2005 Fiscal Year Annual Research Report
プロテオーム・臨床情報に基づく疾病関連因子探索のための統計的方法論の開発
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16300090
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| Research Institution | Japanese Foundation for Cancer Research |
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Principal Investigator |
松浦 正明 (財)癌研究会, 癌研究所物理部, 主任研究員 (40173794)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
星川 裕 (財)癌研究会, ゲノムセンター, 研究員 (80280626)
宮田 敏 (財)癌研究会, ゲノムセンター, 研究員 (60360343)
牛嶋 大 (財)癌研究会, ゲノムセンター, 研究員 (60328565)
江口 真透 統計数理研究所, 統計基礎研究系, 教授 (10168776)
三木 義男 東京医科歯科大学, 難治疾患研究所, 教授 (10281594)
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| Keywords | プロテオーム / 統計数学 / 臨床 / 質量分析計 / 機械学習 / タンパク |
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| Research Abstract |
本年度は2年間の研究期間の最終年度である。当初の研究計画通り、癌の種別が判明している患者データと、その患者に対する質量分析計からのタンパク発現データとを結びつけ、患者の表現型に関連するタンパクを探索するための統計的方法論を開発した。またアルゴリズムをプログラム化してコンピュータ解析のためのシステム構築も行った。実データに基づくアルゴリズム・解析システムの最終評価を行い、臨床診断への応用の可能性について検討した。開発した解析システムは以下の3つのパートに分かれる。(1)患者ごとにTOF/MSの質量分析装置より波形として得られるタンパク発現プロファイリングデータから、タンパク発現ピークを抽出するアルゴリズム。(2)抽出したタンパク発煙ピークに対して患者間で質量を揃える校正アルゴリズム。(3)タンパク発現ピークの中から、患者の表現型に関連するタンパクの集合を探索するアルゴリズム。以上3つのパートを個別にプログラミングし、システムを公開した。また、本研究で得られた、TOF/MSの質量分析装置より波形として得られたタンパク発現プロファイリングデータについてはデータベース化を行い、国内の研究者の今後の研究に利用できるようにまとめた。
これらの最終結果については、2006年1月にハワイで開催されたPacific Symposium of Biocomputingで発表した。さらにカナダから本研究分野に詳しいYasui教授を招聘し、最終的なレビューを受け、統計数理研究所にて本研究との共催でシンポジウムを行い、多くの研究者と討論し総括を行った。
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