2006 Fiscal Year Annual Research Report
選択的スプライシングに起因する疾患遺伝子のプロテオーム解析
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16201042
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| Research Institution | Keio University |
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Principal Investigator |
柳川 弘志 慶應義塾大学, 理工学部, 教授 (40327672)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
土居 信英 慶應義塾大学, 理工学部, 講師 (50327673)
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| Keywords | 選択的スプライシング / 疾患遺伝子 / プロテオーム / In vitro virus法 / タンパク質間相互作用 / 遺伝子ネットワーク / バイオインフォマティクス / ハイスループットスクリーニング |
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| Research Abstract |
1.IVV法による大規模タンパク質間相互作用解析
前年度までに構築したIVV法のハイスループット・スクリーニングシステムを用いて、本年度は、実際に、大規模タンパク質間相互作用解析を行った。96ウェルプレートでの並列セレクションを実施し、68種類のタンパク質をベイトとしたスクリーニングの結果、約1000相互作用を検出することに成功した。この相互作用データの信頼性を評価するために、プルダウンアッセイによる検証実験をロボットを用いて96ウェルプレート単位で大規模に行うことができるシステムの構築を行い、プルダウンアッセイを手動操作と同程度の感度で検出できる条件を決定した。これにより手動操作で1.5ヵ月かかる検証実験を3週間に短縮することが可能となった。実際に、IVV法により得られた約1000相互作用のうち100相互作用についてプルダウンアッセイによる検証を行った結果、IVV法で解析された相互作用は、約7割の信頼性確度をもつことがわかった。
2.IVV法により得られた相互作用データのスプライス・バリアント解析
本年度は、前年度までに確立されたスプライス・バリアント解析の手法を、上記のIVV法によって得られた大規模実験データ(3-4万シーケンス)に適応した。その結果、タンパク質相互作用部位がスプライス・バリアントによって変化している遺伝子が24個抽出された。この中の複数の遺伝子について、in vitroで検証実験を行ったところ、実際にスプライシングパターンの変化が相互作用に影響を及ぼしていることが確認された。
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