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2009 Fiscal Year Annual Research Report

電子線を用いた単粒子構造解析法の研究

Research Project

Project/Area Number 16087210
Research InstitutionNational Institute of Advanced Industrial Science and Technology

Principal Investigator

佐藤 主税  National Institute of Advanced Industrial Science and Technology, 脳神経情報研究部門, 研究グループ長 (00357146)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 川田 正晃  独立行政法人産業技術総合研究所, 情報技術研究部門, 主任研究員 (20356843)
Keywordsタンパク質 / 3次元構造決定 / 電子顕微鏡 / ナノテクノロジー / 画像情報処理 / ニューラルネット / グリッドコンピューティング / クライオ電顕
Research Abstract

我々の体の中では、様々な蛋白質が相互に作用して生理機能を営んでいる。その中には結晶を作製し難いものも存在し、単体での結晶作製が可能でも、大きな複合体を形成すると難しいことも多い。そのようなタンパク質でも精製さえできれば、結晶を必要としない電子線単粒子解析が可能である。単粒子解析は電顕法と画像情報学とを組み合わせた方法であり、我々は特に情報学的開発に力を入れ、様々な蛋白質の構造を決定した。
癌などの主原因の一つとして、酸化ストレスによる細胞の損傷か挙げられる。我々をこのストレスから守っている酸化ストレスセンサーであるKeap1は単体でも結晶を形成しないが、DCドメインのみだと結晶を形成する。そこから、X線によりβ-プロペラを主とする部分構造が解析された。さらに、我々はKeap1全蛋白構造を解明するために、このタンパク質を負染色後に撮影し、単粒子解析した。この2量体蛋白質は全体としてサクランボ状の形をしていた。その2つの房にはそれぞれ中心に小さな穴が上下に貫通しており、これかX線で解けたβ-プロペラの数Å径の穴に一致することがわかる。さらにその周囲を取り囲んでいるサクランボの実の表面にあたる膨らみ部分に、酸化ストレスを感知するSH基が存在して中のDCを制御することも推察された。
また、イオンチャネルは興奮・非興奮細胞での情報伝達に重要な分子である。これらの分子に関しても、免疫機構に必須なOrai1の構造を新たに解明した。さらに心筋の興奮制御や神経可塑性に特に重要なTRPC3チャネルに喘息治療薬ピラゾール化合物が結合する位置を決定した。

  • Research Products

    (27 results)

All 2010 2009

All Journal Article (9 results) (of which Peer Reviewed: 9 results) Presentation (18 results)

  • [Journal Article] Keapl is a forked-stem dimer structure with two large spheres enclosing the intervening, double glycine repeat, and C-terminaI domains.2010

    • Author(s)
      T.Ogura
    • Journal Title

      Proc. Natl.Acad.Sci.USA VOL.107

      Pages: 2842-2847

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Atmospheric scanning electron microscope observes cells and tissues in open medium through silicon nitride film.2010

    • Author(s)
      H.Nishiyama
    • Journal Title

      J.Struct.Biol. VOL.169

      Pages: 438-449

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] 大気圧走査電子顕微鏡(ASEM)による溶液中での細胞観察2009

    • Author(s)
      西山英利
    • Journal Title

      顕微鏡 44巻

      Pages: 262-267

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Atmospheric Electron Microscope : Limits of Observable Depth.2009

    • Author(s)
      M.Suga
    • Journal Title

      Microsc Microanal VOL.15

      Pages: 924-925

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] New Scanning Electron Microscope Capable of Observing Cells in Solution.2009

    • Author(s)
      H.Nishiyama
    • Journal Title

      Microsc Microanal VOL.15

      Pages: 938-939

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] 結晶を用いない電子顕微鏡画像からの3次元構造決定:単粒子解析法2009

    • Author(s)
      三尾和弘
    • Journal Title

      化学と生物 47巻

      Pages: 711-717

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Reply to Thinnes : Is There competition in Trafficking of VDAC-cored VRAC and SOC in NE Differentiation of Cells.2009

    • Author(s)
      C.Sato
    • Journal Title

      J.Biol.Chem. VOL.284

      Pages: le4

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Tetrameris orai1 is a teardrop-shaped molecule with a long, tapered cytoplasmic domain.2009

    • Author(s)
      Y.Maruyama
    • Journal Title

      J.Biol.Chem. VOL.284

      Pages: 13676-13685

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Selective and direct inhibition of TRPC3 channels underlies biological activities of a pyrazole compound.2009

    • Author(s)
      S.Kiyonaka
    • Journal Title

      PNAS VOL.106

      Pages: 5400-5405

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] 新しい大気圧走査電子顕微鏡を用いた細胞の高速観察の可能性2010

    • Author(s)
      須賀三雄
    • Organizer
      第83回 日本細菌学会総会
    • Place of Presentation
      横浜
    • Year and Date
      2010-03-29
  • [Presentation] 環境対応型SEMとその応用2010

