• Search Research Projects
  • Search Researchers
  • How to Use
  1. Back to project page

2007 Fiscal Year Annual Research Report

現地共同体制による進化基礎情報の収集と調査

Research Project

Project/Area Number 16255006
Research InstitutionNational Institute of Genetics

Principal Investigator

舘野 義男  National Institute of Genetics, 生命情報・DDBJ研究センター, 教授 (00202424)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 五條堀 孝  国立遺伝学研究所, 生命情報・DDBJ研究センター, 教授 (50162136)
菅原 秀明  国立遺伝学研究所, 生命情報・DDBJ研究センター, 教授 (80231372)
斎藤 成也  国立遺伝学研究所, 集団遺伝研究系, 教授 (30192587)
大久保 公策  国立遺伝学研究所, 生命情報・DDBJ研究センター, 教授 (40233069)
池尾 一穂  国立遺伝学研究所, 生命情報・DDBJ研究センター, 准教授 (20249949)
Keywords国際情報交換 / 多国籍 / 進化情報 / アノテーション / ゲノム / ヒト遺伝子 / DNA配列データベース
Research Abstract

今年度は、代表者ならびに班員が欧米豪亜に延べ16回の海外出張をすることにより、進化基礎情報の収集や研究に関して多くの成果を、論文やデータベース等として、挙げることができた。それらの主なものを以下に述べる。
1.DNAデータベース国際実務者会議が英国ケンブリッジの欧州生命情報学研究所にて開催され出席した。この会議では、DDBJ、EMBL Bank、GenBank3者間で、生物学の発展に応じてDNAデータベースの項目や内容を更新させるための協議が行われた。この中で特記すべきは、非タンパク質コード遺伝子の通り扱いや博物館が所蔵する動植物の所在情報との関係についてであった。
2.米国シアトルのポール・アレン研究所においてマウス脳データベースの遺伝情報の収集や調査を行った。
3.カナダのハリファックスで開催された分子進化学会に参加して、ゲノム比較解析および分子進化研究の最新情勢を調査し意見交換を行った。
4.オーストラリアのブリスベンで開催された遺伝子発現会議に参加し、遺伝子発現研究やデータベースについて調査し意見交換を行った。
5.ドイツのゴスラーで開催された国際系統保存会議に出席し、ゲノム情報が微生物分類に与える影響について調査した。
6.中国上海において、中国の国立生物情報データベースの計画を調査するとともにDDBJとの協力関係について意見交換を行った。
7.また、これらの調査結果に基づいて、多くの国際誌に原著論文を発表した。その主なものとして、Nucleic Acids Resのデータベース号のDDBJの最新の活動に関する論文、同誌のヒト遺伝子のアノテーションに関する論文、Mol Biol Evolのゲノムデータの進化解析に関する論文等が挙げられる。

  • Research Products

    (19 results)

All 2008 2007

All Journal Article (19 results) (of which Peer Reviewed: 19 results)

  • [Journal Article] DDBJ with new system and face2008

    • Author(s)
      Sugawara H.
    • Journal Title

      Nucleic Acids Research 36

      Pages: D22-D24

    • Description
      「研究成果報告書概要(和文)」より
    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] The H-Invitational Database (H-InvDB), a comprehensive annotation resource for human genes and transcripts.2008

    • Author(s)
      Genome Information Integration Project and H-Invitational 2 Consortium: Yamasaki, C.
    • Journal Title

      Nucleic Acids Res. 36(Databaseissue)

      Pages: D793-799

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] The Rice Annotation Project Database (RAP-DB): 2008 update.2008

    • Author(s)
      Tanaka, T.
    • Journal Title

      Nucleic Acids Res. 36(Databaseissue)

      Pages: D1028-1033

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Evola: Ortholog database of all human genes in H-lnvDB with manual curation of phylogenetic trees2008

    • Author(s)
      Matsuya, A.
    • Journal Title

      Nucleic Acids Res. 36(Databaseissue)

      Pages: D787-792.

