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2008 Fiscal Year Annual Research Report

バクテリオファージの構造形成と感染機構

Research Project

Project/Area Number 16087204
Research InstitutionTokyo Institute of Technology

Principal Investigator

有坂 文雄  Tokyo Institute of Technology, 大学院・生命理工学研究科, 准教授 (80133768)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 金丸 周司  東京工業大学, 大学院・生命理工学研究科, 助教 (50376951)
Keywords微生物 / 蛋白質 / ナノバイオ / 分子認識 / ウイルス / バクテリオファージ / X線結晶構造解析 / 超遠心分析
Research Abstract

1. T4ファージ基盤ウェッジ複合体及び各構成成分の単離
gp6のC末端にHis-Tagを付加した蛋白質にgp10, gp7, gp8をそれぞれ別々に発現させた溶菌液を混ぜて複合体を調製したところ、流体力学的に均一な複合体であることが判明し、超遠心分析、SDS-PAGEの結果、複合体は(gp10)_3(gp7)_1(gp8)_2(gp6)_2であることが判明した。ここに、gp53を添加すると、さらに大きな複合体を生じた。この超分子複合体を電子顕微鏡で観察したところ、6回対称の均一な基盤様構造体であることが判明した。超遠心分析の結果、この巨大複合体は沈降係数43.7S、分子量は約3.4×10^6であり、gp6までの複合体が6個集合して生じた複合体[(gp10)_3(gp7)_1(gp8)_2(gp6)_2]_6と仮定した結果と一致することが分かった。
2. T4ファージspackle蛋白質(gp61.3)とテイルリゾチームgp5の単離と結晶化
T4ファージの溶菌阻止の機構を明らかにする目的で、この現象に関与することが知られているspacke蛋白質(Sp)の大量発現系を構築した。Spは単量体として溶液中に存在し、別に精製したgp5と1 : 1で結合することが分かった。
3. Gp5C末端ドメインを利用した筒状蛋白質の長さと太さの蛋白質工学による制御
天然のgp5C末端と同じ長さ(9nm)から約4倍の長さ(34nm)を持つと期待されるポリペプチドの発現と精製に成功した。また、8残基の繰返し配列を10残基に増やしたポリペプチドについても発現と精製を行い、超遠心分析により会合傾向にある三量体を形成していることが示唆された。しかし、10残基ペプチドをさらにタンデムに繋いだ太く長いポリペプチドは不溶性画分に得られ、精製と解析には至っていない。

  • Research Products

    (29 results)

All 2008

All Journal Article (10 results) (of which Peer Reviewed: 10 results) Presentation (18 results) Book (1 results)

  • [Journal Article] Activity-dependent neurotrophic factor,ADNF,determines the structure characteristics of Colivelin,a fusion protein of ADNF9 and Humanin analog2008

    • Author(s)
      Arakawa T, Niikura T, Arisaka F,and Kita Y
    • Journal Title

      J. Peptide Science 14

      Pages: 631-636

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] ORF334 in Vibrio Phage KVP40 Plays the Role of gp27 in T4 Phage To Form a Heterohexameric Complex2008

    • Author(s)
      Nemoto M, Mio K, Kanamaru S. and Arisaka F
    • Journal Title

      Journal of Bacteriology 190

      Pages: 3606-3612

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Residue 134 determines the dimer-tetramer assembly of nucleoside diphosphate kinase from moderately halophilic bacteria2008

    • Author(s)
      Tokunaga H, Ishibashi M, Arisaka F, Arai S, Kuroki R, Arakawa T, Tokunaga M
    • Journal Title

      FEBS Lett 582

      Pages: 1049-1054

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] The structure analysis of Humanin analog, AGA-(C8R)HNG17, by circular dichroism and sedimentation equilibrium : comparison with the parent molecule2008

    • Author(s)
      Arisaka F, Niikura T, Arakawa T, Kita Y
    • Journal Title

      INT.J. Biol. Madcromol 43

      Pages: 88-93

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Purification, Characterization and N-terminal Sequences Alignment of a Mannose Specific Protein Purified from Potca Fish, Tetraodon patoca2008

    • Author(s)
      Absar N, Hasan S, Arisaka F
    • Journal Title

      Protein J 27

      Pages: 97-104

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] The complex structure transition of Humanin peptides by sodium dodecvlsulfate and trifluoroethanol2008

