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2008 Fiscal Year Annual Research Report

ミトコンドリアエネルギー変換を駆動する蛋白質複合体の機能の原子機構

Research Project

Project/Area Number 16087208
Research InstitutionUniversity of Hyogo

Principal Investigator

吉川 信也  University of Hyogo, 大学院・生命理学研究科, 教授 (40068119)

Keywords酵素反応機構 / 膜蛋白質 / ミトコンドリア / エネルギー変換 / X線結晶構造解析 / チトクロム酸化酵素 / NADH-ユビキノン還元酵素
Research Abstract

ウシ心筋チトクロム酸化酵素(Cc0)のX線回折実験条件の検討を継続しSPring-8で1.18A分解能の回折斑点を検出した。現在、1.4A分解能での水素原子位置決定を、方法の開発を進めながら推進している。Cc0のO_2還元とプロトンポンプ機構解明のために呼吸阻害剤結合のX線構造に及ぼす効果を検討した。その結果、(1) COは低温のときはCuB^<1+>にside-on型で、常温ではend-on型でFea_3^<2+>に結合し、NOはbent end-on型にFea_3^<2+>に結合していること、(2) Fea_3^<2+>に結合したCOもNOもCuB^<1+>から2.5A-以上離れており、相互作用は非常に弱いと考えられること、(3) 完全還元型CN-結合型では、CN-は水分子を導入しCuBからHis240-Tyr244を経由してFea_3に結合したCN-への電子伝達経路となりうる構造を形成することが明らかになった。一方O_2はFea_3^<2+>に結合したときスーパーオキシドに近い電子状態になっていることが赤外分光解析により明らかにされている。したがって、O_2結合型もCN-と同様に水分子を取り込んで上述の構造を形成すると考えられる。これらの結果はO_2結合による水分子の導入がO_2の1段階4電子還元の引き金になっていることを示唆している。さらに、COやNO結合によりH-pathwayの下部にある水経路の容積が大幅に減少した。この変化はプロトンポンプの逆流を防ぐことにより、エネルギー変換効率を高めることに寄与していると考えられる。
NADH-ユビキノン還元酵素の二次元結晶化条件探索を継続し、氷包埋2次元結晶の電子線回折の観測に成功した。FIFoATPaseの二次元結晶の電子顕微鏡像も欠損のない酵素分子が結晶化きれたことを示している。これまで両酵素ともサブユニットの欠損のない結晶は得られておらず、これらの結果は極めて意義深い。

  • Research Products

    (31 results)

All 2009 2008

All Journal Article (3 results) (of which Peer Reviewed: 3 results) Presentation (28 results)

  • [Journal Article] A Peroxide Bridge between Fe and Cu Ions in the O_2 Reduction Site of Fully Oxidized Cvtochrome c Oxidase could sunnress the Proton Pumn2009

    • Author(s)
      Hiroshi Aoyama
    • Journal Title

      Proc. Natl. Acad. Sci. USA 106

      Pages: 2165-2169

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Iron-sulfur cluster N5 is coordinated by a HXXXCXXCXXXXXC motife in the NuoG subunit of E. coli NADH : quinine oxidoreductase (Complex I)2008

    • Author(s)
      Eiko Nakamura-Ogiso
    • Journal Title

      J. Biol. Chem 283

      Pages: 25979-25987

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Functional role of Coenzyme Q in the energy coupling of NADH-CoQ oxidoreductase (Complex I) : Stabilization of the semiquinone state with application of inside-positive membrane potential to proteoliposomes2008

    • Author(s)
      Tomoko Ohnishi
    • Journal Title

      Biofctor 32

      Pages: 13-22

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] X-ray crystal structural analysis of cyanide binding cytochrome c oxidase2008

    • Author(s)
      Mochizuki M
    • Organizer
      The 15th European Bioenergetics Conference
    • Place of Presentation
      Dublin, Ireland
    • Year and Date
      20080719-20080724
  • [Presentation] A peroxide bridge between the two metals in the dinuclear center of the fully oxidized cytochrome c oxidase2008

    • Author(s)
      Aoyama H
    • Organizer
      The 15th European Bioenergetics Conference
    • Place of Presentation
      Dublin, Ireland
    • Year and Date
      20080719-20080724
  • [Presentation] X-ray structure of carbon monoxide at copper site of the dinuclear site of cytochrome c oxidase2008

