2004 Fiscal Year Annual Research Report
DNAチップを用いた口腔細菌叢プロファイリングによる小児の口腔疾患リスク評価
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16390601
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Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
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| Research Institution | Tohoku University |
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Principal Investigator |
高橋 信博 東北大学, 大学院・歯学研究科, 教授 (60183852)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
真柳 秀昭 東北大学, 大学院・歯学研究科, 教授 (60005098)
野田 忠 新潟大学, 大学院・医歯学総合研究科, 教授 (00013970)
畑 眞二 東北大学, 病院・講師 (20208507)
佐藤 拓一 東北大学, 大学院・歯学研究科, 講師 (10303132)
松山 順子 新潟大学, 大学院・医歯学総合研究科, 助手 (30293236)
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| Keywords | DNAチップ / 16S ribosomal RNA / DNAプローブ / DNAプライマー / 口腔細菌 |
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| Research Abstract |
本年度は、1.口腔細菌特異的プローブを作成し、DNAチップヘの搭載の可否(実用性)を検討し、2.口腔微生物叢プロファイリング用DNAチップを試作し、口腔微生物種特異性、方法論を検討した。さらに、3.上記の研究プロジェクトを効率的に推進する目的で嫌気性微生物培養用嫌気培養システムを構築し、4.DNAチップに関しては共同研究企業との特許取得の準備にかかった。
1.DNAチップ搭載用口腔細菌特異的プローブの作成:
プローブの特異性についてはGeneBankなどの既存のDNAデータベースから、プローブのDNAチップへの搭載の可否についてはDNAチップ作成手順などの実用性から検討し、その結果、24種の口腔微生物に対する特異的プローブが完成した。さらに、新たに入手した口腔微生物16S ribosomal RNA遺伝子配列データに基づき、新たなプローブを設計・作成中である。
2.口腔微生物叢解析用DNAチップの試作と方法論の確立のための検討:
DNAチップ作成共同研究企業にて、24種の口腔微生物特異的プローブを搭載したDNAチップを試作した。各プローブに該当する標準菌株由来DNAを用いて検討したところ、試作したDNAチップは24種の標準菌体由来DNAを特異的に検出することができることがわかった。さらに、DNAチップ上のスポットは肉眼で明瞭に判別でき、市販の可視光用透過型スキャナーで計測・記録することが十分可能であることが分かった。
現在、実際の臨床サンプルを用いて検討中であり、臨床サンプルに含まれる24種の口腔微生物の従来法による検出(通常のnested PCR法での検出)を終え、DNAチップによる検出との照合を進めつつある。
3.1.2.に記載した、新たなDNAチップ用プローブ作成、および口腔微生物叢解析対照手法としての培養法の効率化のために、嫌気性微生物培養用嫌気培養システムを新たに構築した。
4.口腔細菌叢プロファイリング用DNAチップに関する特許取得の準備を共同研究企業とともに進めた。
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