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Development and public release of comprehensive Hepatitis virus database2008

    • Author(s)
      Shin-I, T.
    • Journal Title

      Hepatol Res 38

      Pages: 234-243

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] The evolutionary emergence of cell type specific genes inferred from the gene expre ssion analysis of hydra.2007

    • Author(s)
      Jung Shan, H.
    • Journal Title

      Proc. Natl. Acad. Sci. USA 104(37)

      Pages: 14735-14740

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Compensatory Change of Interacting Amino Acids in the Coevolution of Transcriptional Coactivator MBF1 and TATA-Box Binding Protein TBP.2007

    • Author(s)
      Liu, QX.
    • Journal Title

      Mol. Biol. Evol. 24(7)

      Pages: 1458-1463

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Transcriptional interferences in cis natural antisense transcripts of human and mouse2007

    • Author(s)
      Osato, N.
    • Journal Title

      Genetics 176

      Pages: 1299-1306

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Gene cluster analysis method identifies horizontally transferred genes with high reliability and indicates that they provide the main mechanism of operon gain in eight species of{gamma}-Proteobacteria.2007

    • Author(s)
      Homma, K.
    • Journal Title

      Mol. Biol. Evol. 24(3)

      Pages: 805-813

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] H-DBAS: Alternative Splicing Database of Completely Sequenced and Manually Annotated Full-length cDNAs Based on H-Invitational.2007

    • Author(s)
      Takeda, JI.
    • Journal Title

      Nucleic Acids Res. 35(Databaseissue)

      Pages: D104-109

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Genome Information Broker for Viruses(GIB-V): database for comparative analysis of virus genomes.2007

    • Author(s)
      Masaki Hirahata.
    • Journal Title

      Nucleic Acids Research 35

      Pages: D339-D342

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Identification of discriminative characteristics for clusters from biologic data with Infor BIO software.2007

    • Author(s)
      Tanaka N.
    • Journal Title

      BMC Bioinformatics 8

      Pages: 281-288

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Intrinsically disordered regions of human plasma membrane proteins preferentially occur in the cytoplasmic segment.2007

    • Author(s)
      Minezaki Y.
    • Journal Title

      J.Mol. Biol. 368

      Pages: 902-913

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] A tree of life based on protein domain organizations.2007

    • Author(s)
      Fukami-Kobayashi K.
    • Journal Title

      Mol. Biol. Evol. 24(5)

      Pages: 1181-1189

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Cornichon-like Protein Facilitates Secretion of HB-EGF and Regulates Proper Development of Cranial Nerves.2007

    • Author(s)
      Hoshino H.
    • Journal Title

      Molecular Biology of the Cell 18

      Pages: D1143-1152

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] DDBJ working on evaluation and classification of bacterial genes in lNSDC.2007

    • Author(s)
      Sugawara, H.
    • Journal Title

      Nucleic Acids Res. 35

      Pages: D13-D15

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Curated Genome Annotation of Oryza sativa ssp. Japonica and Comparative Genome Analysis with Arabidopsis thaliana.2007

    • Author(s)
      The Rice Annotation Project: Ito, T.
    • Journal Title

      Gonome Res. 17(2)

      Pages: 175-183

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Systems-level analysis and evolution of the phototransduction network in Drosophila.2007

    • Author(s)
      Landry CR.
    • Journal Title

      PNAS 104,9

      Pages: 3283-3288

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Tempo and mode of evolution of the Rh blood group genes before and after geneduplication.2007

    • Author(s)
      Kitano T.
    • Journal Title

      Immunogenetics 59

      Pages: 427-431

    • Peer Reviewed

URL: 

Published: 2010-02-04   Modified: 2016-04-21  

Information User Guide FAQ News Terms of Use Attribution of KAKENHI

Powered by NII kakenhi