現地共同体制による進化基礎情報の収集と調査

2005 Fiscal Year Annual Research Report

• Project/Area Number: 16255006
• Research Institution: National Institute of Genetics
• Principal Investigator: 舘野 義男 国立遺伝学研究所, 生命情報・DDBJ研究センター, 教授 (00202424)
• Co-Investigator(Kenkyū-buntansha): 五條堀 孝 国立遺伝学研究所, 生命情報・DDBJ研究センター, 教授 (50162136) ; 西川 健 国立遺伝学研究所, 生命情報・DDBJ研究センター, 教授 (10093288) ; 菅原 秀明 国立遺伝学研究所, 生命情報・DDBJ研究センター, 教授 (80231372) ; 斎藤 成也 国立遺伝学研究所, 生命情報・DDBJ研究センター, 教授 (30192587) ; 大久保 公策 国立遺伝学研究所, 生命情報・DDBJ研究センター, 教授 (40233069)
• Keywords: 国際情報交換 / 多国籍 / 進化情報 / UniProt / Annotation / マイクロアレイデータ / イネゲノム / DNA配列データベース

Research Abstract

今年度は、代表者ならびに班員が欧米やアジア諸国に計16回の海外出張をすることにより、進化基礎情報の収集や研究に関して多くの成果を、論文やデータベース等として、挙げることができた。それらの主なものを以下に述べる。
1.台湾の陽明大学と国立保健研究所において、DDBJの研修会を開催すると同時に、台北と新竹で生物学の関連データベースに関する現状調査を行った。
2.英国において、進化学関連データベースの構築・利用の現状調査を行った。
3.フランスにおいて、SOM画像関連に関するデータベースの現状調査を行うとともに、その最新技術に関する意見交換を行った。
4.イタリアで開催された、タンパク質配列データベースであるUniProtの全体会議に参加し、そのannotationに関する現状調査を行った。
5.フィリピンにおいて、イネ遺伝子データに関するannotation会議に参加し、そのノウハウに関する現状調査を行った。また、今急速に発展してきている転写後制御RNA(miRNAやsiRNA)のデータベースに関する現状調査を行った。
6.中国の中国科学院微生物学研究所と上海バイオインフォメーション技術センターにおいて、中国における生物データベースに関する現状調査を行った。
7.米国のCold Spring Harbor Laboratoryで、遺伝子発現データの処理や解析に関する意見を交換するとともに、このデータベースに関する現状調査を行った。
8.また、これらの調査結果に基づいて、多くの国際誌に原著論文を発表した。その主なものとして、Natureにはイネのannotationに関する論文、Scienceには哺乳動物の転写データに関する論文、Geneには遺伝子発現データの信頼性に関する論文、DNA Researchには大腸菌の完全ゲノムに関する論文、Nucleic Acids Resのデータベース号にはDDBJの最新の活動に関する論文、Genome Resにはニワトリと哺乳類のゲノム比較に関する論文などが挙げられる。

