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2006 Fiscal Year Annual Research Report

脂肪酸生合成リボザイムとRNA生命体の創成

Research Project

Project/Area Number 16101007
Research InstitutionThe University of Tokyo

Principal Investigator

菅 裕明  東京大学, 先端科学技術研究センター, 教授 (00361668)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 村上 裕  東京大学, 先端科学技術研究センター, 助手 (10361669)
Keywordsリボザイム / RNA / RNAワールド / バイオテクノロジー / 試験管内進化 / 翻訳
Research Abstract

本研究計画は、試験管内RNA分子進化法を駆使し、RNA生命体に必要なリボザイムを人工創製することで、生命の起源に迫ることを目標に掲げている。具体的な目標の一つに、脂肪酸生合成に必要な4つの酵素機能をもつリボザイム、すなわち(1)チオラーゼリボザイム、(2)3-ケトアシルCoA還元酵素リボザイム、(5)3-ヒドロキシアシルCoAデヒドラターゼリボザイム、(4)エノイルCoA還元酵素リボザイム、を創製することを計画した。平成17年度末には全てのセレクション戦略を確立した。平成18年度は、これらの戦略技術を駆使して、活性種のセレクションに挑んだ。
(4)を除く3つセレクションについては、活性種の濃縮が確認され、目的のリボザイムの単離に成功したかにみえた。しかし、活性種濃縮後のプールを様々なコントロールと比較した結果、(1)チオラーゼリボザイムおよび(2)3-ケトアシルCoA還元酵素リボザイムについては、活性種を釣り上げるために使用したビオチンヒドラジドの付加を触媒する活性種であることが判明した。このような活性種は以前レドックスリボザイムをセレクションした時には観測されておらず、おそらく(1)と(2)の活性種が極めてレアな活性種であるため、今回濃縮された活性種と競合した結果、目的のリボザイムは淘汰されてしまったのであろうと考えられる。これはセレクションでよく起きることとはいえ、戦略の立て直しを余儀なくされてしまった。一方、(3)については、上記に類似したビオチンチオールの付加反応を触媒する活性種が濃縮されてしまった。これも上記と同様の理由が考える。さらに(4)の実験では、いかなる活性種の濃縮も観測することができなかった。これらの結果を踏まえ、これまで蓄積したノウハウを最大限利用して、平成19年度の計画ではセレクション戦略を立て直し、目的のリボザイムに向け研究を推進する。
また、本研究の長期目標であるRNA生命体の創成とその技術的応用の一環として、上記の新規リボザイムの創製に加え、これまで研究代表者が数年に渡って研究を推進してきたアミノアシル化リボザイム(別名フレキシザイム)の基盤研究については、昨年度目標とした翻訳系内でのin situ転写・翻訳による特殊ペプチドの合成に成功した。現在、この結果を発表すべく、データを揃える実験を推進している。

  • Research Products

    (14 results)

All 2007 2006

All Journal Article (12 results) Patent(Industrial Property Rights) (2 results)

  • [Journal Article] In vitro selection of a 5'-purine ribonucleotide transferase ribozyme2007

    • Author(s)
      Taek-Jin Kang, Hiroaki Suga
    • Journal Title

      Nucleic Acid Research (In press)

  • [Journal Article] 遺伝暗号リプログラミングによるポリエステルの翻訳合成2007

    • Author(s)
      太田 淳, 村上 裕, 菅 裕明
    • Journal Title

      高分子 56・4月号

      Pages: 196-199

  • [Journal Article] 特殊ペプチドのコンビナトリアル翻訳合成2007

    • Author(s)
      後藤佑樹, 太田淳, 村上裕, 菅裕明
    • Journal Title

      化学工業 58・4月号

      Pages: 255-262

  • [Journal Article] A highly flexible tRNA acylation system for nonnatural polypeptide synthesis2006

    • Author(s)
      Hiroshi Murakami, Atsushi Ohta, Hiroshi Ashigai, Hiroaki Suga
    • Journal Title

      Nature Methods 3

      Pages: 357-359

  • [Journal Article] In vitro evolution of flexizymes that function under the conditions in translation system2006

    • Author(s)
      Masaki Ohuchi, Hiroshi Murakami, Hiroaki Suga
    • Journal Title

      Nucleic Acids Symposium Series 50

      Pages: 299-300

  • [Journal Article] Ribosomal synthesis of peptides having various acyl groups on the N-terminus2006

    • Author(s)
      Yuki Goto, Hiroshi Ashigai, Yusuke Sako, Hiroshi Murakami, Hiroaki Suga
    • Journal Title

      Peptide Science 43

      Pages: 46-47

  • [Journal Article] Ribosomal synthesis of non-natural peptide using the flexizyme system2006

    • Author(s)
      Hiroshi Murakami, Atsushi Ohta, Yuki Goto, Yusuke Sako, Hiroaki Suga
    • Journal Title

      Peptide Science 43

      Pages: 48-49

  • [Journal Article] Translation initiation by using various N-acylaminoacyl tRNAs2006

    • Author(s)
      Yuki Goto, Hiroshi Ashigai, Yusuke Sako, Hiroshi Murakami, Hiroaki Suga
    • Journal Title

      Nucleic Acids Symposium Series 50

      Pages: 293-294

  • [Journal Article] A novel therapeutic approach for genetic diseases by introduction of suppressor tRNA2006

    • Author(s)
      Yusuke Sako, Fusako Usuki, Hiroaki Suga
    • Journal Title

      Nucleic Acids Symposium Series 50

      Pages: 239-240

  • [Journal Article] Flexizyme as a versatile tRNA acylation catalyst and the application for translation2006

    • Author(s)
      Hiroshi Murakami, Atsushi Ohta, Yuki Goto, Yusuke Sako, Hiroaki Suga
    • Journal Title

      Nucleic Acids Symposium Series 50

      Pages: 35-36

  • [Journal Article] フレキシザイム-遺伝暗号の拡張とリプログラミングへの応用2006

    • Author(s)
      村上 裕, 菅 裕明
    • Journal Title

      バイオテクノロジージャーナル 6・11/12月号

      Pages: 2496-2501

  • [Journal Article] フレキシザイムを用いた遺伝暗号の拡張とリプログラミング2006

    • Author(s)
      村上 裕, 菅 裕明
    • Journal Title

      蛋白質核酸酵素 51・16

      Pages: 28-33

  • [Patent(Industrial Property Rights)] 環状化学物ペプチドの合成法2007

    • Inventor(s)
      菅 裕明, 村上 裕, 後藤佑樹, 山岸祐介, 足海洋史, 佐古佑介
    • Industrial Property Rights Holder
      東京大学
    • Industrial Property Number
      特願2007-80141
    • Filing Date
      2007-03-26
  • [Patent(Industrial Property Rights)] N末端に非天然骨格を持つポリペプチドの翻訳合成とその応用2006

    • Inventor(s)
      菅 裕明, 村上 裕, 後藤佑樹, 太田 淳
    • Industrial Property Rights Holder
      東京大学
    • Industrial Property Number
      特願2006-312000
    • Filing Date
      2006-11-17

URL: 

Published: 2008-05-08   Modified: 2016-04-21  

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