    • Author(s)
      西山英利
    • Organizer
      日本顕微鏡学会 第34回関東支部講演会
    • Place of Presentation
      東京
    • Year and Date
      2010-03-20
  • [Presentation] New Atmospheric Scanning Electron Microscope observes cells in solution as an optical-and electron-correlative microscope2010

    • Author(s)
      M.Suga
    • Organizer
      The 5th international Conference on Structural Analusis of Supramolecular Assenmblies by Hybrid Methods
    • Place of Presentation
      Lake Tahoe, USA
    • Year and Date
      2010-03-12
  • [Presentation] The Atmospheric Sem Observes Nuclei in the Surface Level of Tissue Without Thin-Sectioning.2009

    • Author(s)
      C.Sato
    • Organizer
      The American Society for Cell Biology 49th Annual Meeting
    • Place of Presentation
      サンディエゴ
    • Year and Date
      2009-12-08
  • [Presentation] The New Atmospheric Scanning Electron Microscope2009

    • Author(s)
      H.Nishiyama
    • Organizer
      The American Society for Cell Biology 49th Annual Meeting
    • Place of Presentation
      サンディエゴ
    • Year and Date
      2009-12-08
  • [Presentation] The New Atomospheric Scanning Electron Microscope Observes Cells in Solution as Optical-and Electron Correlative Microscope2009

    • Author(s)
      M.Suga
    • Organizer
      The American Society for Cell Biology 49th AnnualMeeting
    • Place of Presentation
      サンディエゴ
    • Year and Date
      2009-12-08
  • [Presentation] 液中金属析出の大気圧走査電子顕微鏡観察2009

    • Author(s)
      小入羽祐治
    • Organizer
      第50回 電池討論会
    • Place of Presentation
      京都
    • Year and Date
      2009-12-01
  • [Presentation] TEMとSEMによるタンパク質複合体の構造解析2009

    • Author(s)
      佐藤主税
    • Organizer
      第47回日本生物物理学会年会
    • Place of Presentation
      徳島市
    • Year and Date
      2009-10-31
  • [Presentation] Three-dimensional structures of ion channels revealed by electron microscopy : sodium, TRP, CFTR and Orail channels.2009

    • Author(s)
      Chikara Sato
    • Organizer
      Neuroscience 2009
    • Place of Presentation
      シカゴ
    • Year and Date
      2009-10-21
  • [Presentation] Atmospheric Scanning Electron Microscope (ASEM) : Observation of cellsin medium2009

    • Author(s)
      H.Nishiyama
    • Organizer
      Neuroscience 2009
    • Place of Presentation
      シカゴ
    • Year and Date
      2009-10-19
  • [Presentation] Electron microscopy as a tool for determining protein 3D structure related to channel diseases and metastasis.2009

    • Author(s)
      Chikara Sato
    • Organizer
      14th World Congress on Advances in Oncology and 12th International Symposium on Molecular Medicine
    • Place of Presentation
      Loutraki Greese
    • Year and Date
      2009-10-15
  • [Presentation] Biomedicinal Information Research Center Protein Structural Information Analysis Team.2009

    • Author(s)
      Kazuhiro Mio
    • Organizer
      14th World Congress on Advances in Oncology and 12th International Symposium on Molecular Medicine
    • Place of Presentation
      Loutraki Greese
    • Year and Date
      2009-10-15
  • [Presentation] 結晶を用いない単粒子解析法によるイオンチャンネルの構造解析2009

    • Author(s)
      佐藤主税
    • Organizer
      第32回日本神経科学学会
    • Place of Presentation
      名古屋
    • Year and Date
      2009-09-16
  • [Presentation] 単粒子電顕構造解析法とSEMによる分子・細胞レベルの観察.2009

    • Author(s)
      三尾和弘
    • Organizer
      生理学研究所研究会「作動中の膜機能分子の姿を捉える-静止画から動画ヘ-」
    • Place of Presentation
      岡崎
    • Year and Date
      2009-09-03
  • [Presentation] Orailチャネル三次元構造の解明2009

    • Author(s)
      佐藤主税
    • Organizer
      第5回TRPチャネル研究会
    • Place of Presentation
      岡崎
    • Year and Date
      2009-06-05
  • [Presentation] 電子顕微鏡による膜蛋白質やその複合体等の構造解析.2009

    • Author(s)
      佐藤主税
    • Organizer
      日本顕微鏡学会第65回学術講演会
    • Place of Presentation
      仙台
    • Year and Date
      2009-05-27
  • [Presentation] 大気圧走査電子顕微鏡はどこまで深く見えているか.2009

    • Author(s)
      須賀三雄
    • Organizer
      日本顕微鏡学会第65回学術講演会
    • Place of Presentation
      仙台
    • Year and Date
      2009-05-27
  • [Presentation] 溶液中における細胞の観察を可能にする大気圧走査電子顕微鏡.2009

    • Author(s)
      西山英利
    • Organizer
      日本顕微鏡学会第65回学術講演会
    • Place of Presentation
      仙台
    • Year and Date
      2009-05-27

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Published: 2011-06-16   Modified: 2016-04-21  

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