現地共同体制による進化基礎情報の収集と調査

2006 Fiscal Year Annual Research Report

• Project/Area Number: 16255006
• Research Institution: National Institute of Genetics
• Principal Investigator: 舘野 義男 国立遺伝学研究所, 生命情報・DDBJ研究センター, 教授 (00202424)
• Co-Investigator(Kenkyū-buntansha): 五條堀 孝 国立遺伝学研究所, 生命情報・DDBJ研究センター, 教授 (50162136) ; 西川 建 国立遺伝学研究所, 生命情報・DDBJ研究センター, 教授 (10093288) ; 菅原 秀明 国立遺伝学研究所, 生命情報・DDBJ研究センター, 教授 (80231372) ; 斎藤 成也 国立遺伝学研究所, 集団遺伝研究系, 教授 (30192587) ; 大久保 公策 国立遺伝学研究所, 生命情報・DDBJ研究センター, 教授 (40233069)
• Keywords: 国際情報交換 / 多国籍 / 進化情報 / UniProt / Annotation / マイクロアレイデータ / イネゲノム / DNA配列データベース

Research Abstract

今年度は、代表者ならびに班員が欧米豪に延べ17回の海外出張をすることにより、進化基礎情報の収集や研究に関して多くの成果を、論文やデータベース等として、挙げることができた。それらの主なものを以下に述べる。
1.DNAデータベース国際実務者会議が米国の国立生命情報技術センターにて開催され6名が出席した。この会議では、DDBJ、EMBL Bank、GenBank3者間で、分子生物学の発展に合わせてDNAデータベースの項目や内容を更新させるための協議が行われた。この中で特記すべきは、大量に登録されるメタゲノムデータのアノテーションや処理法であった。また、3データベース間の関係をさらに緊密にするための統合組織である、International Nucleotide Sequence Database Collaboration (INSDC)の充実についても協議された。
2.米国アリゾナ大学で開催された分子進化学会に出席し、ゲノム配列を利用した研究の現状と分子進化学における配列データ利用に関する調査ならびに情報収集を行った。
3.スイスのジュネーブにあるスイスバイオインフォマティックス研究所においてタンパク配列データのアノテーションに関する調査を行った。
4.オーストラリアのメルボルンで開催されたWHO主催のヒト遺伝変異データベースに関する会議に出席し、世界の遺伝病データベースに関する現状調査を行った。
5.米国のべセスダで開催された微生物ゲノムのアノテーションに関する会議に出席し、その現状を調査するとともに情報を収集した。
6.米国シアトルのワシントン大学で開催された遺伝子発現データ国際会議に出席し、発現データの利用ならびにアノテーションに関する調査を行った。
7.イタリアのソレントで開催された海洋生物ゲノムに関する会議に出席し、関連RNAデータベースの構築ならびに利用についての現状調査を行った。
8.米国エール大学において、進化に関連するデータベースの構築・利用について調査を行った。
9.また、これらの調査結果に基づいて、多くの国際誌に原著論文を発表した。その主なものとして、DNA Resの微生物遺伝子のアノテーションに関する論文、Genome Resのイネのアノテーションに関する論文、Nucleic Acids Resのデータベース号のDDBJの最新の活動に関する論文、OMICSの第三者によるアノテーションに関する論文、Nature Geneticsのヒト遺伝子の多様性に関する論文などが挙げられる。

Research Products

• [Journal Article] Curated Genome Annotation of Oryza sativa ssp. Japonica and Comparative Genome Analysis with Arabidopsis thaliana (2007)
  • Author(s): The Rice Annotation Project: Ito, T, Gojobori, T., et al.
  • Journal Title: Genome Res 17(2) Pages: 175-83
• [Journal Article] H-DBAS : Alternative Splicing Database of Completely Sequenced and Manually Annotated Full-length cDNAs Based on H-Invitational (2007)
  • Author(s): Takeda, JI, Suzuki, Y, Nakao, M, Kuroda, T, Sugano, S, Gojobori, T, Imanishi, T.