    • Author(s)
      Kita Y, Niikura T, Arisaka F. Arakawa T
    • Journal Title

      Protein Pept Lett 15

      Pages: 510-515

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Structural basis for multimeric heme complexation through aspecific protein-heme interaction : the case of the third NEAT domain of IsdH from Staphylococcus aureus2008

    • Author(s)
      Watanabe M, Tanaka Y, Suenaga A, Kuroda M, Yao M, Watanabe N, Arisaka F, Ohta T, Tanaka I, Tsumoto
    • Journal Title

      J. Biol. Chem 283

      Pages: 28649-28659

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Balance between distinct HP1 proteins controls heterochromat in assembly in fission yeast2008

    • Author(s)
      Sadaie M, Kawaguchi R, Ohtani Y, Arisaka F, Tanaka K, Shirahige K, Nakayama JI
    • Journal Title

      Mol Cell Biol 28

      Pages: 6973-6988

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] The motor protein prestin is a bullet-shaped molecule with inner cavities2008

    • Author(s)
      Mio K, Kubo Y, Ogura T, Yamamoto T, Arisaka F, Sato C
    • Journal Title

      J.Biol.Chem 28

      Pages: 6973-6988

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Active From of Neuroprotective Humanin, HN, and Inactive Analog, S7A-HN,are Monomeric and Disorderd in Aqueous Phosphate Solution at pH 6.0 ; No Correlation of Solution Struvture wite Activity2008

    • Author(s)
      Arisaka F, Arakawa T, Niikura T, and Kita Y
    • Journal Title

      Protein & Pentide Letters 16

      Pages: 132-137

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] T4ファージ近位繊維gp34のN末端ドメインgp63のキャラクタリゼーション2008

    • Author(s)
      金丸周司、ドニー・スナンダ・杉山一・有坂文雄
    • Organizer
      特定領域研究「生体超分子構造」第5回シンポジウム
    • Place of Presentation
      筑波
    • Year and Date
      20081218-19
  • [Presentation] T4ファージの溶菌関連蛋白質gp61.3の構造と機能2008

    • Author(s)
      根本舞、金丸周司、有坂文雄
    • Organizer
      特定領域研究「生体超分子構造」第5回シンポジウム
    • Place of Presentation
      筑波
    • Year and Date
      20081218-19
  • [Presentation] 太さ、長さの調節可能な人工三本鎖β-ヘリックス蛋白質の作製2008

    • Author(s)
      油井孔兵、寺内充、金丸周司、有坂文雄
    • Organizer
      特定領域研究「生体超分子構造」第5回シンポジウム
    • Place of Presentation
      筑波
    • Year and Date
      20081218-19
  • [Presentation] Identification of interacting domains of the wedge subunit proteins of bacteriophage T4 by limited proteolysis2008

    • Author(s)
      Yap Moh Lan, Nakao Tomoko, Nagao Tatsuya, Kanamaru Shuii, Arisaka Fumio
    • Organizer
      特定領域研究「生体超分子構造」第5回シンポジウム
    • Place of Presentation
      筑波
    • Year and Date
      20081218-19
  • [Presentation] カイコーバキュロウイルス発現系で生産したLgGの超遠心分析による性状解析2008

    • Author(s)
      村山宗司、石山誠司、池田真弘、有坂文雄、宇佐見明宏
    • Organizer
      第81回生化学会大会(BMB2008)
    • Place of Presentation
      神戸
    • Year and Date
      20081209-12
  • [Presentation] 長さ、太さの調節可能な人工三本鎖β-ヘリックス蛋白質の作製2008

    • Author(s)
      油井孔兵、寺内充、金丸周司、有坂文雄
    • Organizer
      第81回生化学会大会(BMB2008)
    • Place of Presentation
      神戸
    • Year and Date
      20081209-12
  • [Presentation] Identification of interacting domains of the wedge proteins gp11, gp10, gp7, and gp8 of bacteriophage T4 by limited proteolysis2008

    • Author(s)
      Moh Lan Yap, Tomoko Nakao, Tatsuya Nagao, Syuiji Kanamaru, Fumio Arisaka
    • Organizer
      第46回日本生物物理学会年会
    • Place of Presentation
      福岡
    • Year and Date
      20081203-20081205
  • [Presentation] 構造から見えてくるバクテリオラァージの魅力2008

