2006 Fiscal Year Annual Research Report

疾患遺伝子特定のためのHLA領域ハプロタイプ塩基配列決定によるSNPカタログ作成

Research Project

Project/Area Number	16310136
Research Institution	Tokai University
Principal Investigator	椎名隆東海大学, 医学部, 講師 (00317744)
Co-Investigator(Kenkyū-buntansha)	徳永勝士東京大学, 医学部, 教授 (40163977) 猪子英俊東海大学, 医学部, 教授 (10101932) 安藤麻子東海大学, 医学部, 講師 (40101935)
Keywords	HLA / 多様性 / 多型 / シークエンシング / SNP
Research Abstract	本年度では、MHC領域における多型情報を得るため、遺伝子領域ならびにごく最近に挿入されたと考えられるレトロポゾンのゲノム塩基配列を複数種類のHLA領域がホモ接合体のゲノムDNAならびにその他の霊長類ゲノムDNAを用いて決定し、既知の多型情報を含めた多型解析を実行した。以下に本年度における成果を記す。 (1)ウイルス性疾患発症の可能性のある4個のTRIM遺伝子の多型解析をヒト65サンプルならびにカニクイザル48サンプルを用いて実施し、両者間におけるウィルスのキャプシド構造を認識するSPRY領域、1664塩基の多型性について比較した。その結果、ヒトの3箇所に対し、カニクイザルでは50箇所のSNPが同定された。100塩基あたりのSNP数を示すSNP%はヒトでは0.18%であったのに対し、カニクイザルでは3%と、15倍以上の多様性に富んでいた。次いで、これらのSNPを同義置換と非同義置換に分類したところ、ヒトでは3個のSNPがすべて同義置換であったのに対し、カニクイザルでは14個の非道儀置換が認められた。これらの非同義置換のうち、6箇所は極性の異なるアミノ酸への置換を伴うことから、両者間に機能的差異を有する可能性があると考えられた。 (2)HLA領域におけるゲノム塩基配列の比較から、AluY, SVA, HERVK9などのレトロポゾンの挿入/欠失(Indel)が認められた。そこでそれら20箇所について、HLAハプロタイプが明確な65サンプルを用いて、Indelの有無による多型解析を実施した。その結果、これらのIndelはHLAハプロタイプと連鎖することが明らかとなった。今後、これまで得られたSNP情報との連鎖などをさらに詳細に調べることにより、これらIndelを用いたHLAタイピングの可能性が考えられた。