  • Journal Title: Nucleic Acids Res. 35(Database issue) Pages: D104-109
• [Journal Article] DDBJ Working on Evaluation and Classification of Bacterial Genes in INSDC (2007)
  • Author(s): Sugawara, H, Abe, T, Gojobori, T., Tateno, Y.
  • Journal Title: Nucleic Acids Res. 35(Database issue) Pages: D13-15
• [Journal Article] A series of ENU-induced single base substitutions in a long-range cis-element altering Sonic hedgehog expression in the developing mouse limb bud. (2007)
  • Author(s): Hiroshi Masuya, Hideki Sezutsu, Yoshiyuki Sakuraba, Tomoko Sagai, Masaki Hosoya, Hideki Kaneda, Ikuo Miura, Kimio Kobayashi, Kenta Sumiyama, Aya Shimizu, Junko Nagano, Haruka Yokoyama, satoko Kaneko, Noriko Sakurai, Yuka Okagaki, Tetsuo Noda, Shigeharu Wakana, Yoichi Gondo, Toshihiko Shiroishi.
  • Journal Title: Genomics 89(2) Pages: 207-14
• [Journal Article] Exploration and grading of possible genes in 183 bacterial strains by a common fine protocol lead to new genes : Gene Trek in Prokaryote space (GTPS) (2006)
  • Author(s): Takehide Kosuge, Takashi Abe, Toshihisa Okido, Naoto Tanaka, Masaki Hirahata, Yutaka Maruyama, Aki Tomiki, Motoyoshi Kurokawa, Ryutaro Himeno, Satoshi Fukuchi, Satoru Miyazaki, Takashi Gojobori, Yoshio Tateno, Hideaki Sugawara
  • Journal Title: DNA Research 13(6) Pages: 245-254
• [Journal Article] Alternative splicing in human transcriptome : functional and structural influence on proteins (2006)
  • Author(s): Yura, K, Shionyu, M, Hagino, K, Hijikata, A, Hirashima, Y, Nakahara, T, Eguchi, T, Shinoda, K, Yamaguchi, A, Takahashi, K, Itoh, T, Imanishi, T, Gojobori, T, Go, M.
  • Journal Title: GENE 380 Pages: 63-71
• [Journal Article] Large-scale identification and characterization of alternative splicing variants of human gene transcripts using 56 419 completely sequenced and manually annotated full-length cDNAs (2006)
  • Author(s): Takeda, JI, Suzuki, Y, Nakao, M, Barrero, RA, Koyanagi, KO, Jin, L, Motono, C, Hata, H, Isogai, T, Nagai, K, Otsuki, T, Kuryshev, V, Shionyu, M, Yura, K, Go, M, Thicrry-Mieg, J, Thierry-Mieg, D, Wiemann, S, Nomura, N, Sugano, S, Gojobori, T, Imanishi, T.
  • Journal Title: Nucleic Acids Res. 34(14) Pages: 3917-3928
• [Journal Article] TACT : Transcriptome Auto-annotation Conducting Tool of H-InvDB (2006)
  • Author(s): Yamasaki, C, Kawashima, H, Todokoro, F, Imamizu, Y, Ogawa, M, Tanino, M, Itoh, T, Gojobori, T, Imanishi, T
  • Journal Title: Nucleic Acids Res. 34(Web Server issue) Pages: W345-W349
• [Journal Article] Molecular characterization of the developmental gene in eyes : Through data-mining on integrated transcriptome databases (2006)
  • Author(s): Choy, KW, Wang, CC, Ogura, A, Lau, TK, Rogers, MS, Ikeo, K, Gojobori, T, Tang, LY, Lam, DS, Chung, TK, Pang, CP
  • Journal Title: Clin. Biochem. 34(Web Server issue) Pages: 224-230
• [Journal Article] Genomic annotation of 15,809 ESTs identified from pooled early gestation hman eyes (2006)
  • Author(s): Choy, KW, Wang, CC, Ogura, A, Lau, TK, Rogers, MS, Ikeo, K, Gojobori, T, Lam, DS, Pang, CP.