    • Author(s)
      Muramoto K
    • Organizer
      The 15th European Bioenergetics Conference
    • Place of Presentation
      Dublin, Ireland
    • Year and Date
      20080719-20080724
  • [Presentation] Structural analyses for lipid/protein interactions in bovine heart cytochrome c oxidase2008

    • Author(s)
      Shinzawa-Itoh K, Aoyama H, Muramoto K, Terada H, Kurauchi T, Tadehara Y, Yamasaki A, Sugimura T, Kurono S, Tsujimoto K, Mizushima T, Yamashita E, Tsukihara T, Yoshikawa S.
    • Organizer
      The 15th European Bioenergetics Conference
    • Place of Presentation
      Dublin, Ireland
    • Year and Date
      20080719-20080724
  • [Presentation] Synthesis of functional Paracoccus Denitrificans cytochrome c oxidase by Eschericia cali cell-free coupled transcription/translation system2008

    • Author(s)
      Y. Katayama
    • Organizer
      The 15th European Bioenergetics Conference
    • Place of Presentation
      Dublin, Ireland
    • Year and Date
      20080719-20080724
  • [Presentation] ブタ心筋ミトコンドリア中のチトクロムc酸化酵素の共鳴ラマンスペクトル2008

    • Author(s)
      柳沢幸子
    • Organizer
      第46回日本生物物理学会年会
    • Place of Presentation
      福岡
    • Year and Date
      2008-12-04
  • [Presentation] 水溶性の複合蛋白質Pseudomonas putidaチトクロムP450camの無細胞系での合成2008

    • Author(s)
      片山幸江
    • Organizer
      第46回日本生物物理学会年会
    • Place of Presentation
      福岡
    • Year and Date
      2008-12-04
  • [Presentation] ウシ心筋チトクロム酸化酵幸のZn/Cd阻害部位のX線構造解析2008

    • Author(s)
      前田和範
    • Organizer
      第46回日本生物物理学会年会
    • Place of Presentation
      福岡
    • Year and Date
      2008-12-04
  • [Presentation] チトクロム酸化酵素の結晶のSoret帯吸収スペクトル測定2008

    • Author(s)
      望月正雄
    • Organizer
      第46回日本生物物理学会年会
    • Place of Presentation
      福岡
    • Year and Date
      2008-12-04
  • [Presentation] チトクロム酸化酵素二核中心に結合したCO, NO, CN^-の精密構造解析2008

    • Author(s)
      村本和優
    • Organizer
      第46回日本生物物理学会年会
    • Place of Presentation
      福岡
    • Year and Date
      2008-12-04
  • [Presentation] チトクロム酸化酵素の高分解能の精密X線結晶構造解析 : 1.5A程度のX線回折データで膜蛋白質のプロトン化/脱プロトン化状態の決定方法の開発2008

    • Author(s)
      菅倫寛
    • Organizer
      第46回日本生物物理学会年会
    • Place of Presentation
      福岡
    • Year and Date
      2008-12-04
  • [Presentation] ウシ心筋NADH-ユビキノン酸化還元酵素の2次元結晶化2008

    • Author(s)
      天野聡子
    • Organizer
      第46回日本生物物理学会年会
    • Place of Presentation
      福岡
    • Year and Date
      2008-12-04
  • [Presentation] ウシ心筋NADH-ユビキノン酸化還元酵素の固有成分の分析2008

    • Author(s)
      小笠原由美
    • Organizer
      第46回日本生物物理学会年会
    • Place of Presentation
      福岡
    • Year and Date
      2008-12-04
  • [Presentation] 共鳴ラマン分光法によるウシ心筋NADH-ユビキノン酸化還元酵素のFMNと鉄硫黄クラスターの測定2008

    • Author(s)
      引田理英
    • Organizer
      第46回日本生物物理学会年会
    • Place of Presentation
      福岡
    • Year and Date
      2008-12-04
  • [Presentation] 還元型ウシ心筋チトクロム酸化酵素の配位子結合構造に基づくO_2還元機構2008

