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2008 Fiscal Year Annual Research Report

脂肪酸生合成リボザイムとRNA生命体の創成

Research Project

Project/Area Number 16101007
Research InstitutionThe University of Tokyo

Principal Investigator

菅 裕明  The University of Tokyo, 先端科学技術研究センター, 教授 (00361668)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 村上 裕  東京大学, 先端科学技術研究センター, 助教 (10361669)
Keywordsリボザイム / RNA触媒 / 分子進化 / 特殊ペプチド
Research Abstract

(1)脂肪酸合成リボザイム創製:本来の計画では、脂肪酸生合成に関与する4種類のリボザイム創製を目指す計画であったが、精力的な実験検討を行ったにもかかわらず、残念ながらそのようなリボザイムの創製には至らなかった。しかし、その課程で5'末端のリン酸基を脱離しながらグアノシン5'位の酸化をNAD+依存的に行い、5'アルデヒドに変換するリボザイムOx4(次ページ図)の創製に至った。これまで2段階反応の協奏的還元反応を触媒するリボザイムの単離は世界初で、その触媒機構は注目に値する。
(2)フレキシザイム創製:本研究では、現在までに創製されたフレキシザイムの機能の向上を目指し、2種類の新規フレキシザイム誘導体を創製した。以下限られたスペースで詳細を述べることはできないため、その機能のみを報告する。(1)低Mg2+濃度で機能するフレキシザイム:既存のdFxに新たなアクセサリードメインを付加することで翻訳系内の10mM程度のMg2+でもアシル化機能をもつフレキシザイムの創製に成功した。(2)高水溶性脱離基を有するアミノ酸基質に選択活性性をもつフレキシザイム:脱離基に水溶性を高める官能基を導入した脱離基(ABT)をデザイン・合成し、dFxの誘導体aFxを創製した(論文掲載済み)。
(3)遺伝暗号リプログラミング 本研究は、フレキシザイムシステム(dFxとeFx)を駆使し、普遍遺伝暗号を初期化・改変(リプログラミング)する技術を開発、それを応用して様々な特殊ペプチドの翻訳合成法を開発した。本技術の特筆すべき点は、天然物として単離される非蛋白質製アミノ酸を含むペプチドの構造的特徴を抽出した特殊ペプチドをリプログラミングされた遺伝暗号に沿ってmRNA上の配列から合成できる点にある。本技術の開発に伴い、ペプチドの環状化を非還元結合で達成する技術やペプチド主鎖骨格にNメチル基やアルキル基、さらには探索技術も含めた汎用性の高い技術も合わせて開発した。その成果として2007年12月-2009年4月のわずか1年半年あまりで、18報に及ぶ査読付原著論文を発表している(全ての論文で基盤Sへの謝辞あり)。

  • Research Products

    (20 results)

All 2009 2008 Other

All Journal Article (16 results) (of which Peer Reviewed: 13 results) Presentation (3 results) Remarks (1 results)

  • [Journal Article] Translation initiation with initiator tRNA charged with exotic peptides2009

    • Author(s)
      Y. Goto, H. Suga
    • Journal Title

      Journal of American Chemical Society 131

      Pages: 5040-5041

  • [Journal Article] Ribosomal synthesis of dehydrobutyrine-and methyllanthinonine-containing2009

    • Author(s)
      Y. Goto, H. Suga
    • Journal Title

      Chemical Communication (in press掲載確定)

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Ribosomal Synthesis of Peptides with C-Terminal Lactams, Thiolactones, and Alkylamides2009

    • Author(s)
      E. Nakajima, Y. Goto, Y. Sako, H. Murakami and H. Suga
    • Journal Title

      ChemBioChem (in press掲載確定)

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] A flexizyme that selectively charges ameno activated with a water-friendly leaving group2009

    • Author(s)
      N. Niwa, Y. Yamagishi, H. Murakami, H. Suga
    • Journal Title

      Bioorganic Medicinal Chemistry Letter (in press掲載確定)

