2004 Fiscal Year Annual Research Report
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16101006
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| Research Institution | The University of Tokyo |
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Principal Investigator |
油谷 浩幸 東京大学, 国際・産学共同研究センター, 教授 (10202657)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
筆宝 義隆 東京大学, 国際・産学共同研究センター, 助手 (30359632)
堤 修一 東京大学, 先端科学技術研究センター, 特任助手 (30345152)
緑川 泰 東京大学, 医学部附属病院, 助手 (10292905)
石川 俊平 東京大学, 先端科学技術研究センター, 特任助手
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| Keywords | 発現プロファィル解析 / アレル別コピー数 / メチル化 / ChIP on Chip解析 / 臨床ゲノム学 |
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| Research Abstract |
がんの発生、進展過程についての解明、とりわけ転写ネットワークに生じた変異の体系的解明するために、遺伝子発現プロファイル、メチル化、染色体増幅および欠失についてそれぞれを個別に解析るのではなく、これらの解析を体系的に行ってデータを統合することにより、がん化のプロセスを明らかにすることを進めた。
1.臨床ゲノム学的解析
1)発現プロファイル解析
脳腫瘍、肝細胞癌、前立腺癌、肺腺癌、膵癌について合成オリゴヌクレオチドアレイ解析Affymetrix社GeneChip、GE杜CodeLinkアレイを用いて最大4万を越える遺伝子の発現プロファイル解析を行った。必要に応じてマイクダイセクションを行った。
2)ゲノムコピー数の解析
アレル別コピー数の測定法を開発し、10万箇所(平均25kb間隔の解像度)のプローブを測定可能である。肝細胞癌、肺小細胞癌について合成オリゴヌクレオチドアレイを用いてゲノムコピー数の異常について解析を行い、染色体増幅、欠失を容易に同定した。
3)メチル化解析
大腸癌細胞株HCT116を用いて抗メチル化シトシン抗体によりメチル化されたDNA断片のみを回したのち、ゲノムタイリングアレイを用いて由来する領域を同定する手法をほぼ確立できた。バイサルファイト処理によりメチル化の存在を実際に確認した。
2.転写調節遺伝子の同定と機能解析
1)共発現する遺伝子群の調節領域配列の解析
共通の発現制御を受ける遺伝子群において、転写開始点前後のゲノム配列中においての結合配列の出現頻度の超幾何分布を求めることにより、特定の転写因子による制御の関与を推定した。
2)クロマチン免疫沈降
転写因子結合配列の同定するためにChIP on Chip解析の実験手法の確立に着手した。
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