日本固有マウス系統のBACライブラリーを基盤とした実験動物開発と機能ゲノム解析

2004 Fiscal Year Annual Research Report

• Project/Area Number: 16300140
• Research Category: Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
• Research Institution: The Institute of Physical and Chemical Research
• Principal Investigator: 阿部 訓也 独立行政法人理化学研究所, 動物変異動態解析技術開発チーム, チームリーダー (40240915)
• Co-Investigator(Kenkyū-buntansha): 杉本 道彦 独立行政法人理化学研究所, 動物変異動態解析技術開発チーム, 開発研究員 (10373317)
• Keywords: ゲノム進化 / SNP / BAC / 亜種分化 / 機能ゲノム解析

Research Abstract

MSM BACクローンからの遺伝子多型情報と標準系統におけるSNPの分布様式
現在までにMSM BACクローンの端末配列(約40万配列)を,公開されているC57BL/6Jゲノム配列(NCBI mouse Build 30)と比較し,約63000クローンの染色体上の位置を決定し,これにより全ゲノムの約90%をカバーした.また,C57BL/6JとMSM/Msとの間で約49万のSNP(一塩基多型)を同定し,マッピングを行った.これらのマップ情報はWeb上で公開しており,オンライン上でBACクローンをスクリーニングすることが可能となった.端末配列中のSNPの出現頻度は100bpあたり0.93SNPsと高率であるにもかかわらず、非常に興味深いことにその分布は均一ではなく、C57BL/6J全ゲノムの約5%にあたる領域では殆どSNPが検出されないことを見出し,そのような領域のゲノム上の正確な位置を決定した。このことは比較的最近アジア産マウス由来ゲノムがdomesticus亜種へ移入されたことを示しており,現在広く利用されている標準近交系統はdomesticusと,molossinusあるいはmusculusというアジア産亜種との交雑系統に由来する,という説を支持する。標準近交系統ゲノムの大部分はM.m.domesticusに由来するが,その一部はmolossinusなどのアジア産亜種に由来しており,各標準系統に見られる表現型の違いは2種類の亜種由来のゲノムの組み合わせの違いに起因するとも考えられるので,C57BL/6J以外のマウス系統のゲノムのどの部分がアジア産マウスに由来しているかを決定することが次のステップとして非常に重要になるものと考えられる.

Research Products

• [Journal Article] Birth of Mice Produced by Germ Cell Nuclear Transfer. (2005)
  • Author(s): Miki, H., Inoue, K., Kohda, T., Honda, A., Ogonuki, N., Yuzuriha, M., Mise, N et al.
  • Journal Title: Genesis 41・2 Pages: 81-86
• [Journal Article] Establishment of an efficient BAC transgenesis protocol and its application to functional characterization of the mouse Brachyury locus. (2004)
  • Author(s): Abe, K., Hazama, M., Katoh, H., Yamamura, K., Suzuki, M.
  • Journal Title: Experimental Animals 53・4 Pages: 311-320
  • Description: 「研究成果報告書概要(和文)」より
• [Journal Article] Gene content of the 750kb critical region for mouse embryonic ectoderm lethal tcl-w5. (2004)
  • Author(s): Abe, K., Yuzuriha, M., Sugimoto, M., Ko, M.S.H., Brathwaite, M., Waeltz, P., Nagaraia, R.
  • Journal Title: Mammalian Genome 15・4 Pages: 265-276
• [Journal Article] Neurogenin3 delineates the earliest stages of spermatogenesis in the mouse testis. (2004)
  • Author(s): Yoshida, S., Takakura, A., Ohbo, K., Abe, K.et al.
  • Journal Title: Developmental Biology 269・2 Pages: 447-458
• [Journal Article] Normal Embryonic and Germ Cell Development in Mice Lacking α1,3-Fucosyltransferase IX(Fut9) Which Show Disappearance of Stage-specific Embryonic Antigen-1 (SSEA-1) (2004)
  • Author(s): Kudo, T., Kaneko, M., Iwasaki, H., Togayachi, A., Nishihara, S., Abe, K., et al.
  • Journal Title: Molecular and Cellular Biology 24・10 Pages: 4221-4228
• [Journal Article] X-chromosome inactivation in differentiating mouse embryonic stem cells carrying X-linked GFP and lacZ transgenes. (2004)
  • Author(s): Farivar S., Yamaguchi S., Sugimoto M., Takagi N.
  • Journal Title: International Journal of Developmental Biology 48・7 Pages: 629-635
• [Journal Article] Contribution of Asian mouse subspecies Mus musculus molossinus to genomic constitution of strain C57BL/6J, as defined by BAC end sequence- SNP analysis. (2004)
  • Author(s): Abe, K., Noguchi, H., Tagawa, K., Yuzuriha, M., Toyoda, A et al.
  • Journal Title: Genome Research 14・12 Pages: 2439-2447