Research Products

• [Journal Article] BodyMap-Xs : anatomical breakdown of 17 million animal ESTs for cross-species comparison of gene expression. (2006)
  • Author(s): Ogasawara O, Otsuji M, Watanabe K, Iizuka T, Tamura T, Hishiki T, Kawamoto S, Okubo K.
  • Journal Title: Nucleic Acids Res. 34 Pages: D628-D631
• [Journal Article] DDBJ in collaboration with mass-sequencing teams on annotation. (2005)
  • Author(s): Tateno Y., Saitou N., Okubo K., Sugawara H., Gojobori T.
  • Journal Title: Nucleic Acids Research 33 Pages: D25-D28
• [Journal Article] Evolution of hominoids and the search for a genetic basis for creating humanness. (2005)
  • Author(s): Saitou N.
  • Journal Title: Cytogenetic and Genome Research 108 Pages: 16-21
• [Journal Article] Nucleotide sequence comparison of a chromosome rearrangement on the human chromosome 12 and corresponding ape chromosomes. (2005)
  • Author(s): Shimada M., Kim C.-G, Kitano T., Ferell R.E., Kohara Y., Saitou N.
  • Journal Title: Cytogenetic and Genome Research 108 Pages: 83-90
• [Journal Article] Substrate-induced gene-expression screening of environmental metagenome libraries for isolation of catabokic genes. (2005)
  • Author(s): Uchiyama T., Abe T., Ikemura T., Watanabe K.
  • Journal Title: Nature biotechnology 23 Pages: 88-93
• [Journal Article] Direct cloning of genes encoding novel xylanases from the human gut (2005)
  • Author(s): Hayashi H., Abe T., Skamoto M., Ohara H., Ikemura T., Sakka K., Benno Y.
  • Journal Title: Can.J.Microbiol. 51 Pages: 251-259
• [Journal Article] Novel Phylogenetic Studies of Genomic Sequence Fragments Derived from Uncultured Microbe Mixtures in Environmental and Clinical Samples. (2005)
  • Author(s): Abe T., Sugawara H., Kinouchi M., Kanaya S., Ikemura T.
  • Journal Title: DNA Reserch 12 Pages: 281-290
• [Journal Article] Identification of differentially expressed genes in psoriasis using expression profiling approaches. (2005)
  • Author(s): Itoh K, Kawasaki S, Kawamoto S, Seishima M, Chiba H, Michibata H, Wakimoto K, Imai Y, Minesaki Y, Otsuji M, Okubo K.
  • Journal Title: Exp Dermatol. 14(9) Pages: 667-674
• [Journal Article] The Human Anatomic Gene Expression Library (H-ANGEL), the H-Inv integrative display of human gene expression across disparate technologies and platforms. (2005)
  • Author(s): Tanino, M., Debily, MA., Tamura, T., Hishiki, T., Ogasawara, O., Murakawa, K., Kawamoto, S., Itoh, K., Watanabe, S., de Souza, SJ., Imbeaud, S., Graudens, E.Eveno, E., Hilton, P., Sudo, Y., Kelso, J., Ikeo, K., Imanishi, T., Gojobori, T., Auffray, C., Hide, W., Okubo, K.
  • Journal Title: Nucleic Acids Res. 33 Pages: D567-D572
• [Journal Article] ポストゲノム時代に高まるバイオ自然言語処理への期待:バイオ自然言語処理最新事情 5.ゲノムデータの機械解釈 (2005)
  • Author(s): 大久保公策, 日紫喜光良
  • Journal Title: 情報処理 46(480) Pages: 137-142
• [Journal Article] Predicting absolute contact numbers of native protein structure from amino acid sequence c (2005)
  • Author(s): Kinjo, A.R., Horimoto, K., Nishikawa, K.
  • Journal Title: Proteins 58 Pages: 158-165
• [Journal Article] A complete set of Escherichia coli open reading frames in mobile plasmids facilitating genetic studies c (2005)
  • Author(s): Saka, K., Tadenuma, M., Nakade, S., Tanaka, N., Sugawara, H., Nishikawa, K., Ichiyoshi, N., Kitagawa, M., Mori, H., Ogasawara, N., Nishimura, A.
  • Journal Title: DNA Res. 12 Pages: 63-68
• [Journal Article] Recoverable one-dimensional encoding of three-dimensional protein structures c (2005)
  • Author(s): Kinjo, A.R., Nishikawa, K.
  • Journal Title: Bioinformatics 21(10) Pages: 2167-2170
• [Journal Article] Predicting secondary structures, contact numbers and residue-wise contact orders of native protein structure from amino acid sequence using critical random networks c (2005)
  • Author(s): Kinjo, A.R., Nishikawa, K.
