ゲノムワイド関連解析を応用した歯周病感受性遺伝子検索システムの確立

2004 Fiscal Year Annual Research Report

• Project/Area Number: 16592065
• Research Institution: Niigata University
• Principal Investigator: 田井 秀明 新潟大学, 医歯学総合病院, 講師 (30272826)
• Co-Investigator(Kenkyū-buntansha): 小林 哲夫 新潟大学, 医歯学総合病院, 助教授 (00215344)
• Keywords: 歯周病 / 遺伝子多型 / 位置的アプローチ

Research Abstract

(1)被験者およびゲノムDNAの採取
被験者は,インフォームドコンセントの得られた慢性歯周炎400名(重度200,軽度200),広汎型侵襲性歯周炎100名及び健常者100名とし、末梢血を採取後、匿名記号化したのち、ラボにてDNAを抽出した。
(2)解析方法
Pooled DNA法によるマイクロサテライトタイピングを行い、増幅されたPCR産物の電気詠動上の波形パターンをもとにして推定対立遺伝子頻度を求め、疾患群とコントロール群での相関解析を行う。
(3)スクリーニング方法および検索領域
サンプル構造に依存した偽陽性の出現を抑えるため,対象集団を3段階に分けてスクリーニングを行う。1621遺伝子を含む全長約63Mbpの第19染色体に対し,検索する。
(4)結果
第19染色体約63Mkbのうち、遺伝子が存在していないとされるセントロメア領域の18Mkbを除く領域について、454個のマイクロサテライトマーカーを選択した。これらはいずれも100kbの領域に対して遺伝子検出できる多型マイクロサテライトマーカーである。454個のマイクロサテライトマーカーについて、所定のサンプルを用いて1次スクリーニングを行い、遺伝的統計学に基づく相関解析により、第19染色体上の1621遺伝子から、12ヶ所に歯周病易感受性候補遺伝子が存在する領域を抽出することに成功した。
なお、これらの具体的遺伝子名については解析中である。また現在、2次および3次スクリーニングによる解析の準備中である。