  • Journal Title: Physiol. Genomics 39(3) Pages: 9-15
• [Journal Article] The Rice Annotation Project Database(RAP-DB) : Hub for Oryza sativa ssp. japonica genome information. (2006)
  • Author(s): Ohyanagi, H, Tanaka, T, Sakai, H, Shigemoto, Y, Yamaguchi, K, Habara, T, Fujii, Y, Antonio, B, Nagamura, Y, Imanishi, T, Ikeo, K, Ito, T, Gojobori, T, Sakaki, T
  • Journal Title: Nucleic Acids Res. 25(1) Pages: D741-744.
• [Journal Article] DDBJ in preparation for overview of research activities behind data submissions. (2006)
  • Author(s): Okubo, K, Sugawara, H, Gojobori, T, Tateno, Y.
  • Journal Title: Nucleic Acids Res. 34(Database issue) Pages: D6-9
• [Journal Article] Evolution metabolic networks by gain and loss of enzymatic in eukaryotes. (2006)
  • Author(s): Tanaka, T, Ikeo, K, Gojobori T.
  • Journal Title: GENE 365C Pages: 88-94
• [Journal Article] Natural selection on the influenza virus genome. (2006)
  • Author(s): Yoshiyuki Suzuki
  • Journal Title: Molecular Biology and Evolution 23 Pages: 1902-1911
• [Journal Article] Evidence standards in experimental and inferential INSDC Third Party Annotation data. (2006)
  • Author(s): Cochrane, G, Bates, K, Apweiler, R, Tateno, Y, Mashima, J, Kosuge, T, Mizrachi, I, Schafer, S, Fetchko, M.
  • Journal Title: OMICS 10 Pages: 105-113
• [Journal Article] The concept of sampling in 'omics technology. (2006)
  • Author(s): Morrison, N, Cochrane, G., Faruque, N., Tatusova, T., Tateno, Y., Hancock, D., Field, D.
  • Journal Title: OMICS 10 Pages: 127-137
• [Journal Article] Large-scale identification and characterization of alternative splicing variants of human gene transcripts using 56,419 completely sequenced and manually annotated full-length cDNAs. (2006)
  • Author(s): J.Takeda, Y.Suzuki, M.Nakao, R.A.Barrero, S, Sugano, S.Wiemann, T.gojobori, T.Imanishi et al.
  • Journal Title: Nucleic Acids Res. 34 Pages: 3917-3928
• [Journal Article] A SNP in the ABCC11 gene is the determinant of human earwax type. (2006)
  • Author(s): Yoshiura K., Kinoshita A., Ishida T., Ninokata A., Ishikawa T., Kaname T., Bnnai M., Tokunaga K., Sonoda S., Komaki R., Ihara M., Saenko V.A., Alipov G.K., Sekine I., Komatsu K., Takahashi H., Nakashima M., Sosonkina N., Mapendano C.K., Ghadami M., Nomura M., Liang D.S., Miwa N., Kim D.K., Garidkhuu A., Natsume N., Ohta T., Tomita H., Kaneko A., Kikuchi M., Russomando G., Hirayama K., Ishibashi M., Takahashi A., Saitou N., Murray J.C., Saito S., Nakamura Y., Niikawa N.
  • Journal Title: Nature Genetics 38(3), Pages: 324-330
• [Journal Article] Genomewide search of gene conversions in duplicated genes of mouse and rat. (2006)
  • Author(s): Ezawa K., OOta S., Saitou N.