  • Journal Title: Biophysics 1 Pages: 67-74
• [Journal Article] Evolution of vitamin B6 (pyridoxine) metabolism by gain and loss of genes. (2005)
  • Author(s): Tanaka, T., Tateno, Y., Gojobori, T.
  • Journal Title: Mol Biol Evol 22 Pages: 243-250
• [Journal Article] Development of a spot evaluation score for DNA microarrays. (2005)
  • Author(s): Matsumura, Y., Shimokawa, K., Hayashizaki, Y., Ikeo, K., Tateno, Y., Kawai, J.
  • Journal Title: Gene 350 Pages: 149-160
• [Journal Article] Genomic evolution of MHC class I region in primates. (2005)
  • Author(s): Fukami-Kobayashi, K., Shiina, T., Anzai, T., Sano, K., Yamazaki, M., Inoko, H., Tateno, Y.
  • Journal Title: Proc Natl Acad Sci USA 102 Pages: 9230-9234
• [Journal Article] Large-scale analysis of human alternative protein isoforms : pattern classification and correlation with subcellular localization signals. (2005)
  • Author(s): Nakao M, Barrero RA, Mukai Y, Motono C, Suwa M, Nakai K.
  • Journal Title: Nucleic Acids Res. 33 Pages: 2355-2363
• [Journal Article] Investigation of protein functions through data-mining on integrated human transcriptome database, H-Invitational Database (H-InvDB). (2005)
  • Author(s): Yamasaki C, Koyanagi KO, Fujii Y, Itoh T, Barrero RA, Tamura T, Yamaguchi-Kabata Y, Tanino M, Takeda J, Fukuchi S, Miyazaki S, Nomura N, Sugano S, Imanishi T, Gojobori T
  • Journal Title: Gene 364 Pages: 99-107
• [Journal Article] The transcriptional landscape of the mammalian genome. (2005)
  • Author(s): The FANTOM Consortium : Carninci, P., Gojobori, T., Ikeo, K., other 157 authors, Hume, D.A., Riken Genome Exploration Research Group, Genome Science Group.(Genome Network Project Core Group) : Kai, C., other 31 authors, Hayashizaki, Y.
  • Journal Title: Science 309 Pages: 1559-1563
• [Journal Article] The map-based sequence of the rice genome. (2005)
  • Author(s): (International Rice Genome Sequencing Project : Annotation and Analysis) Iwama, H., Gojobori, T., Itoh, T., Niimura, Y., Fujii, Y., Habara T., Sakai, H., Sato, Y., Wilson, G., Kumar, K., McCouch, S., Juretic, N., Hoen, D., Wright, S., Bruskiewich, R., Bureau T., Miyao, A., Hirochika, H., Nishikawa, T., Kadowaki, K., Sugiura, M.
  • Journal Title: Nature 436 Pages: 793-800
• [Journal Article] The origin and evolution of porcine reproductive and respiratory syndrome viruses. (2005)
  • Author(s): Hanada, K., Suzuki, Y., Nakane, T., Hirose, O., Gojobori, T.
  • Journal Title: Mol.Biol.Evol. 22(4) Pages: 1024-1031
• [Journal Article] Structural and functional analysis of a 0.5-Mb chicken region orthologous to the imprinted mammalian Asc12/Mash2-Igf2-H19-region. (2005)
  • Author(s): Yokomine T, Shirohzu H, Purbowasito W, Toyoda A, Iwama H, Ikeo K, Hori T, Mizuno S, Tsudzuki M, Matsuda Y, Hattori M, Sakaki Y, Sasaki H.
  • Journal Title: Genome Res. 15(1) Pages: 154-165
• [Journal Article] The Human Anatomic Gene Expression Library (H-Angel), the H-Invintegrative display of human gene expression across disparate technologies and platforms. (2005)
  • Author(s): Tanino, M., Debily, M.-A-., Tamura, T., Hishiki, T., Ogasawara, O., Murakawa, K., Kawamoto, S., Itoh K., Watanabe, S., Souza, S.J.d., Imbeaud, S., Graucens, E., Eveno, E., Hilton, P., Sudo, Y., Kelso, J., Ikeo, K., Imanishi, T., Gojobori, T., Auffray, C., Hide, W., Okubo, K.
  • Journal Title: Nucleic Acids Res. 33 Pages: D567-D572
• [Book] DNAから見た日本人 (2005)
  • Author(s): 斎藤成也
  • Total Pages: 215
  • Publisher: 筑摩書房
• [Book] 「バイオインフォマティックス」、「プロテオーム」、細胞生物学事典(石川統・黒岩常祥・永田和宏編集) (2005)
  • Author(s): 舘野義男
  • Total Pages: 464
  • Publisher: 朝倉書店
• [Book] DDBJの利用法 (2005)
  • Author(s): 五條堀 孝, 菅原 秀明(編著)
  • Total Pages: 181
  • Publisher: 共立出版
• [Book] 「ウイルスの多様性と系統」『バイオディバーシティ・シリーズ4 菌類・細菌・ウイルスの多様性と系統』 (2005)
  • Author(s): 花田 耕介, 五條堀 孝
  • Total Pages: 492
  • Publisher: 裳華房