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2005 Fiscal Year Annual Research Report

ナノ・バイオ物質における形状と機能の量子論:計算物理学的アプローチ

Research Project

Project/Area Number 16310083
Research InstitutionUniversity of Tsukuba

Principal Investigator

押山 淳  筑波大学, 大学院・数理物質科学研究科, 教授 (80143361)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 白石 賢二  筑波大学, 大学院・数理物質科学研究科, 助教授 (20334039)
BOERO Mauro  筑波大学, 大学院・数理物質科学研究科, 助教授 (40361315)
岡田 晋  筑波大学, 大学院数理物質科学研究科, 講師 (70302388)
Keywordsナノ物質 / バイオ物質 / 量子論 / 電子状態 / ナノ形状 / 密度汎関数理論 / Car-Parrinello法 / 計算科学
Research Abstract

ナノ・バイオ物質におけるナノ形状と電子状態さらにはその機能との相関を調べるための、量子論に立脚した計算物理的手法による研究が進められた。電子同士の相互作用を密度汎関数法で扱った計算が主に実行され、以下の結果が得られた。
1.実空間密度汎関数法による計算コードが開発され,1000原子を越える系を扱えるようになった。それにより,今まで論争となっていた,シリコン中の複原子空孔周囲の原子緩和を決定した。
2.炭素ナノチューブと金属界面での原子構造と電子状態を明らかにした。金属元素種の違いにより,界面での原子構造が異なり,それにより,ナノチューブの電子状態が改変されることがわかった。
3.炭素ナノチューブをシリコン上に配列する可能性が見出された。ステップ端へのナノチューブの吸着は十分な吸着エネルギーを有することが明らかになり,これにより微傾斜面のステップをテンプレートとする,ナノチューブ配列の可能性がでてきた。
4.炭素ナノチューブに電子線照射等で,原子空孔の連なりを生成すると,自己修復機能が働き,5員環と8員環から成る,新たな炭素ネットワークが生成されることが見出された。この新ネットワークでの磁性発現の可能性が見出された。
5.呼吸作用の最終段階を司るシトクローム酸化酵素でのプロトン移動の機構をCar-Parrinello法による量子論的ダイナミカル計算で明らかにした。ペプチド鎖を横断する,ケト・エノール転移型のプロトン移動が見出された。

  • Research Products

    (15 results)

All 2006 2005

All Journal Article (14 results) Book (1 results)

  • [Journal Article] Enol-to-Keto Tautomerism of Peptide Groups2006

    • Author(s)
      K.Kamiya, M.Boero, K.Shiraishi, A.Oshiyama
    • Journal Title

      J.Phys.Chem B 110

      Pages: 4443-4450

    • Description
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
  • [Journal Article] Atomic and Electronic Structures of Carbon Nanotubes on Si(001) Stepped Surfaces2006

    • Author(s)
      S.Berber, A.Oshiyama
    • Journal Title

      Phys.Rev.Lett. (In press)

  • [Journal Article] Electronic Structure of Semiconducting Nanotubes Adsorbed on Metal Surfaces2005

    • Author(s)
      S.Okada, A.Oshiyama
    • Journal Title

      Phys.Rev.Lett. 95

      Pages: art no: 206804

    • Description
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
  • [Journal Article] Energetics and Electronic Structures of Potassium Intercalated C60-Peapods2005

    • Author(s)
      S.Okada
    • Journal Title

      Phys.Rev.B 72

      Pages: art no: 153409

    • Description
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
  • [Journal Article] Role of nitrogen incorporation into Hf-based high-k gate dielectrics for termination of local current leakage paths2005

    • Author(s)
      H.Watanabe, S.Kamiyama, N.Umezawa, K.Shiraishi et al.
    • Journal Title

      Jap.J.Appl.Phys.PART 2 44

      Pages: L1333

    • Description
      「研究成果報告書概要(欧文)」より
  • [Journal Article] Free Energy Molecular Dynamics Simulations of Pulsed-Laser-Irradiated SiO_22005

    • Author(s)
      M.Boero, A.Oshiyama, P.L.Sivestrelli, K.Murakami
    • Journal Title

      Appl.Phys.Lett 86

      Pages: 201910

  • [Journal Article] New Electron States that Float on semiconductor and Metal Surface2005

    • Author(s)
      S.Okada, Y.Enomoto, K.Shiraishi, A.Oshiyama
    • Journal Title

      Surf.Sci. 585

      Pages: L177

  • [Journal Article] Double-Metal-Ion/single-Metal-Ion Mechanisms of the Cleavage Reaction of Ribozymes2005

    • Author(s)
      M.Boero, M.Tateno, K.Terakura, A.Oshiyama
    • Journal Title

      J.Chem.Theory and Computation 1

      Pages: 925

  • [Journal Article] Charge Localization in DNA Fibers2005

    • Author(s)
      F.L.Gervasio, A.Laio, M.parrinello, M.Boreo
    • Journal Title

      Phys.Rev.Lett. 94

      Pages: 158103

  • [Journal Article] Effect of nitrogen on diffusion in silicon oxynitride2005

    • Author(s)
      M.Uematsu, H.Kageshima, K.Shiraishi
    • Journal Title

      Jap.J.Appl.Phys.PART 1 44

      Pages: 7756

  • [Journal Article] A practical treatment for the three-body interactions in the transcorrelated variational Monte Carlo method : application to atoms from lithium to neon2005

    • Author(s)
      N.Umezawa, S.Tsuneyuki, T.Ohno, K.shiraishi, T.Chikyow
    • Journal Title

      J.Chem.Phys. 122

      Pages: 224101

  • [Journal Article] An ab initio-based approach to Ga adatom migration on GaAs (n 11) A-(001) non-planar surfaces2005

    • Author(s)
      T.Ito, K.Asano, T.Akiyama, K.Nakamura, K.Shiraishi, A.Taguchi
    • Journal Title

      Appl.Surf.Sci. 244

      Pages: 178

  • [Journal Article] First-principles studies of the intrinsic effect of nitrogen atoms on reduction in gate leakage current through Hf-based high-kdielectrics2005

    • Author(s)
      N.Umezawa, K.shiraishi et al.
    • Journal Title

      Appl.Phys.Lett. 86

      Pages: 143507

  • [Journal Article] Universal theory of workfunctions at metal/Hf-based high-kdieletrics interfaces - Guiding principles for gate metal selection.2005

    • Author(s)
      K.Shiraishi et al.
    • Journal Title

      Technical Digest of IEEE International Electron Devices Meeting

  • [Book] Magnetism in Nanometer-scale Materials that Contain No Magnetic Elements in Carbon Based Magnetism, edited by T.Makarova and F.Palacio2005

    • Author(s)
      A.Oshiyama, S.Okada
    • Total Pages
      18
    • Publisher
      Elsevier

URL: 

Published: 2007-04-02   Modified: 2016-04-21  

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