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Bases in the anticodons loop of tRNAAlaGGC prevent misreading2009

    • Author(s)
      H. Murakami, A.Ohta, H.Suga
    • Journal Title

      Nature Structural &Molecular Biology 16

      Pages: 353-358

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Initiating translation with D-amino acids2008

    • Author(s)
      Y. Goto, H. Murakami, H. Suga
    • Journal Title

      RNA 14

      Pages: 1399-1410

  • [Journal Article] Ribosomal synthesis of peptidase-resistant peptides closed by a non-reducible inter-sidechain bond2008

    • Author(s)
      Y. Sako, Y. Goto, H. Murakami, H. Suga
    • Journal Title

      ACS Chemical Biology 3

      Pages: 241-249

  • [Journal Article] Ribosomal synthesisi of polypeptoids and peptoid-peptide hybrids2008

    • Author(s)
      T.Kawakami, H.Murakami, H.Suga
    • Journal Title

      Journal of American Chemical Society 130

      Pages: 16861-16863

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Expression of histone H3 tails with combinatorial lysine modifications under the reprogrammed genetic code for the investigation on epigenetic markers2008

    • Author(s)
      T. J. Kang, S. Yuzawa, H. Suga
    • Journal Title

      Chemistry & Bioloty 15

      Pages: 1166-1174

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Polymerization of a-hydroxy acids by ribosomes2008

    • Author(s)
      A. Ohta, H. Murakami, H. Suga
    • Journal Title

      ChemBioChem 9

      Pages: 2773-2778

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Strcutural basis of specific tRNA aminoacylattion by a small in vitro selected ribozyme2008

    • Author(s)
      H. Xiao, H. Murakami, H. Suga, A. R. Ferre-D'Amare
    • Journal Title

      Nature 454

      Pages: 358-361

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Ribosomal synthesis of bicyclic peptides with two orthogomal inter-sidechain2008

    • Author(s)
      Y. Sako, J Morimoto, H. Murakami, H. Suga
    • Journal Title

      Journal of American Chemical Society 130

      Pages: 7932-7934

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Ribosomal synthesis of nonstandard peptides2008

    • Author(s)
      T. J. Kang, H. Suga
    • Journal Title

      Biochemistry and Cell Biology 86

      Pages: 92-99

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Symthesis of biopolymers using genetic code reprogramming2008

    • Author(s)
      A. Ohta, Y. Yamagishi, H. Suga
    • Journal Title

      Current Opinion in Chemical Biology 12

      Pages: 159-167

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Reprogramming the initiation ebent in translation for the synthesisi of physiologically stable cyclic peptides2008

    • Author(s)
      Y. Goto, A. Ohta, Y. Sako, Y. Yamagishi, H.Murakami, H.
    • Journal Title

      ACS Chemical Biology 3

      Pages: 120-129

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Messenger RNA-directed incorporation of multiple N-methyl-amino acids into linear and cyclic peptides2008

    • Author(s)
      T. Kawakami, H. Murakami, H. Suga
    • Journal Title

      Chemistry & Biology 15

      Pages: 32-42

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] 特殊ペプチドの翻訳合成:創薬への展開2009

    • Author(s)
      菅裕明
    • Organizer
      日本化学会
    • Place of Presentation
      西船橋・日大キャンパス
    • Year and Date
      2009-03-27
  • [Presentation] Chemical Biology of non-standard peptides2008

    • Author(s)
      菅裕明
    • Organizer
      RIKEN Conference in Chemical Biology
    • Place of Presentation
      成田
    • Year and Date
      2008-11-12
  • [Presentation] 特殊ペプチドの翻訳合成:創薬への展開2008

    • Author(s)
      菅裕明
    • Organizer
      日本ケミカルバイオロジー研究会シンポジウム
    • Place of Presentation
      東京
    • Year and Date
      2008-05-19
  • [Remarks]

    • URL

      http://www.cbl.rcast-tokyo.ac.jp

URL: 

Published: 2010-06-11   Modified: 2016-04-21  

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