2007 Fiscal Year Annual Research Report
細菌細胞膜上のフェロモン受容体と輸送体の立体構造解析、構造に基づく新規抗菌薬設計
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16087203
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| Research Institution | The University of Tokyo |
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Principal Investigator |
永田 宏次 The University of Tokyo, 大学院・農学生命科学研究科, 准教授 (30280788)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
中山 二郎 九州大学, 大学院・農学研究院, 准教授 (40217930)
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| Keywords | quorum sensing / Enterococcus faecalis / histidine kinase / peptide pheromone / membrane protein / signal transduction / response regulator / two component system |
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| Research Abstract |
腸球菌Enterococcus faecalisの病因物質ゼラチナーゼの発現制御にかかわるペプチドフェロモンGBAPの生合成および輸送膜タンパク質FsrB、受容体膜タンパク質FsrC、および転写活性化因子FsrAについて、大腸菌Escherichia coliを宿主とする組換えタンパク質発現系を構築し、発現・精製・結晶化・X線結晶構造解析を進めている。
昨年度に引き続き、フェロモン受容体膜タンパク質FsrC単独およびFsrC-GBAP複合体の結晶化条件の最適化を進めた。今年度、培養条件の検討により発現量・菌体収量が改善し、大腸菌1L培養あたりの精製FsrCの収量が0.3mgから1.0mg以上に向上した。結晶化のための界面活性剤の検討を行い、DDMミセル存在下でのFsrCのゲルろ過分析では、活性型と予想される2量体FsrCがDDMミセルに埋め込まれた分子量約150kのピークよりも、FsrCが会合して排除体積に溶出されたピークの方が数倍程度大きかったが、n-octyl-β-D-glucopyranoside(C8G)やn-nonyl-β-D-glucopyranoside(C9G)を添加してゲルろ過分析すると会合体のピークがほぼ消失したため、会合状態にあったFsrCが解離したと判断した。他の8種類の界面活性剤(C9M,C10M,C12E8,C12E9,LDAO,C12-sucrose,CYMAL6,C14M)には、会合体解離促進効果は見られなかった。この結果に基づき、DDM-OG,DDM-NGの混合ミセル中やOG,NGに界面活性剤を置換した後、FsrC-GBAP複合体の結晶化条件を探索し、これまでにPEG3350を沈澱剤とするいくつかの条件で六角形の板状結晶が得られている。今後さらに結晶化条件の検討を進め、高分解能回折データの取得に結びつける予定である。
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[Journal Article] Crystal structure of TTHA0303 (TT2238), a four-helix bundle protein with an exposed histidine triad from Thermus thermophilus HB8 at 2.0 Å2008
Author(s)
Nagata, K., Ohtsuka, J., Takaha shi, M., Asano, A., Iino, H., Ebihara, A. and Tanokura, M.
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Journal Title
Proteins 70
Pages: 1103-1107
Peer Reviewed
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[Journal Article] Homodimeric structure and double-stranded RNA cleavage activity of the C-terminal RNase III domain of human Dicer2007
Author(s)
Takeshita, D., Zenno, S., Lee, W. C., Nagata, K., Saigo, K. and Tanokura, M.
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Journal Title
J. Mol. Biol. 374
Pages: 106-120
Peer Reviewed
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[Journal Article] Reversible and irreversible coiled coils in the stalk domain of ncd motor protein2007
Author(s)
Makino, T., Morii, H., Shimizu, T., Arisaka, F., Kato, Y., Nagata, K. and Tanokura, M.
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Journal Title
Biochemistry 46
Pages: 9523-9532
Peer Reviewed
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[Journal Article] Crystallization and preliminary X-ray analysis of the Ca2+-bound C-terminal lobe of troponin C in complex with a troponin I-derived peptide fragment from Akazara scallop2007
Author(s)
Yumoto, F., Nagata, K., Miyauchi, Y., Ojima, T., Tanaka, H., Nishita, K., Ohtsuki, I. and Tanokura, M.
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Journal Title
Acta Crystallogr. F63
Pages: 535-537
Peer Reviewed
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[Journal Article] Novel protein fold discovered in the PabI family of restriction enzymes.2007
Author(s)
Miyazono, K., Watanabe, M., Kosinski, J., Ishikawa, K., Kamo, M., Sawasaki, T., Nagata, K., Bujnicki, J. M., Endo, Y., Tanokura, M. and Kobayashi, I.
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Journal Title
Nucl. Acids Res. 35
Pages: 1908-1918
Peer Reviewed
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[Journal Article] Crystal structure of thioredoxin domain of ST2123 from thermophilic archaea Sulfolobus tokodaii strain72007
Author(s)
Ming, H., Kato, Y., Miyazono, K., Ito, K., Kamo, M., Nagata, K. and Tanokura, M.
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Journal Title
Proteins 69
Pages: 204-208
Peer Reviewed
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[Journal Article] Crystal structure of Dim2p, a pre-ribosomal RNA processing factor, from Pyrococcus horikoshii OT3 at 2.30 Å2007
Author(s)
Jia, M. Z., Otsuka, J., Lee, W. C., Nagata, K. and Tanokura, M
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Journal Title
Proteins 69
Pages: 428-432
Peer Reviewed
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