    • Author(s)
      金丸周司
    • Organizer
      ファージ研究会
    • Place of Presentation
      佐賀
    • Year and Date
      20080911-12
  • [Presentation] Subunit protein interactions in the baseplate wedge assembly of phage T42008

    • Author(s)
      Yap Moh Lan, Nakao Tomoko, Nagao Tatsuya, Monzaki Yasunori, Kanamaru Shuji, Arisaka Fumio
    • Organizer
      ファージ研究会
    • Place of Presentation
      佐賀
    • Year and Date
      20080911-12
  • [Presentation] Stoichiometry and interaction of proteins in the wedge assembly pathway of bacterionhage T42008

    • Author(s)
      Yap Moh Lan, Syuuji Kanainaru, Fumio Arisaka
    • Organizer
      17^<th> Meeting of Methods in Protein Structure Analysis (MPSA 2008)
    • Place of Presentation
      札幌
    • Year and Date
      20080826-29
  • [Presentation] Domain interaction analyses of gp7, gp10 and gp11 of bacteri ophage T4 for crystallization2008

    • Author(s)
      Shuji Kanamaru, Tomoko Nakao, Tatsuya Nagao and Fumin Arisaka
    • Organizer
      IUCr2008
    • Place of Presentation
      大阪
    • Year and Date
      20080824-28
  • [Presentation] Structural Analysis of Baseplate Wedge Proteins of Bacteriop hageT42008

    • Author(s)
      Arisaka F
    • Organizer
      PRICPS-AOHUPO 2008(The Joint 2^<nd> Pacific Rim International Conference on Protein Science and 4^<th> Asian-Oceania Human Proteome Organization)
    • Place of Presentation
      Cairns Australia
    • Year and Date
      20080622-26
  • [Presentation] Domain interaction analyses of gp7, gp10 and gp11 of bacte riophage T42008

    • Author(s)
      Shuji Kanamaru, Tomoko Nakao, Tatsuya Nagao and Fumio Arisaka
    • Organizer
      FASEB 2008 Summer Research Conference
    • Place of Presentation
      Saxtons River U.S.A
    • Year and Date
      20080620-29
  • [Presentation] Interaction of gp34, the proximal halflong tail fiber of T4 with the socket baseplate protein, gp92008

    • Author(s)
      Donny Sunanda, Shuji Kanamaru, Fumio Arisaka
    • Organizer
      FASEB 2008 Summer Research Conference
    • Place of Presentation
      Saxtons River U.S.A
    • Year and Date
      20080620-29
  • [Presentation] Characterization of N-terminal mutant proteins of gp34,the proximal half long tail fiber of T4 phage2008

    • Author(s)
      Donny Sunanda、金丸周司、有坂文雄
    • Organizer
      特定領域研究「生体超分子構造」第4回ワークショップ
    • Place of Presentation
      淡路島淡路夢舞台国際会議場
    • Year and Date
      20080616-18
  • [Presentation] ビブリオファージKVP40のgp5-ORF334複合体の構造と機能2008

    • Author(s)
      根本舞、金丸周司、有坂文雄
    • Organizer
      第8回蛋白質科学会年会
    • Place of Presentation
      東京
    • Year and Date
      20080610-20080613
  • [Presentation] T4類縁ファージS-PM2テイルリゾチームgp5の発現と性状解析2008

    • Author(s)
      油井孔兵、金丸周司、有坂文雄
    • Organizer
      第8回蛋白質科学会年会
    • Place of Presentation
      東京
    • Year and Date
      20080610-20080613
  • [Presentation] T4ファージ基盤構成蛋白質gp7, gp10, gp11の相互作用ドメインの探索2008

    • Author(s)
      金丸周司、有坂文雄
    • Organizer
      特定領域研究「生体超分子構造」第4回ワークシヨツプ
    • Place of Presentation
      淡路島淡路夢舞台国際会議場
    • Year and Date
      2008-06-17
  • [Book] 「バイオナノプロセス」シーエムシー出版2008

    • Author(s)
      金丸周司
    • Total Pages
      28-33
    • Publisher
      蛋白質に見出すナノブロック構造、監修 : 山下一郎、芝清隆

URL: 

Published: 2010-06-11   Modified: 2016-04-21  

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