2005 Fiscal Year Annual Research Report
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16101006
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| Research Institution | The University of Tokyo |
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Principal Investigator |
油谷 浩幸 東京大学, 国際・産学共同研究センター, 教授 (10202657)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
堤 修一 東京大学, 国際・産学共同研究センター, 助手 (30345152)
石川 俊平 東京大学, 先端科学技術研究センター, 科学技術振興特任教員 (50418638)
緑川 泰 東京大学, 医学部附属病院肝胆膵外科, 助手 (10292905)
金城 聖文 東京大学, 国際・産学共同研究センター, 産学官連携研究員 (50401302)
砂河 孝行 東京大学, 先端科学技術研究センター, 産学官連携研究員 (40418637)
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| Keywords | マイクロアレイ / ゲノムコピー数 / 染色体変異 / メチル化 / タイリングアレイ / クロマチン修飾 / クロマチン免疫沈降 |
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| Research Abstract |
がんの発生、進展過程についての解明、とりわけ転写ネットワークに生じた変異の体系的解明するために、遺伝子発現、メチル化、染色体変異、さらに転写因子の結合及びクロマチン修飾を体系的に行ってデータを統合することにより、測定法及びデータ統合法の開発を進めた。
1.臨床ゲノム学的解析
1)発現プロファイルとアレル別ゲノムコピー数の解析
脳腫瘍、肝細胞癌、子宮体癌、肺小細胞癌について遺伝子発現解析およびアレル別コピー数解析を行った。染色体コピー数と遺伝子発現量には正の相関が認められ、発現プロファイルの解釈にはコピー数を考慮することの必要性を示した。
肝細胞癌、肺小細胞癌、グリオーマの臨床検体において染色体ホモ欠失領域も同定され、当該領域に存在する癌抑制遺伝子候補分子の機能解析に着手した。
2)網羅的メチル化解析
大腸癌細胞株HCT116、SW480、DLD1を用いてメチル化されたゲノムDM断片のみを抗メチル化シトシン抗体により沈降、回収し、増幅、biotin標識後、ゲノムタイリングアレイを用いてメチル化されたゲノム領域を同定する手法を確立した。バイサルファイト処理によりCpGメチル化を実際に確認した。同時にヒストンH3およびH4のアセチル化を測定したところ、DNAメチル化とは逆の分布が認められた。
HCT116細胞を5-azaC処理後に発現上昇した遺伝子について、その上位10遺伝子中9遺伝子の転写開始点近傍に高度のメチル化が検出された。
2.転写調節遺伝子の同定と機能解析
1)共発現する遺伝子群の解析
データベースから抽出された組織特異的発現遺伝子セット情報を用いて、腫瘍の細胞系譜あるいは組織由来についての推定に成功した。
2)転写因子結合とクロマチン修飾
転写因子結合とヒストン修飾の関係を明らかにするために、ChIP(クロマチン免疫沈降)on chip解析によりp53結合とヒストンH3/H4のアセチル化、H3のメチル化を検討した。
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