現地共同体制による進化基礎情報の収集と調査

2004 Fiscal Year Annual Research Report

• Project/Area Number: 16255006
• Research Category: Grant-in-Aid for Scientific Research (A)
• Research Institution: National Institute of Genetics
• Principal Investigator: 舘野 義男 国立遺伝学研究所, 生命情報・DDBJ研究センター, 教授 (00202424)
• Co-Investigator(Kenkyū-buntansha): 五條掘 孝 国立遺伝学研究所, 生命情報・DDBJ研究センター, 教授 (50162136) ; 西川 建 国立遺伝学研究所, 生命情報・DDBJ研究センター, 教授 (10093288) ; 菅原 秀明 国立遺伝学研究所, 生命情報・DDBJ研究センター, 教授 (80231372) ; 斎藤 成也 国立遺伝学研究所, 生命情報・DDBJ研究センター, 教授 (30192587) ; 大久保 公策 国立遺伝学研究所, 生命情報・DDBJ研究センター, 教授 (40233069)
• Keywords: ヒト発現遺伝子 / 進化情報 / チンパンジー染色体 / UniProt / 非タンパク質遺伝子 / 国際DNAデータバンク実務者会議 / Annotation / マイクロアレイデータ

Research Abstract

今年度は、代表者ならびに班員が欧米やアジア諸国に計19回の海外出張をすることにより、進化基礎情報の収集や研究に関して多くの成果を、論文やデータベース等として、挙げることができた。それらの主なものを以下に述べる。
1.ヒトの発現遺伝子に関する情報を、進化、発現、遺伝子構造、タンパク構造などの諸点から国際共同によってannotationを終えることができ、その結果は論文ならびにデータベース(http://www.ddbj.nig.ac.jp/whatsnew/040416-e.html)として発表した。
2.チンパンジーの第22番染色体の全塩基配列情報を決定し、annotationを加えて論文発表するとともにDDBJからデータを公開した。
3.2005年1月1日から世界的なタンパク質配列データベースであるSwissProtが、米国NIHの援助を受けてUniProtとして再出発したが、UniProtへ、特定のタンパク質のannotationをすることにより、研究事業参加を果たした。
4.マイクロアレイデータは進化基礎情報の中で重要な位置を占めてきている。従って、これに関する国際会議に出席し、世界の動向を把握するとともに、欧米のデータバンクと協議した。
5.最近、non-protein genes(非タンパク質遺伝子)が遺伝子発現に重要な役割を果たしていることが分かり注目されてきている。これに鑑み、HUGO Pacific会議に出席するなどして、これらの遺伝子情報のデータベース化に関する動向調査を行った。
6.2004年5月に連合王国のEBIで開催された国際DNAデータバンク実務者協議会と諮問委員会に出席し、国際塩基配列データベースの諸問題について協議した。特に、DDBJから提案した大量ゲノムannotationに関する新たな枠を追加することができた。

