
    • Organizer
      International symposium on structural biology from atoms to tissues
    • Place of Presentation
      Hyogo
    • Year and Date
      2009-03-25
  • [Presentation] Purification and structure/function of connexin 26 gap junction2009

    • Author(s)
      Shoji M
    • Organizer
      Osaka/Glasgow structural biology mini-symposium
    • Place of Presentation
      Glasgow, Scotland
    • Year and Date
      2009-02-23
  • [Remarks]

    • URL

      http://www.protein.osaka-u.ac.jp/crystallography/tokutei/index.htm

URL: 

Published: 2011-06-16   Modified: 2016-04-21  

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