    • Author(s)
      村本和優
    • Organizer
      日本生体エネルギー研究会第34回討論会
    • Place of Presentation
      東京
    • Year and Date
      2008-11-08
  • [Presentation] シアン化物結合型チトクロム酸化酵素のX線結晶構造解析2008

    • Author(s)
      望月正雄
    • Organizer
      日本生体エネルギー研究会第34回討論会
    • Place of Presentation
      東京
    • Year and Date
      2008-11-07
  • [Presentation] ウシチトクロム酸化酵素のプロトン輸送経路の変異体解析2008

    • Author(s)
      網中良太
    • Organizer
      日本生体エネルギー研究会第34回討論会
    • Place of Presentation
      東京
    • Year and Date
      2008-11-07
  • [Presentation] チトクロム酸化酵素の無細胞発現系の構築2008

    • Author(s)
      島田秀夫
    • Organizer
      日本生体エネルギー研究会第34回討論会
    • Place of Presentation
      東京
    • Year and Date
      2008-11-07
  • [Presentation] Reaction mechanism of bovine heart cytochrome c oxidase2008

    • Author(s)
      Shinya. Yoshikawa
    • Organizer
      53^<rd> National Meeting of Italian Society of Biochemis try and Molecular Biology
    • Place of Presentation
      Riccione, Italy
    • Year and Date
      2008-09-26
  • [Presentation] X-ray crystal structural analysis of cyanide binding cytochrome c oxidase2008

    • Author(s)
      Mochizuki M
    • Organizer
      XXI Congress and General Assembly of the International Union of Crystallography
    • Place of Presentation
      Osaka
    • Year and Date
      2008-08-26
  • [Presentation] X-ray structure of carbon monoxide at copper site of the dinuclear site of cytochrome c oxidase2008

    • Author(s)
      Yoshikawa S
    • Organizer
      XXI Congress and General Assembly of the International Union of Crystallography
    • Place of Presentation
      Osaka
    • Year and Date
      2008-08-26
  • [Presentation] X-ray structural analysis of Zinc/Cadmium inhibitory site in bovine heart cytochrome c oxidase2008

    • Author(s)
      Muramoto K
    • Organizer
      XXI Congress and General Assembly of the International Union of Crystallography
    • Place of Presentation
      Osaka
    • Year and Date
      2008-08-26
  • [Presentation] High resolution diffraction experiment of bovine cytochrome c oxidase2008

    • Author(s)
      Suga M
    • Organizer
      XXI Congress and General Assembly of the International Union of Crystallography
    • Place of Presentation
      Osaka
    • Year and Date
      2008-08-26
  • [Presentation] IPR beamline for macromolecular assemblies at SPring-82008

    • Author(s)
      Eiki Ymashita
    • Organizer
      XXI Congress and General Assembly of the International Union of Crystallography
    • Place of Presentation
      Osaka
    • Year and Date
      2008-08-26
  • [Presentation] Proton Pumping Mechanism of Bovine Heart Cytochrome c Oxidase2008

    • Author(s)
      Shinya. Yoshikawa
    • Organizer
      Evidence for H channel proton pump in bovine cytochrome c oxidase, 15^<th> European Bioenergetics Conference
    • Place of Presentation
      Dublin, Ireland
    • Year and Date
      2008-07-24
  • [Presentation] High resolution X-ray diffraction experiment of bovine cytochrorne c oxidase2008

    • Author(s)
      Suga M
    • Organizer
      The 15th European Bioenergetics Conference
    • Place of Presentation
      Dublin, Ireland
    • Year and Date
      2008-07-19
  • [Presentation] X-ray structural analysis of zinc/cadmium inhibitory site in bovine heart cytochrome coxidase2008

    • Author(s)
      Muramoto K
    • Organizer
      The 15th European Bioenergetics Conference
    • Place of Presentation
      Dublin, Ireland
    • Year and Date
      2008-07-19
  • [Presentation] Mutations of possible proton-transfer pathways of bovine heart cytochrome c oxidase2008

    • Author(s)
      Hideo Shimada
    • Organizer
      The 15th European Bioenergetics Conference
    • Place of Presentation
      Dublin, Ireland
    • Year and Date
      2008-07-19

URL: 

Published: 2010-06-11   Modified: 2016-04-21  

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