Research Products

• [Journal Article] Structural and functional analysis of a 0.5-Mb chicken region orthologous to the imprinted mammalian Ascl2/Mash2-Igf2-H19 region. (2005)
  • Author(s): Yokomine T, Shirohzu H, Purbowasito W, Toyoda A, Iwama H, Ikeo K, Hori T, Mizuno S, Tsudzuki M, Matsuda Y, Hattori M, Sakaki Y, Sasaki H.
  • Journal Title: Genome Research 15(1) Pages: 154-165
• [Journal Article] DBJ in the stream of various biological data. (2004)
  • Author(s): Miyazaki, S., Sugawara, H., Ikeo, K., Gojobori, T., Tateno.Y.
  • Journal Title: Nucleic Acids Research 32 Pages: D31-D34
• [Journal Article] Integrative annotation of 21,037 human genes validated by full-length cDNA clones. (2004)
  • Author(s): Imanishi, T., other 152 authors, Gojobori, T., Sugano S.
  • Journal Title: PLoS Biology 2 Pages: 1-21
• [Journal Article] Submission of microarray data to public repositories. (2004)
  • Author(s): Ball, C.A., Brazma, A., Causon, H., Chervitz, S., Edgar, R., Hingamp, P., Matese, J.C., Parkinson, H., Quackenbush, J., Ringwald, M., Sansone, S.-A., Sherlock, G., Spellman, P., Stoeckert, C., Tateno, Y., Taylor, R., White, J., Winegarden, N.
  • Journal Title: PLoS Biology 2 Pages: 1276-1277
• [Journal Article] Novel algorithm for automated genotyping of microsatelites. (2004)
  • Author(s): Matsumoto, T., Yukawa, W., Nozaki, Y., Nakashige, R., Shinya, M., Makino, S., Yagura, M., Ikuta, T., Imanishi, T., Inoko, H., Tamiya, G., Gojobori, T.
  • Journal Title: Nucleic Acids Research 32 Pages: 6069-6077
• [Journal Article] Evolution of gap junctions : the missing link? (2004)
  • Author(s): Alexopoulos, H., Bottger, A., Fischer, S., Levin, A., Wolf, A., Fujisawa, T., Hayakawa, S., Gojobori, T., Davies, J., David, C., Bacon, J.
  • Journal Title: Current Biology 14(20) Pages: R879-R880
• [Journal Article] Japanese domesticated chickens have been drived from Shamo, traditional fighting cocks. (2004)
  • Author(s): Komiyama, T., Ikeo, K., Tateno, Y., Gojobori, T.
  • Journal Title: Molecular Phylogeny and Evolution 33 Pages: 16-21
• [Journal Article] Comparative analysis of gene expression for convergent evolution of camera eye between octopus and human. (2004)
  • Author(s): Ogura, A., Ikeo, K., Gojobori, T.
  • Journal Title: Genome Research 14 Pages: 1555-1561
• [Journal Article] The evolutionary origin of long-crowing chicken : its evolutionary relationship with fighting cocks disclosed by the mtDNA sequence analysis. (2004)
  • Author(s): Komiyama, T., Ikeo, K., Gojobori, T.
  • Journal Title: GENE 333 Pages: 91-99
• [Journal Article] Evolutionary process of the amino acids biosynthesis in Corynebacterium at the whole qenome level. (2004)
  • Author(s): Nishio, Y., Nakamura, Y., Usuda, Y., Sugimoto, S., Matsui, K., Kawarabayashi, Y., Kikuchi, H., Gojobori, T., Ikeo, K.
  • Journal Title: Molecular Biology and Evolution 21 Pages: 1683-1691
• [Journal Article] Biased biological functions of horizontally transferred genes on 324,653 open reading frames of 116 prokaryotic complete genomes. (2004)
  • Author(s): Nakamura, Y., Itoh, T., Matsuda, H., Gojobori, T.
  • Journal Title: Nature Genetics 36 Pages: 760-766
• [Journal Article] A large variation in the rates of synonymous substitution for RNA viruses and its relationship to a diversity of viral infection and transmission modes. (2004)
  • Author(s): Hanada, K., Suzuki, Y., Gojobori, T.
  • Journal Title: Molecular Biology and Evolution 21 Pages: 1074-1080
• [Journal Article] DNA sequence and comparative analysis of chimpanzee chromosome 22. (2004)
  • Author(s): The International Chimpanzee Chromosome 22 Consortium
  • Journal Title: Nature 429 Pages: 382-388
• [Journal Article] Contribution of Asian mouse subspecies Mus musculus molossinus to genomic constitution of strain C57BL/6J, as defined by BAC end sequence-SNP analysis. (2004)
  • Author(s): Abe K., Noguchi H., Tagawa K., Yuzuriha M., Toyoda A., Kojima T., Ezawa K., Saitou N., Hattori M., Sakaki Y., Moriwaki K., Shiroishi T.
  • Journal Title: Genome Research 14 Pages: 2239-2247
• [Journal Article] Splicing Profile-based Protein Categorization between Human and Mouse Genome by use of DDBJ Web Services. (2004)
  • Author(s): Vastermark, A., Shigemoto, Y., Abe, T., Sugawara, H.
  • Journal Title: Genome Informatics 15 Pages: 13-20
• [Journal Article] Eigenvalue analysis of amino acid substitution matrices reveals a sharp transition of the mode of sequence conservation in proteins. (2004)
  • Author(s): Kinjo, A.R., Nishikawa, K.
  • Journal Title: Bioinformatics 20(16) Pages: 2504-2508
• [Journal Article] Estimation of the number of authentic orphan genes in bacterial genomes. (2004)
  • Author(s): Fukuchi, S., Nishikawa, K.
  • Journal Title: DNA Research 11 Pages: 219-231
• [Journal Article] Indexing anatomical concepts to OMIM Clinical Synopsis using the UMLS Metathesaurus. (2004)
  • Author(s): Hishiki, T., Ogasawara, O., Tsuruoka, Y., Okubo.K.
  • Journal Title: In Silico Biology 4 Pages: 31-54
• [Book] マイクロアレイ遺伝子発現デーベース、『ゲノミクス・プロテオミクスの新展開〜生物情報の解析と応用』 (2004)
  • Author(s): 池尾一穂, 舘野義男
  • Total Pages: 9
  • Publisher: (株)エヌ・ティー・エス
• [Book] 総合化生命科学としての現代進化学(巻頭言)、『科学』10月号 (2004)
  • Author(s): 五條堀 孝
  • Total Pages: 1
  • Publisher: 岩波書店
• [Book] 「ゲノムの再編成」第一章ヒトゲノムの全貌,『Molecular Medicine』増刊号 (2004)
  • Author(s): 花田 耕介, 五條堀 孝
  • Total Pages: 9
  • Publisher: 中山書店
• [Book] 『ゲノムと進化-ゲノムから立ち昇る生命-』ワードマップシリーズ (2004)
  • Author(s): 斎藤成也
  • Publisher: 新曜社
• [Book] Tsunami of data : Data resources and utilization.(Microbial Genetic Resources and Biodiscovery.) (2004)
  • Author(s): Sugawara, H.
  • Total Pages: 17
  • Publisher: National Library of Australia
• [Book] Quantification of Gene Expression in Mouse and Human Renal Proximal Tubules.「Laser Capture Microdissection Methods and Protocols」Methods in Molecular Biology 293 (2004)
  • Author(s): Kaimori, J., Takenaka, M., Okubo, K.
  • Total Pages: 12
  • Publisher: Humana Press