2004 Fiscal Year Annual Research Report
高等真核生物ゲノムを対象としたNON-CODING領域の機能性配列の解明
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16310142
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Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
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| Research Institution | National Institute of Advanced Industrial Science and Technology |
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Principal Investigator |
今西 規 独立行政法人産業技術総合研究所, 生物情報解析研究センター, 研究チーム長 (80270461)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
山口 由美 独立行政法人産業技術総合研究所, 生物情報解析研究センター, 研究員 (10358236)
伊藤 剛 独立行政法人産業技術総合研究所, 生物情報解析研究センター, 研究員 (80356469)
池尾 一穂 国立遺伝学研究所, 生命情報・DDBJ研究センター, 助教授 (20249949)
バレロ ロベルト 国立遺伝学研究所, 生命情報・DDBJ研究センター, 助手 (20390627)
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| Keywords | 配列モチーフ / ヒトゲノム / マイクロRNA / 比較ゲノム |
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| Research Abstract |
高等真核生物ゲノムを対象としたnon-Coding領域の機能性配列の解明に関し、以下の4つのチームに分かれて研究開発を行った。
1.配列解析アルゴリズム開発・チーム(今西・伊藤):配列モチーフ探索のアルゴリズムを研究し、それによるゲノム配列に対する検索ソフトウエア作成を行った。すでに開発してあるモチーフ発見ツールの性能評価試験を行い、ゲノム配列データからのモチーフ発見に適したパラメータ設定を行った。また、ヒトとマウスの全ゲノム配列のアラインメントを作成し、そこから高度に保存された部分配列を抽出するためのツールを整備した。
2.生物情報処理・チーム(山口・伊藤):ゲノム配列解析サーバを導入・設定し、ヒトゲノム配列データおよび各種配列解析用ツールの設定などを行うことにより、次年度に予定している大量配列データ処理のための準備を整えた。また、既知の機能性配列の情報を整理するため、Transfacという転写因子結合部位のデータベースと、Repbaseという反復配列データベースの情報を整備した。
3.データベース研究開発・チーム(今西・山口):各種生物ゲノムに対して予測された機能性配列の情報をデータベース化するため、データベースソフトの準備を整えた。
4.機能性配列検証・チーム(池尾・バレロ・今西):予測されたnon-coding領域の機能性配列を分子生物学的な実験によって検証した。特に、生物種の間で保存性の高いマイクロRNAをゲノム配列から予測し、その推定される機能に関する実験的検証を行った。この成果の一部は論文を執筆中であり、さらに特許申請の準備を進めている。
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