2005 Fiscal Year Annual Research Report
遺伝子の発現情報と遺伝子位置との関係性に関する統計解析
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16710139
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| Research Institution | The University of Tokyo |
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Principal Investigator |
油谷 幸代 東京大学, 医科学研究所, 特任助手 (10361627)
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| Keywords | マイクロアレイ / グラフィカル・モデル / 遺伝子制御ネットワーク |
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| Research Abstract |
平成17年度は以下の項目について行った。
1.原核生物の発現量データの収集とゲノム上における遺伝子の位置情報の整備
昨年度に引き続き、Stanford Microarray Databaseにおいて公開されているマイクロアレイから得られた原核生物の発現量データを収集した。また、同様に各遺伝子のゲノム上での位置についてはGenBankに登録されている情報を元に、解析に適した形式に整備した。得られた発現量データを、整備した位置情報に基づいた形式にすることによって発現量データを位置情報から解析することを可能にした。
2.統計解析から得られた発現量の関連性と既知の転写単位との比較
発現量について有意な相関を示した遺伝子群について、ゲノム上の位置や転写方向の情報から一つの転写単位としての存在の可能性を探った。この際、平成16年度の計画(2)で整備したデータベースより得られた既知の転写単位や、オペロン構造の情報との比較を行った。
3.推定された転写単位からの遺伝子の機能推定
1で推定された遺伝子群が、コードタンパク質の生化学的機能が未知の遺伝子によって構成されていた場合に注目し、機能が未知の遺伝子以外の構成遺伝子の既知情報から機能推定を試みた。
4.ウェブサイトの公開
本研究で開発した統計的手法を、特に視覚的な点を考慮してウェブサイトに公開する準備が完了した。ただし、ウェブサイトのデザインに時間を要しているため、現在は未公開である。
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