マイクロアレイによる遺伝子発現プロファイルに基づく関節リウマチ原因遺伝子解析

2004 Fiscal Year Annual Research Report

• Project/Area Number: 16390444
• Research Category: Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
• Research Institution: Tokyo Women's Medical University
• Principal Investigator: 桃原 茂樹 東京女子医科大学, 医学部, 講師 (00190984)
• Co-Investigator(Kenkyū-buntansha): 鎌谷 直之 東京女子医科大学, 医学部, 教授 (00114447) ; 戸松 泰介 東京女子医科大学, 医学部, 教授 (40112693) ; 猪狩 勝則 東京女子医科大学, 医学部, 助手 (80343557) ; 小宮 浩一郎 東京女子医科大学, 医学部, 助手 (10296634)
• Keywords: 関節リウマチ / 遺伝子

Research Abstract

軟骨及び滑膜を用いたDNAマイクロアレイにより有意な発現の差を示す多くのmRNAを同定している。このうち既報のgenome scanでの陽性領域上に位置する83遺伝子を最重点候補遺伝子とした。
患者試料として当施設で収集済みの約1300例、対照試料として健常成人約1000例を使用した患者対照研究を予定していたが、さらに患者試料の重症化を指標とした層別化を試み、重症例188例、非重症例188例、対照188例を用いたスクリーニングを行うこととした。これらは対照も含め全例女性とし、患者試料についてはseropositiveのものに限っている。
SNP解析に用いる手法にはTaqMan法に基づくAssays-on-Demand、SNP Genotyping Products(アプライドバイオシステムズ社)を選択し、低コストかつハイスループットのタイピングを行っている。主な統計解析手法にはカイ二乗検定を用い、また必要に応じ、マンテルヘンツェル法によるメタ解析も使用している。
これまでに6遺伝子、20SNPの統計解析を終えているが有意な差は得られていない。今年度中に最重点候補遺伝子上の200SNPsのスクリーニングとその結果得られる有力候補遺伝子については詳細な全例解析を行うことを予定している。
新規疾患感受性遺伝子検索と合わせ、理化学研究所より関節リウマチの疾患感受性遺伝子として報告されたPAD14、SLC22A4、RUNX1について独立試料を用いた追試を行った。PAD14についてはイギリスから追認不可能との報告が出ていたが、患者対照研究及びイギリスの結果を合わせたメタ解析で有意な結果が得られ、真の疾患感受性遺伝子であることが示唆された。SLC22A4、RUNX1についてその関連が否定された。同じ遺伝的背景と生活習慣を共有する大規模な独立試料群を用いて追試を行うことは非常に意義がある。