  • Journal Title: Molecular Biology and Evolution 23(5) Pages: 927-940
• [Journal Article] Comparative analysis of chimpanzee and hman Y chromosomes unveils complex evolutionary pathway. (2006)
  • Author(s): Kuroki Y., Toyoda A., Noguchi H., Taylor T.D., Itoh T., Kim D.S., Kim D.W., Choi S.H., Kim I.C., Choi H.H., Kim Y.S., Satta Y., Saitou N., Yamada T., Morishita S., Hattori M., Sakaki Y., Park H.S., Fujiyama A.
  • Journal Title: Nature Genetics 38(2), Pages: 158-167
• [Journal Article] Phylogenetic relationship of the populations within and around Japan using 105 short tandem repeat polymorphic loci. (2006)
  • Author(s): Li S.L, Yamamoto T, Yoshimoto T, Uchihi R., Mizutani M., Kurimoto Y., Tokunaga K., Jin F., Katsumata Y., Saitou N.
  • Journal Title: Human Genetics 118(6) Pages: 695-707
• [Journal Article] Escherichia coli K-12 : a cooperatively developed annotation snapshot-2005 (2006)
  • Author(s): Riley, M., Abe, T., Amaud, B.M., Berlyn, M., Blattner, R.F., Chaudhuri, R.R., Glasner, D.J., Horiuchi, T., Keseler, M.I., Kosuge, T., Mori, H., Perna, T.N., Plunkett, G., Rudd, E.K., Serres, H.M., Thomas, H.G., Thomson, R.H., Wishart, D., Wanner, L.B.
  • Journal Title: Nucleic Acids Research 34 Pages: 1-9
• [Journal Article] A large-scale Self-Organizing Map (SOM) unveils sequence characteristics of a wide range of eukaryote genomes (2006)
  • Author(s): Abe, T., Sugawara, H., Kanaya, K., Kinouchi, M., Ikemura, T.
  • Journal Title: Gene 365 Pages: 27-34
• [Journal Article] A novel bioinformatics tool for phylogenetic classification of genomic sequence fragments derived from mixed genomes of uncultured environmental microbes (2006)
  • Author(s): Abe, T, Sugawara, H, Kanaya, S, Ikemura, T.
  • Journal Title: Polar Bioscience 20 Pages: 103-112
• [Journal Article] Intrinsically disordered loops inserted into the structural domains of human proteins. (2006)
  • Author(s): Fuuchi, S., Homma, K., Minezaki, Y., Nishikawa, K.
  • Journal Title: J. Mol. Biol. 355 Pages: 845-857
• [Journal Article] Analysis of amino acid residues involved in the catalysis of polyethylene glycol dehydrogenase from sphingomonas terrae using three-dimensional molecular modeling-based kinetic characterization of mutants. (2006)
  • Author(s): Ohta, T, Kawabata, T, Nishikawa, K, Tani, A, Kimbara, K, Kawai, F.
  • Journal Title: Appl. Environ. Microbiol. 72 Pages: 4388-4396
• [Journal Article] Human transcription factors contain a high fraction of intrinsically disordered regions essential for transcriptional regulation. (2006)
  • Author(s): Minezaki, Y., Homma, K., Kinjo, A.R., Nishikawa, K.
  • Journal Title: J. Mol. Biol. 359 Pages: 1137-1149
• [Journal Article] Stabilization of E. coli ribonuclease HI by the 'stability profile of mutant protein'(SPMP)-inspired random and non-random mutagenesis. (2006)
  • Author(s): Haruki, M., Saito, Y., Ota, M., Nishikawa, K., Kanaya, S.
  • Journal Title: J. Biotech. 124 Pages: 512-522
• [Journal Article] BodyMap-Xs : anatomical breakdown of 17 million animal ESTs for cross-species comparison of gene expression. (2006)
  • Author(s): Ogasawara O., Otsuji M., Watanabe K., Iizuka T., Tamura T., Hishiki T., Kawamoto S., Okubo K.
  • Journal Title: Nucleic Acids Res. 1;34(Database issue) Pages: D628-31